Ubuntu-fr

oswald-p

Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Merci d'aller voir le wiki
http://doc.ubuntu-fr.org/bibus
Dernière mise à jour 10/02/07

Si comme moi vous êtes universitaire (enseignant ou étudiant en pleine rédaction de thèse) ou chercheur (qui trouve et qui a donc des dizaines d'articles à écrire ) vous avez sûrement été confronté à la douloureuse phase de l'insertion des références bibliographiques dans votre prose. Sous Windows il existe des logiciels payants comme "EndNote" qui fonctionnent correctement avec MS office.
Si vous vous mettez au logiciel libre (sous Linux, Windows ou OS X) et que vous utilisez OpenOffice là ça coince et ça peut vous pousser à laisser tomber ce logiciel.
Heureusement 2 solutions s'offrent à vous:
1) JabRef (http://jabref.sourceforge.net/). Applet Java qui fonctionne quel que soit l'OS mais qui nécessite d'utiliser emacs, LyX ou Kyle
2) Bibus (http://bibus-biblio.sourceforge.net). Logiciel dont il existe des versions Windows (98-XP), OS X et Linux. Il permet d'insérer des citations dans openoffice et même dans word (pour les irréductibles).

Après plusieurs essais c'est sur ce logiciel que mon choix s'est arrêté.

Pour installer Bibus sur ma Breezy il a fallu que je fouille le net à partir du post de Berneri (insuffisant pour faire fonctionner bibus chez moi) (http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=31399) et d'autres... voici la marche à suivre (pompage sur Berneri + ajout de ce qui m'a manqué pour que ça tourne):

Avant de commencer j'ajoute que j'ai installé Bibus sur plusieurs ordis sous Linux/Breezy avec succès en suivant cette méthode:

1) installation de Bibus

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Ajouter les lignes suivantes:

## Bibus
deb http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./
deb-src http://easynews.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./

Puis

sudo apt-get update
sudo apt-get install bibus libsqliteodbc python-pysqlite2 python-wxgtk2.6 python-uno

2) faire communiquer Bibus et Openoffice (inutile avec Dapper et Edgy, passer directement au 3)

pour cela il faut un peu modifier les fichiers de configuration de openoffice

sudo gedit /usr/lib/openoffice2/share/registry/data/org/openoffice/Setup.xcu

rechercher l'entrée

<node oor:name="Office">

et insérer le code suivant en dessous

<prop oor:name="ooSetupConnectionURL" oor:type="xs:string">
<value>pipe,name=OOo_pipe;urp;</value>
</prop>

puis il faut faire un certain nombre de liens symboliques pour que tout le monde soit content:

sudo ln -s /usr/lib/openoffice2 /usr/lib/openoffice
sudo ln -s /usr/lib/openoffice2/share /usr/lib/openoffice2/user

Maintenant tout devrait fonctionner...
Il suffit de lancer bibus (applications/bureautique/Base de données bibliographiques Bibus).

3) premier lancement

Un écran d'accueil de première connexion est ouvert, choisir Openoffice et cliquer sur "suivant"

Cliquer sur le bouton "activer" ce qui lance OpenOffice (si tout est OK)
     Accepter l'utilisation des macros
     Dans le document, cliquer  le bouton "Accept UNO connections"
     Fermer OpenOffice

Cliquer sur "Suivant"

Entrer un nom d'utilisateur de la base de donnée (votre login par exemple) et cliquer sur "suivant"

Indiquer un chemin et un nom à votre base de données bibliographique (/home/user/base-bibus par exemple)

4) Insérer une Référence dans un document OpenOffice

il faut avoir le document texte ouvert avec OOo ET Bibus ouvert également. Il faut également avoir des références dans sa base (ça ne marche pas directement depuis l'interrogation de pubMed). Donc essayer de récupérer une référence sur pubMed et la copier de "requêtes" vers "références".
On sélectionne la référence à insérer puis on choisi dans le menu "openoffice.org" l'action "insérer la citation".... tadaaaaa! ça doit s'insérer tout seul. Si on veut avoir un aperçu de ce que ça donnera il faut, dans bibus toujours, cliquer sur "openoffice.org/formater la bibliographie". Pour le rendu final, il faut utiliser "openoffice.org/finaliser"

Je vous laisse découvrir les options de mise en page via le menu "style".
C'est un résultat tout a fait comparable avec ce qui est obtenu avec des logiciels payants....

5) connexion internet derrière un proxy

Si votre connexion internet passe par un proxy, Bibus sera incapable de récupérer les citations sur PubMed. Ma demi-solution: avec un script ça fonctionne...

