Mais personne ne t'oblige à rendre les partitions windows accessibles à linux. Elles ne le sont pas par défaut. Il faut que tu les montes (c'est vrai que ça se fait d'un clic dans le gestionnaire de fichiers, mais ça peut aussi être interdit sauf pour l'administrateur, donc avec le mot de passe). Et une fois qu'elles sont montées, rien ne t'oblige à copier dessus le contenu de tes clés infectées...

Les virus windows sont inactifs sous linux, donc ils ne risquent pas d'aller se promener tous seuls... Et s'ils le font, c'est que c'est toi qui les promène là où il ne faut pas, donc en copiant volontairement des fichiers éventuellement infectés sur tes partitions windows... Mais encore une fois rien ne t'oblige à faire ça... Et si tu ne le fais pas, si tu n'utilises tes clés que sur les partitions linux, tu ne risques absolument rien...