Siril, logiciel de (pré-)traitement d'images astronomique

lock · Le 12/11/2014, à 14:02

Bonjour,
Ca y'est, aujourd'hui c'est le grand jour !!! Philae va tenter de se poser sur Tchoury, et Siril vient officiellement de sortir en version beta !!

Alors pour ceux qui n'ont jamais entendu parler de ce soft, je vais faire un petit résumé de ce qu'est Siril.
1 - Présentation :
Siril était supposé être Iris pour Linux (sirI-L). C'est un outil de (pré)traitement d'images pour l'astronomie LIBRE ET GRATUIT, capable de travailler sur des séquences d'images, de les aligner manuellement ou automatiquement, de les empiler et d'améliorer le rendu final. Le projet a commencé il y a quelques années mais avait été mis en jachère. Il a été depuis repris par Vinvin qui a fait un gros boulot pour rendre le soft plus moderne, et surtout compatible avec les nouveaux Linux OS.
Bien qu'à l'origine se voulant être un clone de Iris, mais pour Linux, Siril a suivi sa propre et voie, et je dois dire que je me suis pas mal inspiré ces derniers temps des algorithmes utilisés dans PixInsight.

2 - Fonctionnalités :

Pré-traitement
Une des premières fonctionnalité de SIril est d'assurer le pré-traitement de vos images astronomiques. Pour ce faire, il travaille en interne avec des images FITS 16-bits non signés mais est capable de convertir un grand nombre de format d'images. Il est possible de convertir par lot la plupart des formats d'images RAW des appareils reflex disponibles sur le marché. Siril gère également de façon native les vidéos SER, et est capable de lire un bon nombre de vidéos pour traiter des images planétaires.
Par conséquent Siril est tout adapté pour traiter des vidéos planétaires, des images CCD ou bien des images bruts d'appareils photo numériques.

En interne, Siril travaille avec des séquences afin de simplifier le pré-traitement. L'alignement, accessible pour la translation seulement dans la version beta, propose 3 méthodes différentes :

DFT : on sélectionne une zone que l'on veut aligner. Ceci est généralement utilisé pour le planétaire mais peut être très utile pour les nébuleuses
PSF: alignement sur une étoile. Cette méthode très rapide nécessite d'avoir des étoiles d'assez bonnes qualités, isolées, et dont le déplacement d'une image à l'autre reste raisonnable
Manuelle

En ce qui concerne l'empilement, un choix important d'algorithmes est proposé (http://free-astro.vinvin.tf/index.php/S … l_stacking) : ces mêmes algorithmes qui sont proposés par la référence en ce domaine : PixInsight.
Le choix proposé est donc bien plus riche que dans IRIS, DeepSkyStacker ou bien encore Audela.

Empilement par somme
Empilement médian
Empilement par moyenne avec réjection de pixels déviants
- Percentile Clipping
- Sigma Clipping
- Median Sigma Clipping
- Winsorized Sigma Clipping
- Linear Fit Clipping
Empilement par intensité maximal

Videos : http://free-astro.vinvin.tf/videos/rejection.webm

Traitement
Nous avons également développé une partie traitement, qui permet de commencer le traitement de l'image directement en sortie pré-traitement. Pour ce faire, je vous conseille d'aller lire la doc à ce sujet. Sachez cependant qu'il est possible de travailler le plus longtemps possible sur l'image linéaire (donc préserver la monté de bruit) grâce à la mise en place de différents mode d'affichages (http://free-astro.vinvin.tf/videos/Display.webm).
Sous Siril vous pouvez :
- Extraire le gradient de vos images à l'aide de 2 algorithmes différents (http://free-astro.vinvin.tf/videos/back … d_MTF.webm)
- Neutraliser le fond de ciel et calibrer les couleurs (http://free-astro.vinvin.tf/videos/Colo … ation.webm)
- Supprimer la teinte verte des images (équivalent HLVG sous photoshop) (http://free-astro.vinvin.tf/videos/RemoveGreen.webm)
- Transformation de l'histogramme par la fonction de transfert des tons moyens (http://free-astro.vinvin.tf/videos/midtones.webm)
- Calculer les Transformés de Fourier des images N&B et couleurs (http://free-astro.vinvin.tf/videos/FFT.webm)
- Utiliser les Ondelettes (très utile pour le planétaire) (http://free-astro.vinvin.tf/videos/wavelets.webm)
- Filtre médian avec modulation (http://free-astro.vinvin.tf/videos/median_filter.webm)
- Compositer et aligner des images RGB (http://free-astro.vinvin.tf/videos/RGB_compositing.webm et http://free-astro.vinvin.tf/videos/RGB_ … ting2.webm)
- Analyser les images à l'aide du module de PSF (http://free-astro.vinvin.tf/videos/DPSF_vf.webm)

3 - Installation :
En ce qui concerne l'installation, il existe plusieurs méthodes disponibles.

