Ubuntu-fr

saihaj

Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

j'essaye d'installer différents packages R pour avancer dans mon projet, mais je rencontre toujours les même message d'erreur qui s'affichent concernant les librairies à installer. à titre d'exemple:

installation path not writeable, unable to update packages: MASS, survival
Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘europepmc’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘enrichplot’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘clusterProfiler’ had non-zero exit status

Merci pour vos efforts

nam1962

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Donne nous :

cat /etc/apt/sources.list
ls /etc/apt/sources.list.d -1

---

[ Modéré ]

xubu1957

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

Tu peux donner le message d'erreur intégral comme indiqué dans le Retour utilisable de commande ?

Tu avais déjà galéré dans > [Résolu] Installation de R sur Ubuntu 18.04

---

Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

cat /etc/apt/sources.list
# deb cdrom:[Ubuntu 18.04.1 LTS _Bionic Beaver_ - Release amd64 (20180725)]/ bionic main restricted
deb-src http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main restricted #Added by software-properties

# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
# newer versions of the distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted multiverse universe

## Major bug fix updates produced after the final release of the
## distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted multiverse universe

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
## review or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
## your rights to use the software. Also, please note that software in 
## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
## security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse

## N.B. software from this repository may not have been tested as
## extensively as that contained in the main release, although it includes
## newer versions of some applications which may provide useful features.
## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
## or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse

## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
## 'partner' repository.
## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
## respective vendors as a service to Ubuntu users.
# deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner

deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted multiverse universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
deb https://download.sublimetext.com/ apt/stable/
# deb-src https://download.sublimetext.com/ apt/stable/
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
# deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
deb http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ubuntugis-unstable/ubuntu bionic main
# deb-src http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ubuntugis-unstable/ubuntu bionic main

ls /etc/apt/sources.list.d -1
marutter-ubuntu-c2d4u3_5-bionic.list
marutter-ubuntu-c2d4u3_5-bionic.list.save
webupd8team-ubuntu-java-bionic.list
webupd8team-ubuntu-java-bionic.list.save

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

J'attends toujours votre réponse, est ce qu'il y a une solution parce-que je suis bloquée

Merci

xubu1957

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

Quels sont les paquets que tu veux installer ?

Tu peux donner le message d'erreur intégral comme indiqué dans le Retour utilisable de commande ?

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Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

Je veux installer "Biomart", "clusterProfiler", "exprAnalysis"

xubu1957

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

A partir de quels sites ?

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saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

je veux les installer sur R via la commande install.packages() (ou si je trouve que le package n'est pas disponible pour la version de R que j'ai sur mon ordinateur j'utilise par exemple la commande:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("AnnotationHub", version = "3.8")

mais sur le terminal il m'affiche un tas de message d'erreur comme j'avais cité auparavant.

xubu1957

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Pour tes anomalies, tu as consulté le forum > forums.cirad.fr/logiciel-R/viewforum ?

Ou  support.bioconductor.org.

_ _ _

Tu as aussi, ce cas > community.rstudio.com/t/failed-to-install-package-clusterprofiler/20446/2

Configuration failed because libudunits2.so was not found. Try installing:

deb: (Debian, Ubuntu, ...)
Follow the instructions and install libudunits2-dev in your system, running this command from Linux console would do the job

La configuration a échoué car libudunits2.so n'a pas été trouvé. Essayez d'installer:

deb: (Debian, Ubuntu, ...)
Suivez les instructions et installez libudunits2-dev sur votre système. Exécuter cette commande à partir de la console Linux suffirait.

sudo apt install libudunits2-dev

Then you can install your package in R BiocManager::install("clusterProfiler", version = "3.8")

Ensuite, vous pouvez installer votre paquet dans R BiocManager :: install ("clusterProfiler", version = "3.8")

_ _ _

EDIT :

Un retour complet doit contenir toutes les lignes,
depuis celle, entière, de la commande
jusqu'à la ligne attendant la commande suivante, exemple :

moi@mon-pc~$: ma-commande
son retour
moi@mon-pc~$:

Faute de quoi, il manque souvent à ceux qui tentent de t'aider des éléments essentiels.

(Plus de détails dans ce message-ci Retour utilisable de commande.)

Et si tu ne veux pas divulguer ton nom d'user, tu le remplaces par "toto" ou ce que tu veux.

Dernière modification par xubu1957 (Le 05/04/2019, à 19:12)

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saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

sudo apt install libudunits2-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
libudunits2-dev est déjà la version la plus récente (2.2.26-1).
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 38 non mis à jour.
1 partiellement installés ou enlevés.
Après cette opération, 0 o d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] o
Paramétrage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
/usr/sbin/update-info-dir: 2: /etc/environment: Syntax error: Unterminated quoted string
dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--configure) :
 installed install-info package post-installation script subprocess returned error exit status 2
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 install-info
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

xubu1957

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Je laisse la main à des aidants confirmés.

