En gros je t'explique.

Sous GNOME, c'est nautilus qui gère le bureau, un peu comme une fenêtre de navigation en plein écran.
Du coup, le menu contextuel (clic droit) et les icônes sont gérées par nautilus.

Nautilus gère également le fond d'écran, qui est forcément opaque.

Compiz, avec le plugin wallpaper, dessine son fond d'écran derrière la couche du bureau de nautilus.
Et tout le problème est là : quand nautilus gère le bureau, Compiz/Wallpaper dessine effectivement ses fonds d'écran, mais vu que le bureau nautilus est opaque, il les cache !

Du coup, on désactive la gestion du bureau par nautilus, pour qu'il ne dessine pas son fond d'écran par dessus compiz (c'est ce qu'on obtient en décochant la clef apps/nautilus/preferences/show_desktop).

Donc en gros, si tu veux revenir à la config par défaut, il te suffit de recocher la clef /apps/nautilus/preferences/show_desktop pour que nautilus reprenne en charge le bureau.
Même pas besoin de désactiver le plugin wallpaper (sauf pour économiser en performances), puisque de toute façon, ses walls seront masqués.

NB: À l'époque Gutsy/Hardy, il y avait une version patchée de nautilus qui circulait, et dont le principe était de rendre nautilus capable d'afficher des arrière-plans transparents.
Du coup, le wallpaper nautilus ne masquait plus les wallpapers de compiz (puisque transparent), et on pouvait profiter du plugin sans avoir à désativer le bureau nautilus.
Donc plusieurs wallpapers + icônes et clic droit.
Le problème, c'est que cette version était une plaie à installer (on devait la compiler de A à Z).
Vu qu'on n'en entend plus parler, je doute que cette version de nautilus existe toujours pour les versions plus récentes de GNOME/nautilus