Compiler les sources de la beta : http://free-astro.vinvin.tf/download/si … 671.tar.gz
Compiler les sources du SVN. Celles-ci sont mises à jour régulièrement et donc peuvent subir occasionnellement l'ajout de nouveaux bugs et de régressions.
Attendre que Siril fasse parti des dépôts officiels de Debian (c'est en cours, mais ça peut prendre du temps)
Télécharger les paquets compilés par nos soins et disponibles pour plusieurs OS et architectures:

4 - Documentation :
Une documentation est disponible sur le site : http://free-astro.vinvin.tf/index.php/Siril:Manual. Nous faisons notre possible pour la compléter et la traduire le plus vite possible

N'hesitez pas à nous remonter les bugs que vous pourriez rencontrer.
Voici le fichier ou nous mettons les bugs connus : https://free-astro.vinvin.tf/svn/siril/src/BUGS
Ainsi que la feuille de route : https://free-astro.vinvin.tf/svn/siril/src/TODO
Bonne journée

mao-40 · Le 12/11/2014, à 16:03

Bonjour,

Et merci pour l'info !!! Super idée, iris avec Wine, c'est pas très fonctionnel
Je suis en train de tester cela et déjà mes premières questions...

Conversion de fichier -> Ok (CR2 vers FIT)
Recherche de séquences -> Ok (11 darks, 11 bias, 11 offsets, 15 images)

Par contre là je bloque et je n'ai pas su trouver dans le tutoriel :
Une fois les séquences trouvées, cela génère un fichier .seq pour chaque séquence. Mais comment génère-t-on les masters des darks, bias, offsets ?

J'ai essayé de taper savefit dark_master pour le master des darks, mais Siril se ferme.

Merci pour ton aide, !
Olivier M.

Dernière modification par mao-40 (Le 12/11/2014, à 16:32)

lock · Le 12/11/2014, à 17:05

Bonjour. Pour générer les master darks, flats et offset, il faut charger une par une tes séquences darks, flats et offset..
Par exemple tu veux créer ton master-flat alors tu sélectionne ta séquence de flat et tu fais un stack median. En normalisant de façon "multiplicative".
Pour offset et dark on choisit : no normalisation.
Tu peux décider, lors de l'empilement de nommer tes fichiers autrement que flat_stacked ou autres. Ensuite, tu sélectionne la séquence de tes images et dans l'onglet prétraitement tu vas chercher tes masters précédemment pré-traités.

mao-40 · Le 12/11/2014, à 21:44

Merci merci !

J'avance, j'en suis arrivé à l'extraction du fond de ciel. Et là ça plante... Lorsqu'après avoir choisi les paramètres, je clique sur "Apply" et que je ferme la fenêtre par le bouton "Close", tout se ferme.

avec ce message d'erreur dans le terminal :

log: Subtraction done ...
setting ranges scalemin=0, scalemax=65535
remap 0
remap 1
remap 2
remaprgb
end of redraw
remap 0
remap 1
remap 2
remaprgb
end of redraw
remap 0
remap 1
remap 2
remaprgb
end of redraw
Erreur de segmentation (core dumped)

Merci pour votre aide

Dernière modification par mao-40 (Le 12/11/2014, à 21:44)

lock · Le 12/11/2014, à 21:52

Hum... hé ben décidément une segfault déja ... (bon c'est en version beta, et on a besoin de gens qui testent justement)
Hum c'est bizarre. Pourrais-je avoir plus d'info sur comment tu procèdes ?
Je vois que ca remap 3 fois, c'est bizarre.
Tu le fais en polynomial ? Spline ? Tes paramètres ont quelles valeurs ?

Quelle est ta version de Ubuntu ? 14.04.1 ?

Je te conseille de sauvegarder à chaque étape :

save nom_de_ficher

dans la console

Ici y a une vidéo du background extraction : http://free-astro.vinvin.tf/videos/back … d_MTF.webm

Dernière modification par lock (Le 12/11/2014, à 22:03)

mao-40 · Le 12/11/2014, à 22:14

Pour le coup j'ai essayé en polynomial et après en Spline, même souci...
Mais il se peut que j'ai un défaut sur mon image en fait parce que selon les paramétrages, il se trouve que les "box" ne s'affichent pas partout... Je vais faire un screenshot.

J'utilisais en fait la vidéo pour essayer de coller les mêmes paramètres. Un champ "unbalance" ne paraît d'ailleurs pas sur la vidéo.

Sur la première image, on va bien quasiment au centre de l'image, une partie de l'image non prise en compte :
Polynomial :
siril

Spline :
siril

En espérant que cela puisse apporter quelques pistes.

lock · Le 12/11/2014, à 22:23

On voit que sur le Spline les paramètres ne sont pas bon et que la rejection est trop importante.

