Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

David · Le 21/09/2010, à 18:44

alej a écrit :

Après, j'peux plus grand chose pour toi vu que je n'ai pas l'ombre de la moindre idée de ce à quoi ce truc peut servir...

Moi non plus, et j'aimerais bien savoir en fait

Ediju · Le 21/09/2010, à 19:03

c'est un logiciel super dangereux on a dit ..

Je fais de la biologie marine ... c'est pour jouer avec 600 000 sequences ADN que j'ai reçu! Controle qualité, clustering etc... Voilou en gros c'est ça

Ediju · Le 21/09/2010, à 19:06

Il me dit permission non accordée pour mon /home/moi/.profile
... grrr il me manque quoi ???

Ediju · Le 21/09/2010, à 19:09

Oui et bien pas de professionnel dispo et mon boss ne veut pas embaucher de bioinformaticien donc je dois me débrouiller ... c'est tout à fait faisable avec un peu d'aide. Merci Alej

alej · Le 21/09/2010, à 19:27

Ediju a écrit :

Il me dit permission non accordée pour mon /home/moi/.profile
... grrr il me manque quoi ???

C'est louche. Dans le terminal...

ls -l ~/.profile

... ça dit quoi ?

Ediju · Le 21/09/2010, à 19:33

-rw-r--r-- 1 jj jj 675 2010-08-02 13:13 /home/jj/.profile

alej · Le 21/09/2010, à 19:36

Ediju a écrit :

-rw-r--r-- 1 jj jj 675 2010-08-02 13:13 /home/jj/.profile

Donc ,c'est bon. Et...

gedit ~/.profile

?

alej · Le 21/09/2010, à 19:43

Ediju a écrit :

Il me dit permission non accordée pour mon /home/moi/.profile
... grrr il me manque quoi ???

Je viens seulement de comprendre que tu as tapé...

/home/moi/.profile

... tel quel dans le terminal Dis, Ediju, si tu ne lis pas un minimum de doc, ÀMHA, tu ne vas pas aller bien loin avec ton soft...

Ediju · Le 21/09/2010, à 19:47

j'ai pas mis moi, hein ... et j'ai écrit le path apres ... c'était pas comme ça ?

alej · Le 21/09/2010, à 19:50

Ediju a écrit :

j'ai pas mis moi, hein ... et j'ai écrit le path apres ... c'était pas comme ça ?

Faut éditer le fichier "~/.profile" pour conserver "en dur" le chemin vers les exécutables et les scripts (PATH=$PATH:machin:truc)...

Ediju · Le 21/09/2010, à 20:11

Ok bon j'avais pas la moindre idée qu'il fallait éditer les fichiers et écrire des trucs dedans... j'apprends au moins ! Merci

alej · Le 21/09/2010, à 20:27

Même pour une blonde, "Doc.pdf", ça paraît assez explicite...

La doc a écrit :

This and the Scripts directory need to be added to your path. If you unzip AmpliconNoise.zip in your home directory /home/whoeverIam/ then this command should be added to your .bashrc or .profile or equivalent:
PATH=/home/whoeverIam/AmpliconNoise/bin:/home/whoeverIam/AmpliconNoise/Scripts:$PATH
export PATH

Par contre, comme t'es blonde, "unzip AmpliconNoise.zip", ça se fait dans le répertoire "AmpliconNoise" alors que chez toi, ça s'est fait dans le répertoire "AmpliconNoiseV1.2", HEIN !!!

Ediju · Le 21/09/2010, à 20:35

merci j'ai pas eu de probleme avec les noms (chatain claire) ....
oui j'ai le doc.pdf, j'ai pas plus compris, sinon je n'aurais pas demandé!! Je connaissais le terminal c'est déjà ça... le .profile c'est nouveau, donc j'écrivais tout sagement dans le terminal...
j'apprends j'apprends... mais de toute façon mon ordi va pas savoir gérer donc ... tout à refaire sur des ordis plus puissants, mais au moins maintenant je sais (enfin j'espere savoir assez ...) Merci beaucoup en tout cas.

burty · Le 22/09/2010, à 10:17

bonjour,

je crois que je suis aller un peu vite ubuntu apparemment peut tenir le coup pour la bio informatique.

pour me faire pardonner mon ignominie voila un linux dedié
http://nebc.nox.ac.uk/tools/bio-linux

Dernière modification par burty (Le 22/09/2010, à 10:44)

burty · Le 23/09/2010, à 21:47

un lien interressant

http://www.sb-roscoff.fr/fr/plateformes-techniques/bioinformatique-sbr.html

j'espere qu'ediju va revenir...

Ediju · Le 23/09/2010, à 21:51

Le programme tourne !

Merci pr le site de roscoff ! Je connais

burty · Le 23/09/2010, à 21:57

bonsoir ediju

super si il tourne ,un instant j'ai cru qu'a cause de moi tu aurais abandonné,j'ai eu un peu peur

et le programme qui tourne,c'est celui de ton message? ou tu as installé "bio-linux"?

en tous cas je peut souffler

Ediju · Le 23/09/2010, à 22:06

c'est le programme dont je parlais ... Pas mal de chose à changer sur le script, on va essayer de le faire tourner sur un cluster de plusieurs ordis... si il marche sur l'essai qui tourne maintenant.

les outils classiques de bioinformatique ne gerent pas la masse de données que j'ai malheureusement...

burty · Le 23/09/2010, à 22:14

c'est bien ce que je pensais,il faut un meilleur logiciel...il faudrait chercher un peut plus loin,je pense ,du moins j'espere que quelqu'un reprendra ce fil comme je disais... en privé,moi j'ai un statut de simple utilisateur,je suis pas officiel et ne pourrait ,entre autres problemes,te faire par exemple une garantie

pour moi ca s'arrete la,j'ai,et pour la premiere fois d'ailleurs,signaler ton message...je pense que tu auras une reponse

je ne m'y connais pas trop et ne pourrais te diriger correctement...désolé...

Dernière modification par burty (Le 23/09/2010, à 22:16)

Ediju · Le 23/09/2010, à 22:21

Non mais ce programme est publié et développé pour ce types de données ! les méthodes de traitement peuvent être différente c'est pourquoi il faut vérifier le script point par point ! J'ai un ami qui m'aide maintenant, il est pas vraiment pro de linux mais prof d'info donc meilleur que moi !

burty · Le 23/09/2010, à 22:27

ben alors...bonne chance pour votre installation et bon,esperons qu'il y aura reponse a vos questions ...

@+

Ediju · Le 23/09/2010, à 22:29

jpense que tout marche pour l'instant plus trop de questions ! Let's hope
Merci pour l'aide

++

burty · Le 23/09/2010, à 22:40

passe le message en resolu

tu edites ton premier message et tu ajoutes "resolu" au titre

@+

Dernière modification par burty (Le 23/09/2010, à 22:41)

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