téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

NotF0und · Le 04/01/2013, à 21:22

Le script que j'ai fais fonctionne très bien. Il parcours tous les dossiers contenus dans le serveur FTP, va dans les dossiers NCRNA et télécharge les dossiers .ncrna.fa.gz

Trouvable --> ICI

René-aristide · Le 04/01/2013, à 21:59

D'accord merci je vais essayer tout sa avec mon binôme c'est vraiment gentil je vous tiens au courant.

Cordialement.

Watael · Le 04/01/2013, à 22:01

NotF0nd a écrit :

Le script que j'ai fais fonctionne très bien.

ça m'étonnerait, quand je vois ça:

wget -qO essai1 "ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-69/fasta/" | more essai1 | grep "Oct"

Dernière modification par Watael (Le 04/01/2013, à 22:01)

NotF0und · Le 04/01/2013, à 23:12

Watael a écrit :

NotF0nd a écrit :
Le script que j'ai fais fonctionne très bien.
ça m'étonnerait, quand je vois ça:
wget -qO essai1 "ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-69/fasta/" | more essai1 | grep "Oct"

C'était en fonction du bout de code de la fille qui avait posté pour l'aide.
Mais ça t'étonne ? Test le, et tu gagneras 1 post et moi aussi

Watael · Le 04/01/2013, à 23:34

donc, non seulement ce n'est pas un script que tu as fait, mais tu insistes pour dire que tu ne comprends même pas le code que tu reprends.

je t'explique alors.
- si wget met sa sortie dans un fichier essai1, il est inutile de le piper vers une autre commande.
- more, si le fichier dépasse le nombre de ligne de l'écran, bloque le défilement. alors le pipe suivant ne recevra rien.
- sortir un fichier par une commande (comme cat) est inutile: grep sait lire les fichier tout seul.

et je m'arrête là, y en a d'autres sur la même ligne.

si j'étais toi, je ne me vanterais pas d'avoir fait un tel "script".

Dernière modification par Watael (Le 04/01/2013, à 23:35)

NotF0und · Le 05/01/2013, à 00:22

J'ai l'impression de parler avec un singe, quoique un singe serait surement plus malin...
Le script que j'ai fais, c'est bien évidement moi qui l'ai conçu, en partant d'un bout de script qui ne marchait pas pour que la personne puisse garder son style dans le script et ne pas tout lui faire à sa place. Je me vente ? Confirme mes dires.

VOILA

Sur ce, on n'est pas la pour se juger. Je te laisse noob plein d'exécration !

Watael · Le 05/01/2013, à 00:46

mais bien sûr.
et ça:

if [[ ! -e "*.ncrna.fa*" ]]

c'est bien de toi, non?
et tu crois vraiment que ça fonctionne?

Les astérisques ne sont pas développés entre guillemets, ou entre [[ ]].
Ça s'interprète ainsi:

si un fichier ou un dossier littéralement nommé *.ncrna.fa* n'existe pas...

encore une ?

les `cd' dans un script ne sont efficaces que dans le script, ça ne change pas l'environnement courant, puisque le script s'exécute dans un sous-interpréteur.

enfin, pour la petite histoire, je suis ce noob là

NotF0und · Le 05/01/2013, à 01:56

Tout ça pour dire que ça marche ... THX
C'est bien tu sais googler GG

Watael · Le 05/01/2013, à 02:26

Neurones: error: Neurones NotF0und

Tu ne comprends pas:

if [[ ! -e "*.ncrna.fa*" ]]

retournera toujours vrai, le `mv' ne sera jamais exécuté, même si des fichiers correspondent à cette expression.

touch monFichier
if [[ ! -e "*F*" ]]; then echo 'bah si ! monFichier existe'; else echo 'ah oui ?!'; fi
bah si ! monFichier existe

bon, on va continuer :

var="foo bar baz"
for var in $var; do echo "$var"; done
foo
bar
baz
echo "$var"
baz

heureusement que je n'ai plus besoin de la valeur originale de $var !

ljere · Le 05/01/2013, à 09:27

modération: merci de modérer vos propos ci dessus nous sommes dans une section d'aide

ljere · Le 05/01/2013, à 09:38

@NotF0und ton script ne fonctionne pas il est en effet rempli de contradiction et venir sur cette discussion en disant moi j'ai la vrai solution alors que quand on test ton script
voila les retours

'/home/jerem/script en cours/test.sh'
[!] Script launch
[!] Telechargement en cours
[!] Ceci peut prendre quelques minutes ... 

[?] Saisir le dossier a creer : ncrna
mkdir: impossible de créer le répertoire «/home/jerem/bin/ncrna»: Aucun fichier ou dossier de ce type

[+] Creation du dossier effectué
[!] Aucun fichier .ncrna.fa trouve
/home/jerem/script en cours/test.sh: ligne 39 : cd: /home/jerem/bin/ncrna: Aucun fichier ou dossier de ce type
Vous etes maintenant dans votre dossier ncrna

il n'y a rien de créé donc je retente en créant le fichier bin dans mon user

'/home/jerem/script en cours/test.sh'
[!] Script launch
[!] Telechargement en cours
[!] Ceci peut prendre quelques minutes ... 