Je te conseille de n'utiliser que le polynomial pour l'instant, c'est le plus simple et le moins sensible aux paramètres (En plus on bosse sur une amélioration du spline). Quand tu cliques sur Apply, fait en sorte d'être sur "Show image" (même si ca fait pas planter normalement).
Si ca plante encore, j'aimerai bien avoir ton image pour essayer.

mao-40 · Le 12/11/2014, à 22:25

Ok je retente.

mao-40 · Le 12/11/2014, à 22:39

En effet en passant en show image, ça plante un peu moins...

Je mets l'image après stacking et avant retrait du fond de ciel sur dropbox et j'indique le lien en suivant.

lock · Le 12/11/2014, à 22:46

Ca plante un peu moins ? Ca veut dire que ca plante un peu et ca devrait pas.
Chez moi y pas de soucis, donc oui j'attends l'image pour voir.

mao-40 · Le 12/11/2014, à 22:48

Je pense que mon image a un défaut, je vais essayer avec une autre série, mais voici l'image : https://www.dropbox.com/s/vlrrg735w7ar2 … d.fit?dl=0

lock · Le 12/11/2014, à 22:58

Je te conseille de regarder la doc, car la tu as stacké ton image en mode CFA alors qu'il faut la "débayériser" avant (pour rendre les couleurs) : http://free-astro.vinvin.tf/index.php/S … processing

Et après on enlève le gradient sur une image "débayérisé", et cropée (pour enlever les bords noirs)

Bon courage

mao-40 · Le 12/11/2014, à 23:05

bon je vais reprendre à 0 parce que je me perds un peu...

Merci encore

mao-40 · Le 12/11/2014, à 23:31

J'ai tout repris depuis le début et je vais essayer d'expliquer pourquoi dans les dernières tentatives, je n'ai plus fait le de-bayer avant stacking.

tout d'abord voilà la méthode que j'ai comprise au fil du tuto :

"File Conversions" : Conversion des flats, darks, offsets, images CR2 en fit
"Image sequences" : Recherche des séquences
Stacking des masters (pas vu dans la doc) :
	"Image sequences" : sélection séquence de flats -> master-flat en stack median, normalisation "multiplicative".
	"Image sequences" : sélection séquence de darks -> master-dark en stack median, no normalisation.
	"Image sequences" : sélection séquence de offsets -> master-offset en stack median, no normalisation.
Pré-processing :
	"Image sequences" : Choix de la séquence d'images M31 (pas vu dans la doc)
	"Pre-processing" : Choix des 3 masters
	Start pre-processing
"File conversion" : convertir pp_m31_ fit -> convertir debayer_m31_ fit
Alignement :
	"Image sequences" : Choix de la séquence debayer
	Tracer zone autour d'une étoile brillante (encadrant plusieurs images)
	"Registration" : Go register
Empilement : (vérifier que la séquence debayer est toujours sélectionnée)
"Stacking : 
Choix Sum stacking -> Start stacking

Extraction du fond de ciel :
File -> Ouvrir -> Fichier précédemment stacké
...

Quand j'ouvre l'image pour extraire le fond de ciel, il y a 3 calques qui s'ouvrent dans le visualiseur (Red layer, Green layer, Blue layer), alors que dans la vidéo du tuto, c'est une fenêtre B&W layer... du coup je ne faisais plus le de-bayer pour correspondre à la vidéo.
Je ne sais pas si je suis très clair...

De plus lorsque je retouche l'histogramme après extraction du fond, celui-ci est en RGV et non en Gray comme sur la vidéo du tuto, donc la j'ai encore du râter un truc...

Je continue mon extraction de fond de ciel voir ce que ça donne quand même.

Dernière modification par mao-40 (Le 12/11/2014, à 23:58)

mao-40 · Le 12/11/2014, à 23:47

Ça ne plante plus du tout avec la même série... donc ce n'était pas l'image, mais ma méthode... (par contre la différence de fenêtre par rapport à la vidéo tuto est déroutante)

Et là la question qui tue...
Une fois les Background extraction, Color calibration et Reducing green réalisés, on sauvegarde le tout comment ?
J'ai fait un savetif m31... mais après vérification ça ne prend pas en compte les 3 dernières opérations...

Désolé

Dernière modification par mao-40 (Le 12/11/2014, à 23:56)

lock · Le 13/11/2014, à 00:00

Pour enregistrer oui tu as la ligne de commande :
save, savejpeg, savetif, ....

Tu peux aussi cliquer sur l'image couleur avec le clique droit.

mao-40 · Le 13/11/2014, à 00:09

Ok super, je ré-essaie.

Pour le problème de fenêtre RGB <-> Gray, tu penses savoir où j'ai mangé une étape ?

