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Pages : 1

#1 Le 05/10/2017, à 15:57

Jalal

Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Bonjour,

Je viens d'essayer d'installer le logiciel R en suivant les instructions présentes ici : https://doc.ubuntu-fr.org/r#via_les_depots_ubuntu

L'installation me renvoie un message d'erreur que je ne comprends pas : E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».


Voici l'ensemble des étapes suivies : 

jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu zesty/
bash: my.favorite.cran.mirror: Aucun fichier ou dossier de ce type
jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ deb [url]https://cran.univ-paris1.fr/bin/linux/ubuntu[/url] zesty:
La commande « deb » est introuvable, vouliez-vous dire :
 La commande « debc » du paquet « devscripts » (main)
 La commande « dub » du paquet « dub » (universe)
 La commande « xdeb » du paquet « xdeb » (universe)
 La commande « dex » du paquet « dex » (universe)
 La commande « dab » du paquet « bsdgames » (universe)
 La commande « deb3 » du paquet « quilt » (universe)
 La commande « debi » du paquet « devscripts » (main)
 La commande « derb » du paquet « icu-devtools » (main)
deb : commande introuvable
jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ sudo add-apt-repository "https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu>/"
[sudo] Mot de passe de jalal : 
jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ sudo add-apt-repository "deb [url]https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu[/url] zesty/"
jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
Executing: /tmp/tmp.zN4boczeRN/gpg.1.sh --keyserver
keyserver.ubuntu.com
--recv-keys
E084DAB9
gpg: demande de la clef E084DAB9 sur le serveur hkp keyserver.ubuntu.com
gpg: clef E084DAB9 : clef publique « Michael Rutter <marutter@gmail.com> » importée
gpg: Quantité totale traitée : 1
gpg:               importées : 1  (RSA: 1)
jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ sudo apt-get update
Err:1 https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu> xenial InRelease        
  Could not resolve host: <miroir.cran>
Atteint:2 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial InRelease                 
Réception de:3 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security InRelease [102 kB]
Ign:4 [url]http://linux.dropbox.com/ubuntu[/url] wily InRelease                           
Réception de:5 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates InRelease [102 kB]
Atteint:6 [url]http://linux.dropbox.com/ubuntu[/url] wily Release                         
Réception de:8 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-backports InRelease [102 kB]
Réception de:9 [url]https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu[/url] zesty/ InRelease [3 587 B]
Réception de:10 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/main amd64 Packages [358 kB]
Réception de:11 [url]https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu[/url] zesty/ Packages [30,8 kB]
Réception de:12 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/main amd64 Packages [636 kB]
Réception de:13 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/main i386 Packages [334 kB]
Réception de:14 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/main amd64 DEP-11 Metadata [60,2 kB]
Réception de:15 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/main DEP-11 64x64 Icons [57,6 kB]
Réception de:16 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/main i386 Packages [606 kB]
Réception de:17 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/universe amd64 Packages [169 kB]
Réception de:18 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/universe i386 Packages [148 kB]
Réception de:19 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/universe amd64 DEP-11 Metadata [49,2 kB]
Réception de:20 [url]http://security.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-security/universe DEP-11 64x64 Icons [69,8 kB]
Réception de:21 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/main amd64 DEP-11 Metadata [305 kB]
Réception de:22 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/main DEP-11 64x64 Icons [213 kB]
Réception de:23 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/universe amd64 Packages [538 kB]
Réception de:24 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/universe i386 Packages [515 kB]
Réception de:25 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/universe amd64 DEP-11 Metadata [172 kB]
Réception de:26 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/universe DEP-11 64x64 Icons [229 kB]
Réception de:27 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-updates/multiverse amd64 DEP-11 Metadata [5 888 B]
Réception de:28 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-backports/main amd64 DEP-11 Metadata [3 324 B]
Réception de:29 [url]http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu[/url] xenial-backports/universe amd64 DEP-11 Metadata [4 584 B]
4 814 ko réceptionnés en 21s (223 ko/s)                                        
Lecture des listes de paquets... Fait
W: Impossible de récupérer https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu>/dists/xenial/InRelease  Could not resolve host: <miroir.cran>
W: Le téléchargement de quelques fichiers d'index a échoué, ils ont été ignorés, ou les anciens ont été utilisés à la place.
jalal@jalal-GA-78LMT-S2:~$ sudo apt-get install r-base r-base-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.4.2-1zesty1) mais ne sera pas installé
          Dépend: r-recommended (= 3.4.2-1zesty1) mais ne sera pas installé
          Recommande: r-base-html mais ne sera pas installé
 r-base-dev : Dépend: r-base-core (>= 3.4.2-1zesty1) mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Merci pour votre aide.



Configuration
CPU AMD Athlon II X4 640
Carte mère Gigabyte GA-78LMT-S2
Système d'exploitation : 16.04. Ubuntu


Modération : merci à l'avenir d'utiliser les balises code (explications ici).

Dernière modification par Jalal (Le 05/10/2017, à 19:16)

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#2 Le 05/10/2017, à 16:37

shoot76

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Bonjour,

Tu n'as visiblement pas lu la documentation.

