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Bonsoir à tous,

J'utilise un logiciel d'imagerie cérébrale (freesurfer) pour calculer le volume total du cerveau.

En exécutant ce script :

" foreach filename (*_conv) mri_segstats --subject ${filename} --etiv-only "

J'obtiens dans mon terminal la réponse suivante :

" $Id: mri_segstats.c,v 1.75.2.2 2011/04/27 22:18:58 nicks Exp $
cwd
cmdline mri_segstats --subject MHC6HB08t1conv --etiv-only
sysname Linux
hostname charles-D525TUD
machine i686
user charles
atlas_icv (eTIV) = 1189938 mm^3 (det: 1.637149 ) "

Mon objectif est de récupérer dans un fichier texte (puis éventuellement dans un fichier excel) les informations en gras afin d'obtenir le nom du sujet avec en face le nombre correspondant soit dans cet exemple : MHC6HB08t1conv 1189938

J'ai écrit ce script

"foreach filename (*_conv) mri_segstats --subject ${filename} --etiv-only | grep -E 'atlas_icv|subject' | awk '{print $4}' end "

qui me donne des réponses sous cette forme :

"MHC6HB08t1conv
1189938
MHC6HB09t1conv
1644894
MHC6HB10t1conv
1760029
MHC6HB11t1conv
1586508
MHC6HB12t1conv
1841703"

Je souhaiterai avoir le nom du sujet (MHC etc..) avec en face le nombre correspondant.

J'ai donc en fait deux questions :

1° comment modifier mon script pour avoir le chiffre en face du nom du sujet et non le chiffre en dessous du nom du sujet

2° j'ai bidouillé ce script mais je ne sais pas si il est "sur". je m'explique : j'utilise ce script pour plusieurs centaines de personnes, donc si à un moment il y a une erreur je ne voudrai pas que tout soit décalé.

En fait je cherche à faire un script qui puisse me mettre dans un fichier texte les deux informations en gras (nom du sujet et numéro correspondant).

Pour mettre le résultats dans un fichier texte je pensais utiliser la fonction > nomdufichier.txt

Merci beaucoup, j'espère avoir été le plus clair possible.

Charles

Bonsoir,

La question que je me pose est la suivante :

Je pars d'un script

foreach filename (t1_????????)
asegstats2table --subjects ${filename} \
  --segno 11 12 13 \
  --tablefile asegstats.txt 
end

C'est dans le cadre pour un logiciel d'imagerie médicale (freesufer) que je l'utilise.

C'est le script qui me permet d'obtenir les résultats pour un grand nombre de sujets.

je dispose d'images d'irm qui s'appellent t1_???????? (wild card qui permet de prendre en compte tous les fichiers)
les résultats de chaque image doivent être importés dans un fichier qui s'appelle asegstats.txt

le problème c'est qu'avec ce script (fait en tcsh), à chaque fois que le logiciel fait une boucle, il efface le résultat mis dans asegstats de la boucle précédente.

donc au final je me retrouve avec les résultats pour la dernière image.

Y a t il une possibilité de faire en sorte que le logiciel n'écrase pas le résultat pour que je puisse avoir dans mon fichiers texte tous les résultats des images que je veux analyser.

Par image j'entends images d'IRM.

Merci Beaucoup,

Bonne soirée

Charles

PS : il ne m'a pas semblé que la question ait déjà été posée, mais c'est difficile de trouver grâce à la fonction recherche ce genre d'information

Sachant que quand je tape le script dans le terminal en remplaçant $filename par des noms de fichiers (t1_37481019  t1_098UJH27 etc..) j'ai le résultat que je veux et le résultat de n+1 n'écrase pas le résultat de n (où n est une imager d'IRM)

Bonjour,

Il s'agit de mon premier post sur le forum. J'ai vraiment utilisé la fonction rechercher pour répondre à ma question : sans succès. Je n'arrive pas à décrire ce que je veux faire.
Ma question peut sembler triviale mais je ne trouve pas de solution pour l'instant. C'est très simple.

Je pars d'un script que j'ai fait et qui fonctionne.

for filename in fichier1 fichier2 fichier 3; do first_flirt $filename ${filename}_to_std_sub -cort

(pour trois fichiers je demande d'exécuter une commende).

Maintenant j'ai 100 fichiers au lieu de 3.

Donc j'aimerai créer un fichier texte avec le nom de mes 100 fichiers et reprendre mon code.

Je n'arrive à faire en sorte que l'ordinateur exécute la commande pour mes 100 fichiers (pour faire le renvoi vers un fichier texte).

Je sais que c'est possible et il me semblait qu'il fallait utiliser "cat" mais je ne suis pas sur.

Merci beaucoup d'avance.

Salim.