[?] Saisir le dossier a creer : ncrna

[+] Creation du dossier effectué
[!] Aucun fichier .ncrna.fa trouve
Vous etes maintenant dans votre dossier ncrna

cette fois ci le dossier ncrna est créé mais reste vide
ton script n'est pas viable tu devrais écouter les conseils de watael au lieu de faire celui qui a toujours raison

gigiair · Le 05/01/2013, à 11:49

laeti5690 a écrit :

Je suis d'accord, avec votre commande je télécharge quelque chose, mais je télécharge toute la page... c'est énorme.
J'aimerai seulement pouvoir télécharger les ARNnc.
Merci

wget -r -nd  -A '*.ncrna.fa.gz' ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-69/fasta/

le fait, sans aucun script.
L'option -nd est pour sauvegarder les fichiers dans le répertoire courant (sans le chemin d'accès sur le serveur)
l'option -A '*.ncrna.fa.gz' ne télécharge que les fichiers dont le nom colle au modèle *.ncrna.fa.gz (c'est bien ceux-là et ceux-là seulement que tu désires ?)

info wget

pour plus d'options.

ljere · Le 05/01/2013, à 12:21

bien joué gigiair j'avais lu le man de wget et je n'avais pas vu cette subtilité

Watael · Le 05/01/2013, à 12:32

J'applaudis de mes quatre mains ^^

avec un petit bémol: pour utiliser cette unique commande, il faut connaître l'adresse du site ftp, et des sous-répertoires (qui ne sont pas donnés dans l'énoncé), qu'on trouve dans le code de la page d'accueil.

+1 gigiair.

gigiair · Le 05/01/2013, à 12:45

lftp permet une exploration interactive du site distant. Je trouve que c'est mieux adapté pour ce problème, c'est comme ça que j'ai fabriqué ce masque. Mais puisque la consigne ést d'utiliser wget...

René-aristide · Le 05/01/2013, à 17:58

Bonjour,

Merci pour votre réponses, cela m'a beaucoup aidé. Cependant je voulais savoir comment utiliser grep afin d'avoir le même résultat qu'avec -A parce je n'ai jamais utilisé la commande -A?
Cordialement.

gigiair · Le 05/01/2013, à 18:39

-A ce n'est pas une commande, c'est une option de la commande wget.
grep, ce n'est pas une option de la commande wget, c'est une commande qui s'utilise de manière autonome. Et qui a aussi une option -A, mais qui n'a strictement rien à voir avec l'option -A de wget.
Pour plus de détails, voir

info finding files

et

info wget

Utiliser grep, ce n'est pas un but en soi, et grep a priori n'a rien à faire pour rapatrier des fichiers distants.
Si vous voulez de l'aide, merci de poser des questions précises, qui n'induisent pas une solution particulière. Ou alors dites exactement pourquoi vous souhaitez ce type de solution.

Dernière modification par gigiair (Le 05/01/2013, à 19:22)

René-aristide · Le 05/01/2013, à 19:14

D'accord, merci pour cet éclaircissement. Mais est-ce qu'il y aurait une manière de le faire avec grep?

René-aristide · Le 05/01/2013, à 19:15

C'est à dire ne laisser passer que les ncrna et bloquer les autres (adn, ncadn....)

gigiair · Le 05/01/2013, à 19:30

Je ne comprend pas ce que vous voulez faire. Pour autant que je sache, grep n'opère pas sur un serveur distant.
Que voulez vous dire par «laisser passer» ? La commande wget que je vous ai indiqué télécharge les fichiers ncma et eux seuls (elle «bloque» les autres en ce sens qu'elle ne les télécharge pas).
Essayez d'exprimer votre désir de manière claire.

René-aristide · Le 05/01/2013, à 19:46

Finalement j'ai réussi, grâce à vous merci encore pour votre aide

gigiair · Le 05/01/2013, à 19:55

On est tous content de le savoir, mais pour tous ceux qui sont intéressés par le sujet, il serait bien de savoir ce que vous avez voulu faire et comment vous l'avez fait. Un forum d'aide, c'est un lieu d'entraide collectif ou tout le monde apporte : demandeurs et intervenants. Sans ça, ça ne peut pas fonctionner.

René-aristide · Le 05/01/2013, à 20:00

Oui alors j'ai utilisé la ligne de commande que vous m'avais écrite plus haut:
wget -r -nd -A '*.ncrna.fa.gz' ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-69/fasta/

Avec ceci j'ai pu télécharger toutes les données des ncrna mais les autres dossiers que je ne voulais pas se sont tout de même importer sur mon ordinateur mais il était cependant vide donc en gros seuls les ncrna se sont télécharger.

xavier4811 · Le 05/01/2013, à 20:12

Bonjour,

@René-aristide : j'ai répondu sur l'autre fil ici.
Bon c'est pas avec grep mais au moins ça filtre ce que tu veux.

Ubuntu-fr

Navigation

Liens de recherche

Annonce

#26 Le 04/01/2013, à 21:22

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#27 Le 04/01/2013, à 21:59

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#28 Le 04/01/2013, à 22:01

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#29 Le 04/01/2013, à 23:12

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#30 Le 04/01/2013, à 23:34

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#31 Le 05/01/2013, à 00:22

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#32 Le 05/01/2013, à 00:46

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#33 Le 05/01/2013, à 01:56

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#34 Le 05/01/2013, à 02:26

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#35 Le 05/01/2013, à 09:27

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#36 Le 05/01/2013, à 09:38

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#37 Le 05/01/2013, à 11:49

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#38 Le 05/01/2013, à 12:21

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#39 Le 05/01/2013, à 12:32

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#40 Le 05/01/2013, à 12:45

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#41 Le 05/01/2013, à 17:58

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#42 Le 05/01/2013, à 18:39

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#43 Le 05/01/2013, à 19:14

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#44 Le 05/01/2013, à 19:15

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#45 Le 05/01/2013, à 19:30

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#46 Le 05/01/2013, à 19:46

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#47 Le 05/01/2013, à 19:55

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#48 Le 05/01/2013, à 20:00

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

#49 Le 05/01/2013, à 20:12

Re : téléchargement de plusieurs fichiers fasta avec la commande wget

Pied de page des forums