Créer un script de lancement bibus.sh comme suit:

gedit /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh

taper le code suivant:

#!/bin/sh
    export http_proxy="http://proxy.domaine.fr:3128"
    /usr/bin/bibus

y'a plus qu'a éditer le raccourci qui pointe dans le menus applications/bureautique/bibus (via applications/outils système/Editeur du menu application) et remplacer dans le champ "command" (via clic droit/propriété) "bibus" par "sh /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh".

6) dernières remarques

Chez certains utilisateurs qui ont fortement "customisé" leur distribution où qui utilise des versions différentes d'OpenOffice (autre que celle du dépôt) des étapes supplémentaires peuvent être nécessaires:

Bibus refuse de se lancer:

Dans ce cas essayez de rentrer ce code (merci strataoïde)

sudo ldconfig -v /usr/lib/openoffice2/program

Bibus refuse d'ouvrir openoffice au premier lancement:

Continuez le processus et déclarez votre nom d'utilisateur et le chemin vers votre base de donner bibliographique.
Puis recherchez et ouvrez le fichier "/usr/share/bibus/setup/UnoConnectionListener.sxd"
Cela permettra d'activer la connexion entre bibus et OpenOffice.

Dernière modification par oswald-p (Le 03/04/2007, à 18:46)

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SamheG

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

wiki ?

benjou

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

excellent j'essaie demain...
Pas tellement pour moi (converti au LaTeX) mais pour convertir mes collegues a oO...

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écrasons l'infâme

hello_world

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Hello

Ce programme m'interesse beaucoup, ça fait depuis un bon moment que je cherches une altérnative crédible à endnote. Lates est très bien, mais en effet pas très attractife pour les néophites...

Bon evidement, ça ne marche pas. Mais je vois déjà deux causes de fautes:

la ligne

<node oor:name="Office"/>

ne devrait-elle pas être

<node oor:name="Office">

L'autre problème c'est que tu ne prècise pas ou faire la deuxième serie de lien symbolique..

Merci d'éclairer ma lanterne!

++

gostatino

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

ha très bien ça
même remarque que benjou (c'est pas pour moi mais pour des amis, moi je suis sous latex)
et ça devrait faire au moins une heureuse

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oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

merci hello_word

effectivement c'est bien la ligne

<node oor:name="Office">

qu'il faut repérer...

pour la deuxième série de liens symboliques, il faut taper les lignes de code tel quel et c'est bon (le chemin est complet)

Pour re-inisitialiser le premier lancement de bibus, il faut effacer le fichier ".bibus" du dossier home. on relance bibus et là le process d'initialisation redémarre.

c'est mieux là?

O-p

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Berneri

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

@Oswald-p tu as Bibus 1.2 ou 1.1, il me semble que la version 1.2 fonctionne avec Python2.4, dans ce cas ce lien symboliqur-là devrait être inutile, non ?

sudo ln -s /usr/lib/libpython2.4.so.1.0 libpython2.3.so.1.0

Sinon, c'est vrai qu'avec ma méthode, le bouton "activer" au lancement de Bibus1.2 ne fonctionne pas, moi j'ai résolu le problème en lançant directement ce fichier, à partir de Ooo Writer:

/usr/share/bibus/Setup/UnoConnectionListener.sxd

C'est le fichier qui doit être ouvert quand on clique sur le bouton "activer".
C'est sûr, c'est nettement moins élégant que ta méthode, mais je ne suis linuxien que depuis décembre... Donc...;)
En tout les cas félicitations pour ton post.:D

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"La liberté d'autrui étend la mienne à l'infini."
M. Bakounine
« Le capitalisme ne se discute pas, il se détruit. »
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hello_world

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Hello...

Non, ce n´est pas mieux, puisqu´en fait j´avais fait juste des la premiere fois... simplement j´etais pas sur. J´avais lu en vitesse tes liens... je n´avais pas vu que tous le chemin etait indique. Mea culpa. Je vais quand meme essayer avec la methode de Berneri, puisque c´est la que ca coince.

Merci beaucoup pour l´aide!

++

oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Merci pour vos remarques.

Effectivement c'est la version 1.2 de bibus, donc les liens avec la librairie python on été enlevé.

Par contre je suis étonné que ça ne fonctionne pas chez vous. Je viens de l'installer sur un autre ordi sous breezy sans problème en suivant les instruction ci-dessus.

Au moment où on lance Bibus pour la première fois (ou après avoir effacé le .bibus de son home) OOo doit être fermé. Quand on clic sur "activer" il s'ouvre et là il faut  activer le pipe en cliquant sur "Accept UNO connections".

