[Résolu] (Ré)installation de R, problème de dépendances

Khelen · Le 16/07/2013, à 11:32

Bonjour,

je cherche à réinstaller le logiciel de statistiques "R", que j'avais utilisé il y a quelques temps puis désinstallé.

Je n'arrive pas (plus) à l'installer...
Voici le message que je reçois :

sudo apt-get install r-base-core
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base-core : Dépend: libgfortran3 (>= 4.3) mais il n'est pas installable
               Dépend: liblapack3gf mais il n'est pas installable ou
                        liblapack.so.3gf ou
                        libatlas3gf-base mais ne sera pas installé
               Recommande: r-recommended mais ne sera pas installé
               Recommande: r-base-dev mais ne sera pas installé
               Recommande: r-doc-html mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

J'ai déjà essayé de nettoyer les paquets cassés

sudo apt-get install -f
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.

le problème est toujours là...

Une âme charitable, une prière ou en dernier recours un fusil de chasse serait bienvenu...

Dernière modification par Khelen (Le 18/07/2013, à 13:30)

bishop · Le 16/07/2013, à 13:27

Salut ! Si c'est un problème de dépendances tu pourrais installer le dépôt pour raring proposé par http://cran.univ-lyon1.fr.
Note que l'installation de la clé publique est au paragraphe SECURE APT.

Détail des paquets proposé dans ce dépôt.
R, un projet de calcul statistique dans la documentation ubuntu-fr.

Dernière modification par bishop (Le 16/07/2013, à 13:29)

Khelen · Le 17/07/2013, à 11:57

bishop a écrit :

Salut ! Si c'est un problème de dépendances tu pourrais installer le dépôt pour raring proposé par http://cran.univ-lyon1.fr.
Note que l'installation de la clé publique est au paragraphe SECURE APT.

Euh... je suis sous Precise, et j'ai déjà ceci dans ma source de dépôts :

http://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu precise

bishop · Le 17/07/2013, à 12:37

Salut Khelen !
Remplace le dépôt http://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu precise par celui proposé pour Precise sur http://cran.univ-lyon1.fr.

Pour installer le nouveau dépôt édite le fichier /etc/apt/sources.list :

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Copie/colle :

deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/ubuntu precise/

Enregistre et ferme l'éditeur.

Installe la clé publique :

gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

Met à jour :

sudo apt-get update

Installe R :

sudo apt-get install r-base

Dernière modification par bishop (Le 17/07/2013, à 12:40)

gigiair · Le 17/07/2013, à 23:24

Khelen a écrit :

bishop a écrit :
Salut ! Si c'est un problème de dépendances tu pourrais installer le dépôt pour raring proposé par http://cran.univ-lyon1.fr.
Note que l'installation de la clé publique est au paragraphe SECURE APT.
Euh... je suis sous Precise, et j'ai déjà ceci dans ma source de dépôts :
http://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu precise

AMHA le problème vient de là. Je suis sous Precise et r-base s'installe sans aucun problème. Il doit y avoir un conflit de dépendances avec la version fournie par ton dépôt.

Khelen · Le 18/07/2013, à 09:52

bishop a écrit :

Salut Khelen !
Remplace le dépôt http://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu precise par celui proposé pour Precise sur http://cran.univ-lyon1.fr.

Ah bah non, ça marche pas non plus... (j'ai suivi toute la manip, mais raccourci pour pas surcharger la discussion)

sudo apt-get install r-base
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.0.1-3precise) mais ne sera pas installé
          Dépend: r-recommended (= 3.0.1-3precise) mais ne sera pas installé
          Recommande: r-base-html mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

et si je fais :

sudo apt-get install r-base-core
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base-core : Dépend: libgfortran3 (>= 4.3) mais il n'est pas installable
               Dépend: liblapack3gf mais il n'est pas installable ou
                        liblapack.so.3gf ou
                        libatlas3gf-base mais ne sera pas installé
               Recommande: r-recommended mais ne sera pas installé
               Recommande: r-base-dev mais ne sera pas installé
               Recommande: r-doc-html mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Donc oui, je confirme c'est bien un problème de dépendance et pas un soucis d'origine des paquets (lyon ou zutich ont exactement les mêmes paquets)

gigiair · Le 18/07/2013, à 10:14

Pourquoi t'obstines-tu à installer r-base depuis un dépôt «exotique» ? Celui des dépôts «officiels» ne te convient pas ?

Khelen · Le 18/07/2013, à 10:21

@giglair
Euh, je comprends pas...

En quoi les dépôts provenant directement depuis le site R sont exotiques?
La première fois que j'ai installé R, il y a environ 1 an, sous Precise, il ne me semble pas qu'il y avait de dépôts autre que ceux fournis sur leur site...

bishop · Le 18/07/2013, à 12:09

Khelen !
Tu as ce message :

E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Essaie...
Lance Synaptic s'il est installé, s'il ne l'est pas installe-le.
Dans la section de gauche et en bas sélectionne "Filtres personnalisés".
En haut sélectionne "Cassés".
Si des paquets apparaîssent dans la fenêtre de droite désinstalle ces paquets : clique droit sur la sélection de paquets => Sélectionner pour suppression complète => Appliquer.

Puis essaie de réinstaller R.

gigiair · Le 18/07/2013, à 12:10

Les packages provenant du site de R ne peuvent pas connaître les versions disponibles des packages dépendants qui eux sont connus des empaqueteurs «officiels». Ceux des dépôts officiels, oui, oeuf corse..

Khelen · Le 18/07/2013, à 13:07

bishop a écrit :

Lance Synaptic s'il est installé, s'il ne l'est pas installe-le.
Dans la section de gauche et en bas sélectionne "Filtres personnalisés".
En haut sélectionne "Cassés".
Si des paquets apparaîssent dans la fenêtre de droite désinstalle ces paquets : clique droit sur la sélection de paquets => Sélectionner pour suppression complète => Appliquer.
Puis essaie de réinstaller R.

Arf, option déjà tentée auparavant, aucun paquet cassé

giglair a écrit :

Les packages provenant du site de R ne peuvent pas connaître les versions disponibles des packages dépendants qui eux sont connus des empaqueteurs «officiels». Ceux des dépôts officiels, oui, oeuf corse..

Ok, et je fais comment pour avoir les paquets officiels?
J'ai supprimé les dépôts "non-officiels" et tenté d'installer mais le problème subsiste, avec toujours le même message d'erreur
Alors on peut en conclure que le dépôt "officiel" a vraisemblablement le même soucis de dépendance si je suis ton raisonnement...

Khelen · Le 18/07/2013, à 13:29

J'ai finalement découvert où se situait le problème :

comme je l'ai mentionné, j'avais déjà installé R, puis désinstallé.
Entre-temps, il y a eu des modifications au sein des paquets de base officiels (la bibliothèque libfortran3 a été supprimée de la version 12.04)

j'ai donc téléchargé la bibliothèque... et je peux réinstaller R!
Problème résolu, désolé de vous avoir fait perdre du temps et merci pour vos conseils

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