Ubuntu-fr

matifou

[Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Bonjour

J'utilise l'excellente (mais jeune) interface graphique pour R, RKward. Je viens (malheureusement) d'installer la version 2.6 de R, ce qui rend mon ancienne version de RKward illisible. Je suis alors obligé d'installer la nouvelle version (0.4.8).

En téléchargeant puis lançant le paquet debian, j'ai le message suivant:
Error: dependency is not satisfiable: kdelibs 4c2a

Alors que j'ai déjà ce kdelibs 4c2a (plus précisément 4:3.5.6-0ubuntu14.1)...
Où est le problème? Dois-je avoir une version plus ancienne ou plus moderne de ce kdelibs? Ou dois-je essayer de compiler moi même le programme, en espérant que le problème disparaisse?

Sinon, je devrais peut-être désinstaller la version 2.6?

Merci beaucoup beaucoup de votre aide, je dois rendre mon rapport dans deux semaines et suis là malheureusement complètement bloqué...

Dernière modification par matifou (Le 04/10/2007, à 18:24)

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Salut,

le problème vient du paquet debian. Qui a été compilé sur debian unstable (d'où le sid dans le nom) qui est en avance sur feisty pour la version des kdelibs4c2a.
Le paquet attend kdelibs4c2a (>= 4:3.5.7-1) et tu n'as que 4:3.5.6-0ubuntu14.1

Soit tu récupères les sources, soit tu passes à gutsy où kdelibs4c2a = 4:3.5.7-1ubuntu15

Nikko

matifou

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Merci pour ta réponse rapide!

"Récupère les sources" ça veut dire compiler la nouvelle version 0.4.8? Ou installer moi-même le kdelibs? Je conais malheureusement pas très bien tout ça.

Sinon je pourrais passer à Gutsy, je pensais attendre la fin de mon rapport pour m'éviter des surprises désagréables, mais pt-etr que c'est quand même la meilleure solution... Mais il faudrait l'installer moi-même,
ce que je sais aps très bien faire... Est-ce que tu sais quand il sera disponible à travers le logiciel de mises à jour automatique?

Dernière question, je crois que je pourrais sinon revenir à ma dernière version de R, qui elle allait bien.
Les documents sources (http://cran.r-project.org/  sources) sont-ils également à compiler?

Merci beaucoup pour ton aide précieuse!!!

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Oui je pensais plutôt à compiler les sources de rkward.

Si tu es en train d'écrire un rapport, c'est peut-être risqué de passer à gutsy, effectivement. Il sera disponible via la mise à jour, lors de sa sortie le 18/10.

Quant à revenir en arrière, si tu désinstalles r et rkward et que tu installes les paquets du dépôt universe tu te retrouveras avec r 2.4.1 et rkward 4.2. Mais il te manquera peut-être des fonctionnalités.

Ou alors tu compiles une ancienne version, mais tant qu'à compiler autant compiler rkward et avoir les dernières versions.

Ça ira la compilation? Je peux tenter de construire le paquet ce soir si tu n'arrives pas à compiler.

Nikko

matifou

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Alors j'ai suivi tes conseils et j'ai réussi à installer RKward 0.4.8.
Ca marche presque (petit problème interne à RKward je pense)!!

Merci beaucoup!

PS: Nikko, tu utilises aussi RKward et R?

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Oula non, ça a l'air bien trop compliqué

En fait ça aurait pu me servir quand j'étais étudiant, mais les calculs statistiques sont très loin de mes préoccupations journalières.

En fait c'est "dependency not satisfiable" qui m'a attiré, en général ce sont des problèmes pas trop ardus à résoudre. Un peu fastidieux peut-être (trouver les bonnes libs pour la compilation...).

Nikko

matifou

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Ecoute, si les problèmes t'attirent... petite question: un développeur m'a en fait répondu pour le problème, et envoyé une marche à suivre.

Est-ce que c'est à ça que tu pensais quand tu parlais de "construire le paquet"?
(juste idée de comprendre en gros ce que je fais;-)

sudo aptitude install dpkg-dev fakeroot

   # download rkward-0.4.8.tar.gz and rkward_0.4.8-1.diff.gz from the
   # rkward homepage. unpack it:
tar xzvf /path/to/rkward-0.4.8.tar.gz

   # change into the new directory:
cd rkward-0.4.8/

   # now, apply the patch file. this will create the "debian" folder and its
   # content, that is needed by dpkg-buildpackage:
zcat /path/to/rkward_0.4.8-1.diff.gz | patch -p1
chmod a+x debian/rules

   # the next command will compile rkward, and build a .deb package out of the
   # results afterwards, if all went well.
   # the "-D" option tells you if you have to install more packages first;
   # just fetch them with "sudo aptitude install ..." and repeat this step:
fakeroot dpkg-buildpackage -b -D
   # errors that the digital signature failed can be ignored, because you
   # don't have thomas' gnupg-key, i assume...