En utilisation courante, pour insérer une référence dans un document texte, il faut avoir le document texte ouvert avec OOo ET Bibus ouvert également. Il faut également avoir des références dans sa base (ça ne marche pas directement depuis l'interrogation de pubMed).

Est-ce que l'un de vous pourrait essayer pour voire (en supprimant le fichier .bibus par exemple et en reprenant le tuto) si mes explications sont plus claires?

on touche au but

O-p

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hello_world

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

J´essaye ce soir si je suis connecte a internet... mon voisin sera-t-il la?

++

Berneri

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

En fait pour moi ça marche sans problèmes. Avec ma méthode, je confesse que je n´ai pas essayé la tienne, vu que c´est déjà réglé en ce qui me concerne.

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oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Merci Berneri

si quelqu'un qui n'a pas encore installé Bibus veut bien se lancer et me dire si ça fonctionne ça sera le paradis

O-p

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Berneri

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

J'ai essayé ta méthode, ça roule...
je l'ai essayée sans enlever la mienne, simplement, dans mon cas, si je tape bibus dans un terminal, j'ai une erreur pour bibus 1.2, cette erreur ne se produit pas pour bibus 1.1. D'où ma méthode et mes différentes éditions pour corriger le problème. Si je veux que ça marche, je dois lancer bibus1.2 dans un terminal (voir mon post).
Donc j'ai essayé ta méthode et c'est ok, le bouton "activer" est actif quand je tape bibus dans un terminal... Donc cela devrait fonctionner. Pour voir un détail de mes soucis tu peux voir mon post (lien ci-dessous) mais tu as résolu le truc d'une manière bien meilleure.

http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=31399

Salut

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hello_world

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

sudo apt-get remove bibus
rm ~/.bibus

votre tuto

ça marche... Je ne sais pas ce que j'avais fait faux hier soir, mais en tout cas, actuellement tout fonctionne. Merci beaucoup!

ps ça fait rire: http://www.ritme.com/fr/tarifs/bibliographie.html

Dernière modification par hello_world (Le 05/04/2006, à 19:33)

SamheG

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

si quelqu'un qui n'a pas encore installé Bibus veut bien se lancer et me dire si ça fonctionne ça sera le paradis

C'est ce que j'ai fais !
Le tuto est nickel. Aucun problème mis à part que je ne trouve pas ce fichu "insérer la citation" dans OOo

Sinon question à 2€ : Ca sert à quoi ??

oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

c'est dans bibus qu'est le menu insérer la citation....
sinon ça sert a citer le travail d'autres auteurs dans une publication (livre, article, manuels) et donc c'est utilisé au quotidien par les chercheurs (qui publient leurs résultats dans des journaux scientifiques comme Nature, Science... ) et les étudiants qui rédigent des mémoires de stages ou bien des Thèses...
Merci pour votre aide.
Je vais voire pour insérer ça dans le wiki.

O-p

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oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

la vache Hello-world!
j'avais pas vu le prix!
400 zoros pour un logiciel gratuit
Vive le Libre!

O-p

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pépère

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

c'est utilisé au quotidien par les chercheurs (qui publient leurs résultats dans des journaux scientifiques comme Nature, Science... )

Euh... perso, je fais souvent des citations, mais je publie rarement dans ces revues ! (jamais ? ah, euh, oui, jamais en fait)

---

Contre la récupération politicienne d'Ubuntu.

oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

moi non plus en fait j'ai jamais publié dans Nature... ni dans Science...
Bon...  je vais me remettre au boulot alors

O-p

Dernière modification par oswald-p (Le 06/04/2006, à 16:19)

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oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

finalement, il semble que dans le processus d'installation "faire communiquer bibus et OpenOffice", la partie consistant à modifier le fichier de configuration de openoffice ne soit pas nécessaire..
Quelqu'un aurrait-il le courage de tester chez lui si en passant directement aux liens symboliques ça fonctionne?
Chez moi ça marche mais j'aimerais savoir si ça fonctionne également chez quelqu'un qui n'a pas encore installé Bibus (moi je l'ai déjà installé sur tous les ordis autour de moi pour faire mes tests ).