L'installation de R est très simple : il suffit d'installer le paquet r-base. R dispose de nombreuses fonctions supplémentaires disponibles sous la forme de paquets téléchargeables (un peu comme ubuntu). Pour pouvoir installer certains de ces paquets, il vous faut de quoi les compiler. C'est pourquoi il est aussi conseillé d'installer le paquet r-base-dev.

Autrement dit, tu pouvais juste faire : 

sudo apt-get install r-base

et c'était plié.

Maintenant, je te conseille de passer par le gestionnaire de dépôt et de supprimer les dépôts que tu as ajouté. Tu as mis, par exemple, un dépôt ubuntu 17.04 alors que tu as visiblement une 16.04. Tu vas forcément avoir des problèmes sans compter que ça met en jeu ta stabilité du système. Donc, tous les dépôts que tu as rajoutés avec apt-add-repository, tu les supprime stp. Et tu installes proprement R avec la commande que je t'ai donné. Pas besoin de plus.

~ Data-sientist freelance : https://skulder.fr

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#3 Le 05/10/2017, à 16:59

Jalal

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Merci pour votre réponse. Comment connaître la liste des paquets récemment installés afin de les désinstaller ? Étant débutant, je ne parviens pas à comprendre les informations contenus dans les lignes de commande.

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#4 Le 05/10/2017, à 17:09

shoot76

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Je comprends et vais essayer de t'aider (et tu peux tutoyer hein ^^) smile

En fait, tu n'as rien installé. Le gestionnaire de paquet (apt) vérifie les paquets et les dépendances. Ces paquets étaient pour Ubuntu 17.04 et comme tu as une 16.04 LTS, il a dit "stop".

En soit, le risque, c'est déjà que tu ne puisses pas installer R vu que tu as un doublon. Tu as le dépôt Ubuntu "normal" et ceux que tu as rajouté via tes commandes apt-add-repository. C'est pour ça qu'il faut que tu les supprime. Je t'invite donc pour cela à suivre la démarche ici (en anglais).

Une fois ceci fait, tu pourras simplement actualiser ta liste de paquets : 

sudo apt-get update

Puis installer R : 

sudo apt-get install r-base r-base-dev

Dans les commandes que tu as tapé tu as donc :
- apt-get install qui installe un paquet
- apt-add-repository qui ajoute un dépôt
- apt-get update qui met à jour la liste des paquets des dépôts enregistrés

Si tu as besoin de voir ce que chaque commande fait, tu as une documentation sur ce site qui est une mine d'or! Si tu as un peu de temps, tu peux y trouver beaucoup d'information plus rapidement que nous ne pourrions jamais te l'écrire. Penses-y systématiquement smile

Par exemple, la doc pour apt : voir là

En tout cas, bienvenue sur Ubuntu et sur ce forum smile j'espère t'avoir aidé. N'hésite pas si malgré la documentation tu as encore des zone d'ombre smile

Dernière modification par shoot76 (Le 05/10/2017, à 17:09)

~ Data-sientist freelance : https://skulder.fr

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#5 Le 05/10/2017, à 17:48

Jalal

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Merci beaucoup ça a marché et j'ai compris au passage ce qu'était un dépôt !

Une petite question supplémentaire : au cours de l'installation est apparue ce texte

Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  libxnvctrl0 linux-headers-4.10.0-27 linux-headers-4.10.0-27-generic
  linux-headers-4.10.0-28 linux-headers-4.10.0-28-generic
  linux-headers-4.10.0-32 linux-headers-4.10.0-32-generic
  linux-headers-4.8.0-36 linux-headers-4.8.0-36-generic
  linux-image-4.10.0-27-generic linux-image-4.10.0-28-generic
  linux-image-4.10.0-32-generic linux-image-4.8.0-36-generic
  linux-image-extra-4.10.0-27-generic linux-image-extra-4.10.0-28-generic
  linux-image-extra-4.10.0-32-generic linux-image-extra-4.8.0-36-generic
  psensor-common snap-confine
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.

Faut-il maintenant que je supprime un à un tous ces paquets ?

Dernière modification par Jalal (Le 05/10/2017, à 17:55)

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#6 Le 05/10/2017, à 17:51

xubu1957

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Bonjour,

Pour ajouter toi-même les balises code à ton précédent message…

  • Cliquer sur  le lien « Modifier » en bas à droite du message

  • Sélectionner le texte

  • Cliquer sur le <> de l'éditeur de message

1504631983.png

comme indiqué dans Retour utilisable de commande

Lance :

sudo apt autoremove

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Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

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#7 Le 05/10/2017, à 18:50

Jalal

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Ok, problème résolu, merci beaucoup à tous les deux !

Dernière modification par Jalal (Le 05/10/2017, à 18:50)

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#8 Le 05/10/2017, à 19:04

xubu1957

Re : Difficultés installation logiciel R [Résolu]

Pour éditer ta discussion et rajouter [Résolu] au début du titre, il faut utiliser le bouton Modifier dans ton premier message.

Merci wink

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