   # change into the higher directory:
cd ..
   # you should now have your own .deb-package in this folder. install it:
sudo dpkg -i ./rkward_0.4.8-1_i386.deb

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Oui c'est à peu près ça que j'aurais fait.

En fait dans rkward-0.4.8.tar.gz tu as les sources de rkward et rkward_0.4.8-1.diff.gz contient un patch pour ajouter des infos propres aux outils de packaging debian.
Ce patch crée l'arborescence debian/ et son contenu ceux qui fournit toutes les infos à dpkg-buildpackage pour construire le paquet debian.

Parfois cette arborescence est directement présente dans les sources.
Je ne t'ai pas donné ces instructions, parce que je n'étais pas sûr des commandes de patch et j'aurais tâtonné pour trouver la bonne.

Par contre je n'avais jamais réalisé qu'on pouvait créer toute une arborescence avec un fichier diff, pour moi ça s'arrêtait à la modification de fichier, c'est assez puissant quand même.

Donc merci pour ton post qui m'a fait découvrir un nouveau truc.

Sinon il n'y a pas longtemps je cherchais cette commande pour utiliser debian/rules (fakeroot dpkg-buildpackage -b -D) et j'ai trouvé cette page récapitulative sur diverses commandes liées aux paquets deb:
http://www.xs4all.nl/~carlo17/howto/debian.html

Nikko

MCsteph

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Salut !
Mon pb ne doit pas être très éloigné de celui que vous evoquez.
J'ai débuté ubuntu y'a 3 jours.
Je fais du traitement de données sous R.
R fonctionne correctement.
Mais j'ai tenté Rkward :
il fonctionne correctement, mais je n'arrive pas à installer les package via les presses boutons. J'ai toujours un pb d'install.

Est ce un pb entre gnome et KDE, ou un pb lié à Rkward, ou bien d'autres choses.

Merci

playmobill

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Fais comme moi pour installer des packages. Ouvre une console puis

sudo R
install.packages()

Dernière modification par playmobill (Le 12/10/2007, à 21:10)

---

Passer à Linux n’est pas un défi, c’est juste un choix.

matifou

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Salut

Une solution assez manuelle (qui semble marcher): télécharger toi meme le paquet, décompresser et placer dans le dossier usr/local/lib/R/site-library
(Pour ce faire vu que tu vas dans le dossier système, il te faut une manoeuvre spéciale, soit avec les commandes par le terminal ou en lançant

sudo nautilus

qui te permettra de copier directement dans les dossiers systèmes.

Chez moi ça a marché une fois en tout cas.

Sinon, quel est exactement ton problème? Jusqu'à quelle étape arrives-tu? As-tu essayé plusieurs miroirs? As-tu Ubuntu 7.04 ou 7.10? Et quelle version de R et RKward? Comment l'as-tu installé?

Les développeurs m'ont envoyé un paquet "debian" pour installer correctement RKward 0.4.8 avec Ubuntu 7.04 et R 2.6. Je peux te l'envoyer si tu veux.

Bonne chance!

MCsteph

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Bonjour
Désolé pour le delai de réponse.
Merci pour les astuces, mais cela ne fonctionne pas.

Si je reprends les choses

Mon ubuntu : Gutsy
Mon R : 2.5.1
Mon Rkward : 0.4.7a using KDE 3.5.8
Mon Pb : j'ai installé rkward - il fonctioone - mais il n'est pas possible de télécharger et d'installer les packages via les fonctionnalités proposées - 'ai tenté une install en mode console - qui fonctionne - mais Rkward ne la prend pas en compte.

Voilà, merci de m'aider si vous avez une solution.
PS : soyez explicite dans vos réponses car je débute sous ubuntu et les commandes consoles sont pas encores évidentes pour moi.
Au passage, merci Nikko pour le sudo nautilus bien pratique. Je suis preneur de ton package. (follain@yahoo.com).