Si ça continu il va finir par s'installer tout seul ce truc

O-p

Dernière modification par oswald-p (Le 06/04/2006, à 20:04)

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Berneri

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Euh, chez moi ça a marché comme çà. Le problème, c'est que les liens symboliques ne semblent pas persistants chez moi i.e. bizarrement, après 2, 3 redémarrages, ils faut les recréer. D'où l'utilisation de ce script pour lancer Bibus:

#!/bin/sh
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/openoffice2/program
export PYTHONPATH=/usr/lib/openoffice2/program
exec /usr/bin/python /usr/share/bibus/bibus.py

et là, c'est ok.
Bon en même temps, j'ai fait une mise à jour d'une version 1.1 bidouillée pour fonctionner avec python2.4 vers la version 1.2 de bibus, du coup, je sais pas si c'est très propre.

Dernière modification par Berneri (Le 07/04/2006, à 13:23)

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"La liberté d'autrui étend la mienne à l'infini."
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Crétin

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Evidemment, j'arrive un peu comme un cheveu sur la soupe mais il existe aussi la possibilité de faire fonctionner Endnote et Word avec wine.

Oui incroyable, ca marche. Meme la discussion entre les deux!

De la même manière, Scifinder (logiciel permettant de rappatrier des références bibliographiques que l'on peut importer facielement dans Endnote) fonctionne aussi avec wine!

Question à ceux qui l'ont testé: bibus permet-il un import rapide : 1) de références générées par Scifinder? , 2) de la liste des références que l'on a sous EndNote?

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A touché le fond mais creuse encore.

oswald-p

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Cher crétin (ça fait drole d'écrire ça )
pour le fonctionnement de de Word + Endnote, effectivement ça marche avec wine...
MAIS ça coûte 160 € le pack office étudiant et 400 € Endnote (200 € pour les universitaires). En plus de ça on retombes sur les problèmes de word .... etc etc etc...

Pour l'import depuis Endnote vers Bibus ça marche... Dans Endnote il faut choisir le style "Export Refer" puis choisir "Exporter au format txt". Dans Bibus il faut choisr "import Refer (Endnote)" prendre le code page cp1252 et ça roule...

J'ai testé Bibus sous Windows... il fonctionne parfaitement avec OpenOffice OU Word... pour ceux qui n'ont pas le choix

Pour Scifinder, s'il est capable d'exporter au format Medline, refer, RIS, bibtex ou ISI ça doit marcher également...

Berneri,
Effectivement, je n'ai jamais expérimenté ce qu'il t'arrive... chez moi ça continu à fonctionner normalement... je n'ai pas besoin de créer de script de lancement :-). Une petite re-installe toute propre?

@+

O-p

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strataoïde

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Salut, j'ai essayé d'installer Bibus bien que j'adore JabRef (mieux que cette saloperie de programme sous windows qui fait la même chose pour beaucoup plus cher). Mais bon, Jabref, il aime pas openoffice et moi j'aime pas le module bibliographique d'openoffice 2. D'ailleurs rien que pour ça je fais du latex. Bref, Je trolle à Donf.

Bon troll à part. J'ai essayé en suivant le tuto et j'obtiens ça comme message d'erreur quand je lance bibus. Je précise que la fenêtre 1er démarage bibus se lance mais qu'elle saute assez vite, je crois que le programme est killé. Je l'ai lancé aussi en ligne de commande et ça donne ça.

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/bibus", line 133, in ?
    Bibus = Bibus()
  File "/usr/lib/python2.4/site-packages/wx-2.6-gtk2-unicode/wx/_core.py", line 7473, in __init__
    self._BootstrapApp()
  File "/usr/lib/python2.4/site-packages/wx-2.6-gtk2-unicode/wx/_core.py", line 7125, in _BootstrapApp
    return _core_.PyApp__BootstrapApp(*args, **kwargs)
  File "/usr/bin/bibus", line 118, in OnInit
    dlg.Run()
  File "/usr/share/bibus/FirstStart.py", line 148, in Run
    import uno
  File "/usr/lib/python2.4/site-packages/uno.py", line 37, in ?
    import pyuno
SystemError: dynamic module not initialized properly

C'est grave docteur?
Ou c'est l'erreur que vous avez eu?

Dernière modification par strataoïde (Le 07/04/2006, à 23:08)

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la commande la plus utile sous linux? man bien sur!

strataoïde

Re : Bibus, bibliographie (voir le wiki: http://doc.ubuntu-fr.org/bibus)

Bon, je vous préviens, je kamikamize!!!
cette commande m'a permi de lancer le premier démarrage de Bibus donc l'erreur précédente est obsolète.

sudo ldconfig -v /usr/lib/openoffice2/program

Mais quand je clique le bouton activer, il ne se passe rien, open office ne se lance pas.

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la commande la plus utile sous linux? man bien sur!