---

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xubu1957

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

Vu ton post #9, je trouve dans > bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationHub.html

Installation
To install this package, start R (version "3.5") and enter:

Pour installer ce paquet, démarrez R (version "3.5") et entrez :

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("AnnotationHub", version = "3.8")

_ _ _

Au #11 :

38 non mis à jour

Tu arrives à passer :

sudo apt full-upgrade

?

Dernière modification par xubu1957 (Le 06/04/2019, à 07:53)

---

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Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

bruno

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Ce n'est probablement pas un problème de paquets Ubuntu mais un problème spécifque à l'usage de R et ses bibliothèques.
Voir ici le deuxième réponse :
https://stackoverflow.com/questions/418 … e-packages

ft

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Au passage notez que plein de packages pour R sont dispo dans les dépôts Disco (r-cran*) dont r-cran-biocmanager .

---

Ubuntu 24.04

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

sudo apt full-upgrade
[sudo] Mot de passe: 
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Calcul de la mise à jour... Fait
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
  linux-headers-4.15.0-47 linux-headers-4.15.0-47-generic
  linux-image-4.15.0-47-generic linux-modules-4.15.0-47-generic
  linux-modules-extra-4.15.0-47-generic
Les paquets suivants seront mis à jour :
  busybox-initramfs busybox-static fwupdate fwupdate-signed gir1.2-polkit-1.0
  gir1.2-snapd-1 grub-common grub-pc grub-pc-bin grub2-common libfwup1
  libnss-myhostname libnss-systemd libpam-systemd libpolkit-agent-1-0
  libpolkit-backend-1-0 libpolkit-gobject-1-0 libpq-dev libpq5 libsmbclient
  libsnapd-glib1 libsystemd0 libudev1 libunistring2 libwbclient0 linux-generic
  linux-headers-generic linux-image-generic linux-libc-dev policykit-1
  python3-httplib2 samba-libs sublime-text systemd systemd-sysv
  ubuntu-drivers-common udev ufw unattended-upgrades
39 mis à jour, 5 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
1 partiellement installés ou enlevés.
Il est nécessaire de prendre 0 o/92,1 Mo dans les archives.
Après cette opération, 334 Mo d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] o
Extraction des modèles depuis les paquets : 100%
Préconfiguration des paquets...
Paramétrage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
/usr/sbin/update-info-dir: 2: /etc/environment: Syntax error: Unterminated quoted string
dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--configure) :
 installed install-info package post-installation script subprocess returned error exit status 2
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 install-info
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

nany

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

Il y a un problème avec install-info.

/usr/sbin/update-info-dir: 2: /etc/environment: Syntax error: Unterminated quoted string

Donne le retour de :

cat /etc/environment

---

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/2uznaTjvb7I
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bonjour,

cat /etc/environment
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/ssl/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"

Merci

nany

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Ok. Donne le retour de :

sudo sed -i 's#/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"$##' /etc/environment && sudo apt install -fy

---

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/2uznaTjvb7I
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

sudo sed -i 's#/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"$##' /etc/environment && sudo apt install -fy
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  linux-headers-4.15.0-45 linux-headers-4.15.0-45-generic
  linux-image-4.15.0-45-generic linux-modules-4.15.0-45-generic
  linux-modules-extra-4.15.0-45-generic
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 8 non mis à jour.

nany

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bien, ton système est remis d’aplomb.

Pour ton problème avec R, je ne l’utilise pas donc je ne peux pas t’aider mais,

Ce n'est probablement pas un problème de paquets Ubuntu mais un problème spécifque à l'usage de R et ses bibliothèques.
Voir ici le deuxième réponse :
https://stackoverflow.com/questions/418 … e-packages

---

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/2uznaTjvb7I
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

S'il vous plaît j'ai une question,
quand je veux installer n'importe quelle chose j'ai cette erreur qui apparaît sur le terminal, (je crois qu'elle n'a pas de relation avec R):

dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--configure) :
 installed install-info package post-installation script subprocess returned error exit status 2
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 install-info
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

Merci

nany

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Donne le retour de :

sudo dpkg --configure -a

---

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/2uznaTjvb7I
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

saihaj

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

sudo dpkg --configure -a
Paramétrage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
/usr/sbin/update-info-dir: 2: /etc/environment: Syntax error: Unterminated quoted string
dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--configure) :
 installed install-info package post-installation script subprocess returned error exit status 2
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 install-info

nany

Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04

Bien. Donne le s retours de :

sudo apt clean

sudo apt install --reinstall install-info

---

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/2uznaTjvb7I
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!