Perso, j'ai opter pour un petit script "maison", pour fermer mes applications "proprement", killer gnome-shell, et le relancer "si besoin est".
Script lancé sur un CTRL+ALT+F2

Première chose, j'ai remarqué que certaines extensions de gnome n'aiment pas les mises à jours.
Résultat : j'ai supprimé les extensions qui ne me servent pas vraiment.
Pire, beaucoup sont incompatible avec le dernier gnome 3.6 (ubuntu 12.10), et si tu as fait un dist-upgrade (depuis une 12.04 ou autre), et conserver des extensions....

Si une extensions te créé des problème (Backup, et Suppression des extensions) :

ALT + F2

(Tu es en mode shell)
Ensuite après login,

cd ~/.local/share/gnome-shell/
tar -zcvf extensions.tar.gz extensions
rm -R extensions/*

Si Gnome classic, se lance au lieu de Gnome-Shell
Après des tests "multiples", dans beaucoup de cas c'est un problème de drivers.
Sans accélération 3D, ou tout problème de drivers, le résultat est direct "gnome classic, au lieu de gnome-shell".
Un simple test avec une machine virtuelle (exemple vmware) si on décoche la case "accélération graphique", l'un remplace l'autre.

Sauvegarde De la config de gnome  :
(Nouveau)

gsettings list-recursively > gsettings_`date '+%Y%m%d-%H%M'`.cfg

(Ancien)

gconftool-2 -R / > gconf_`date '+%Y%m%d-%H%M'`.cfg

Après avec "meld", on peut comparer facilement les modifications.

Beugs que je rencontre encore : gnome qui n'affiche pas mes icones, gnome freeze,  ou gnome mal chargé (partiel)...
Cela arrive parfois "après login"... Je me suis fait un script pr Kill gnome rapidement.
Pire des cas "je dois m'identifier une seconde fois".

J'ai eu un problème assez similaire au tiens récemment. Mon démarrage, que ce soit gnome-shell ou gnome classic, refusait de se charger correctement.
La solution a été de vider mon répertoire ~/.config/autostart (couper-coller dans un répertoire ~/tampon par exemple)
Le redémarrage a été net.
Ensuite, j'ai remis une par une les entrées pour voir laquelle plantait.

Ou alors, comme Major Grubert le suggère, peut-être dans ce cas ce n'est finalement pas un problème d'extension, mais un autre qui reste à trouver...

https://extensions.gnome.org/about/

manip valable pour gnome3.6

@Major Grubert : J'ai une carte AMD avec les pilotes fglrx-updates, pour gérer mon dual screen. Je n'avais pas envisagé cette possibilité, c'est vrai. D'un coté je trouverais ça étrange puisque graphiquement il n'y a pas de problème, mais d'un autre coté pourquoi pas après tout : j'ai déjà remarqué que le dual screen n'était pas tout à fait stable sur Gnome Shell.

Bon présentement, j'ai cédé à la facilité, j'ai purgé tous les paquets et réinstallé mes extensions une à une (sauf Maximus pour laquelle j'ai des suspicions). Mais je ne doute pas que le plantage se reproduira... il sera alors toujours temps de tenter ça. Je vous tiendrais au courant promis...

Je n'ai de plantage de Gnome Shell que parfois lorsque je passe d'un utilisateur à l'autre (je pense que c'est GDM3 qui foire chez moi).

Ma question est simple aujourd'hui (mais les questions simples ne sont elles pas les plus complexes ?) : quand gnome-shell (3.6.2) est planté quelle procédure est à privilégier ? Parce que, soyons honnête, c'est une chose qui arrive encore fréquemment (quelqu'en soit la cause)...

En deux jours, sur deux machines 12.10 différentes, à deux reprises impossible d'accéder à mon espace de travail à la réouverture de session. Seul point commun entre les deux situations : je venais d'installer des extensions via le site dédié de gnome. Comment procéder pour trouver ce qui pose problème (de façon général) et le gérer depuis une session Unity ou Gnome Classic ?

Les symptômes courants sont les suivants :
1/ freeze quasi-total : plus rien ne répond, surtout pas le clavier,  seul le curseur accepte de bouger, le clic n'a aucun effet, même si les applications affichées ne semblent pas figées pour autant.
2/ après un redémarrage forcé (sudo reboot en console de récup, ou reset matériel), au chargement de gnome shell, seul le fond d'écran se charge. Pas de barre en haut, sur le bureau ni clic droit ni icône, le clavier ne fonctionne plus.
=> les autres sessions fonctionnent sans problème, la console de récup aussi, c'est bien gnome qui est planté.

J'ai bien essayé :
* de supprimer le dossier ~/.local/share/gnome-shell et aussi de supprimer conjointement le paquet gnome-shell-extensions, sans effet ;
* en ouvrant une session avec un nouvel utilisateur : même symptômes.

Jusqu'ici, la seule manière de faire que je connaisse et qui fonctionne :

sudo apt-get purge gnome-shell gnome-tweak-tool gnome-shell-extensions

puis

sudo apt-get install gnome-shell gnome-tweak-tool gnome-shell-extensions

Un peu lourd, non ? Par exemple, ce serait super si déjà on pouvait retrouver une session vierge, avec tous les paramètres par défaut...
Ou si vous saviez où l'on peut trouver des logs...

Merci d'avance pour votre aide à un nouveau converti...