Merci encore

lock · Le 13/11/2014, à 00:17

Dans le tuto video il s'agit tout simplement d'une image CCD en noir et blanc.
C'est normal d'avoir des images RGB pour le traitement quand on a des images d'appareils photos. Le mode CFA n'est utile que pour le pretraitement des darks, offsets et flats.

Dernière modification par lock (Le 13/11/2014, à 00:42)

mao-40 · Le 13/11/2014, à 00:19

Ok merci, j'avance j'avance...
Mes 3 opérations Background extraction, Color calibration et Reducing green ont été un massacre, je reprends...

mao-40 · Le 13/11/2014, à 01:45

Je viens de refaire une autre série de photos.
Et c'est impressionnant... Habitué à Iris en étant loin de le maîtriser. J'applique les procédures sans vraiment comprendre ce qu'il s'y passe.

J'obtiens de meilleurs résultats avec Siril juste en le découvrant. J'aurais sûrement des questions sûr les différents paramètres à appliquer lors du stacking par exemple, ou encore justement les différentes valeurs lors de l'extraction de fond de ciel, ou de la réduction du vert...
Plus rapide, plus ergonomique... et sous ubuntu !

En tout cas, bravo, super boulot !

PS :
Dans "settings..." il est possible de régler la balance des blancs "RAW Images".
Est-ce qu'il est conseillé de la renseigner lors de l'utilisation d'un appareil défiltré (ex : Canon 600D défiltré : R:1.85, V:1, B1.65) ?

PPS :
Pour info, j'en profite pour faire remonter un pb au lancement :

***@*******:~$ siril
Gtk-Message: Failed to load module "overlay-scrollbar"
error: L'ouverture du fichier « siril3.glade » a échoué : Aucun fichier ou dossier de ce type

(siril:8406): Gtk-WARNING **: Content added to the action area of a dialog using header bars

(siril:8406): Gtk-WARNING **: Content added to the action area of a dialog using header bars

PPPS :
Il n'y a pas de lanceur pour Siril, on est obligé de le lancer par un terminal, normal ? Ou bien j'ai eu un problème à l'install ?

Dernière modification par mao-40 (Le 13/11/2014, à 01:49)

lock · Le 13/11/2014, à 09:32

Bonjour,
Content que Siril te plaise. Pour le stacking il faut jouer avec les paramètres oui. Moi j'utilise le Winsorized Sigma Clipping en regardant le bruit obtenu en sorti. Et je fais des tests. (normalisation : additive with scaling).
La réduction du vert : laisse les paramètres par défaut ca marche très bien.

PS : Normalement tu n'as pas accès à la balance car tu es en mode : "Create Raw Bayer CFA Image". Ne touche a rien d'autres pour le pré-traitement.
PPS : La première erreur est tout à fait normal. Pour les warnings ca peut être a cause de la version de Ubuntu.
PPPS : Oui pour l'instant il vaut mieux le lancer par la ligne de commande (ça nous permet d'avoir un retour des erreurs également).

EDIT : je viens également de corriger le bug de segfault que tu m'avais signalé.
Merci !!

Dernière modification par lock (Le 13/11/2014, à 12:58)

lock · Le 15/11/2014, à 09:14

Bonjour .

Super nouvelle car Siril sera dans les dépots de Ubuntu 15.04 : https://launchpad.net/ubuntu/+source/siril

Bonne journée

lock · Le 30/12/2014, à 10:30

Bonjour, comme cadeau de fin d'année, voici la nouvelle version release-candidate (RC), de Siril. La RC, c'est pas tout à fait une version finale, mais ça s'en approche : la priorité est maintenant de trouver des bugs que nous n'aurions pas encore rencontré afin de les corriger avant de sortir la première version officielle de Siril.

Voici un aperçu des changements apportés depuis la beta :

- de nombreuses corrections, en particulier dans l'extraction de fond de ciel, l'alignement de l'outil de composition d'images colorées, les algorithmes de rejet de pixels, et les ondelettes,
- l'exécution en tâche de fond des tâches lourdes pour laisser l'interface graphique réactive, et afficher des infos dans l'onglet des messages
- la rotation des images en prenant n'importe quelle valeur d'angle (mais pas encore dans la registration)
- un outil de suppression des bandes lumineuses, le Canon banding.

Les nouveaux packages debian seront publiés d'ici quelques jours dans les dépôts, ils sont disponibles sinon sur la page de téléchargement de Siril 0.9.0 rc1 (http://free-astro.vinvin.tf/index.php/0.9.0_rc1), ainsi que des RPM. Un tar.gz existe aussi, sinon vous pouvez utiliser le SVN pour ceux qui en ont l'habitude.

Bonne fin d'année !!!

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#1 Le 12/11/2014, à 14:02

Siril, logiciel de (pré-)traitement d'images astronomique

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