Merci

MCsteph

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

adresse corrigée follain_s@yahoo.com

MCsteph

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Si cela peut aider au diagnostic, voici le message affiché dans la fenetre d'installation des paquets sous Rkward.

>options (repos=c (CRAN="http://cran.fr.r-project.org", "/home/follain/library"))
> install.packages (pkgs=c ("gstat"), lib="/usr/local/lib/R/site-library", destdir="/home/follain/.rkward/package_archive", dependencies=TRUE)
Avis : unable to access index for repository /home/follain/library/src/contrib
also installing the dependencies ‘rgdal’, ‘fields’
Erreur dans download.packages(p0, destdir = tmpd, available = available,  :
    'destdir' is not a directory
Exécution arrêtée

Merci encore

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Salut,

je ne t'ai pas parlé de sudo nautilus. Ce n'est pas possible. Vérifie bien le fil
Je te conseille plutôt d'utiliser gksudo nautilus.

Pour le paquet, je ne l'ai pas construit, matifou ayant réussi à se débrouiller tout seul.

Je rappelle que je n'ai jamais utilisé rkward.
Mais pour tes erreurs, est-ce que le dossier /home/follain/library existe? Est-ce que tu ne peux pas supprimer cette source de dépôt dans rkward et ne garder que  http://cran.fr.r-project.org (mais apparemment ce n'est qu'un avertissement)?
L'autre erreur est la non présence du répertoire temporaire de téléchargement (tempd ?). Peux-tu configurer la localisation de ce répertoire?

Tu peux aussi essayer d'installer des fonctionnalités supplémentaires via synaptic : regarde du côté de http://packages.ubuntu.com/gutsy/math/r-recommended et si il n'y a pas les fonctionnalités supplémentaires que tu cherches.
Ce paquet fourni (du chinois pour moi ):
- KernSmooth: Functions for kernel smoothing for Wand & Jones (1995)
- VR: The MASS, class, nnet and spatial packages from Venables and
   Ripley, `Modern Applied Statistics with S' (4th edition).
- boot: Bootstrap R (S-Plus) Functions from the book "Bootstrap Methods
   and Their Applications" by A.C. Davison and D.V. Hinkley (1997).
- cluster: Functions for clustering (by Rousseeuw et al.)
- foreign: Read data stored by Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, ...
- lattice: Implementation of Trellis (R) graphics
- mgcv: Multiple smoothing parameter estimation and GAMs by GCV
- nlme: Linear and nonlinear mixed effects models
- rpart: Recursive partitioning and regression trees
- survival: Survival analysis, including penalised likelihood.

Nikko

Dernière modification par nikko (Le 30/10/2007, à 23:02)

playmobill

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

@MCsteph

Question bête, mais après installation, as-tu bien pensé à charger le package installé via la commande library(nom du package) ? En effet, pour préserver tes ressources, R ne lance au démarrage que les paquets de base. A toi de charger par la suite ceux dont tu as besoin par la suite durant ta session.

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Passer à Linux n’est pas un défi, c’est juste un choix.

MCsteph

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Salut les ubuntutiens,

Merci pour vos réponses.
J'ai réussi en mixant les choses.
Pour la solution :
1. tout désinstaller
2. installer r-base_2.6.0-1~etchcran.1_all.deb + r-base-core_2.6.0-1~etchcran.1_i386.deb + r-recommended_2.6.0-1~etchcran.1_all.deb + rkward_0.4.8-1_i386.deb
3. lancer dans la console sudo rkward
4. puis dans la console rkward : install.packages('nompackage')
Ainsi c'est ok.

Merci playmobil et nikko
@+

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Ok, tant mieux, mais pourquoi lances-tu rkward avec sudo? Un 'bête' programme n'est pas sensé avoir tous les droits sur ta machine.

Nikko

playmobill

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Je penses que c'est juste pour pouvoir installer les packages manquants. rkward n'est pas encore au top de ce point de vue là.

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Passer à Linux n’est pas un défi, c’est juste un choix.

nikko

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

Mouais, si on ne peut pas changer le dossier des bibliothèques (/usr/local/lib/R/site-library apparemment), on peut toujours donner les droits d'écriture à l'utilisateur. Ça me semble beaucoup plus propre que de lancer un programme en root.

Nikko

playmobill

Re : [Résolu] Instalation RKward: dependency not satisfiable: kdelibs 4c2a

bien vu

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Passer à Linux n’est pas un défi, c’est juste un choix.