#26 Le 14/04/2019, à 15:09
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Bonjour,
Pour la première commande elle n'a rien donné,
pour la deuxième:
sudo apt install --reinstall install-info
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 1 réinstallés, 0 à enlever et 23 non mis à jour.
1 partiellement installés ou enlevés.
Après cette opération, 0 o d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
E: Internal Error, No file name for install-info:amd64
Merci
Hors ligne
#27 Le 14/04/2019, à 15:20
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
sudo rm -v /var/lib/dpkg/info/install-info.*
sudo dpkg -P --force-remove-reinstreq install-info
sudo apt update
sudo apt install -y install-info
Hors ligne
#28 Le 14/04/2019, à 15:24
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
sudo rm -v /var/lib/dpkg/info/install-info.*
'/var/lib/dpkg/info/install-info.list' supprimé
'/var/lib/dpkg/info/install-info.md5sums' supprimé
'/var/lib/dpkg/info/install-info.postinst' supprimé
'/var/lib/dpkg/info/install-info.triggers' supprimé
sudo dpkg -P --force-remove-reinstreq install-info
dpkg: un problème de dépendance empêche la suppression de install-info :
info dépend de install-info.
dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--purge) :
problème de dépendance - suppression ignorée
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
install-info
sudo apt update
Atteint :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease
Atteint :2 http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease
Réception de :3 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates InRelease [88,7 kB]
Réception de :4 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease [74,6 kB]
Atteint :5 http://ppa.launchpad.net/ubuntugis/ubuntugis-unstable/ubuntu bionic InRelease
Atteint :6 http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u3.5/ubuntu bionic InRelease
Atteint :7 http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu bionic InRelease
Réception de :8 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease [88,7 kB]
Atteint :9 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
Atteint :10 https://download.sublimetext.com apt/stable/ InRelease
252 ko réceptionnés en 2s (128 ko/s)
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
23 paquets peuvent être mis à jour. Exécutez « apt list --upgradable » pour les voir.
sudo apt install -y install-info
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
install-info est déjà la version la plus récente (6.5.0.dfsg.1-2).
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 23 non mis à jour.
1 partiellement installés ou enlevés.
Après cette opération, 0 o d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Paramétrage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
W: APT had planned for dpkg to do more than it reported back (0 vs 4).
Affected packages: install-info:amd64
Hors ligne
#29 Le 14/04/2019, à 15:29
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Que donne
sudo apt full-upgrade
?
Hors ligne
#30 Le 14/04/2019, à 17:21
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
sudo apt full-upgrade
[sudo] Mot de passe :
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Calcul de la mise à jour... Fait
Les paquets suivants seront mis à jour :
gir1.2-upowerglib-1.0 gnome-control-center gnome-control-center-data
gnome-control-center-faces gnome-software gnome-software-common
gnome-software-plugin-snap libidn11 libnss-systemd libpam-systemd
libsmbclient libsystemd0 libudev1 libupower-glib3 libwbclient0
r-cran-cluster r-cran-nlme samba-libs systemd ubuntu-software udev upower
wpasupplicant
23 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
Il est nécessaire de prendre 19,7 Mo dans les archives.
Après cette opération, 21,5 ko d'espace disque seront libérés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] o
Réception de :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libsystemd0 amd64 237-3ubuntu10.19 [204 kB]
Réception de :2 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libnss-systemd amd64 237-3ubuntu10.19 [105 kB]
Réception de :3 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libpam-systemd amd64 237-3ubuntu10.19 [108 kB]
Réception de :4 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 systemd amd64 237-3ubuntu10.19 [2901 kB]
Réception de :5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ r-cran-cluster 2.0.8-1bionic0 [522 kB]
Réception de :6 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 udev amd64 237-3ubuntu10.19 [1102 kB]
Réception de :7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ r-cran-nlme 3.1.139-1bionic0 [2217 kB]
Réception de :8 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libudev1 amd64 237-3ubuntu10.19 [53,5 kB]
Réception de :9 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libsmbclient amd64 2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9 [54,4 kB]
Réception de :10 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 samba-libs amd64 2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9 [5248 kB]
Réception de :11 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libwbclient0 amd64 2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9 [33,7 kB]
Réception de :12 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libidn11 amd64 1.33-2.1ubuntu1.2 [46,6 kB]
Réception de :13 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 libupower-glib3 amd64 0.99.7-2ubuntu0.18.04.1 [42,8 kB]
Réception de :14 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gir1.2-upowerglib-1.0 amd64 0.99.7-2ubuntu0.18.04.1 [5268 B]
Réception de :15 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gnome-control-center-data all 1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3 [507 kB]
Réception de :16 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gnome-control-center amd64 1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3 [1627 kB]
Réception de :17 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gnome-control-center-faces all 1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3 [819 kB]
Réception de :18 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gnome-software-plugin-snap amd64 3.28.1-0ubuntu4.18.04.9 [28,4 kB]
Réception de :19 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gnome-software amd64 3.28.1-0ubuntu4.18.04.9 [484 kB]
Réception de :20 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 gnome-software-common all 3.28.1-0ubuntu4.18.04.9 [2482 kB]
Réception de :21 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 ubuntu-software all 3.28.1-0ubuntu4.18.04.9 [25,3 kB]
Réception de :22 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 upower amd64 0.99.7-2ubuntu0.18.04.1 [102 kB]
Réception de :23 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 wpasupplicant amd64 2:2.6-15ubuntu2.2 [954 kB]
19,7 Mo réceptionnés en 3s (5910 ko/s)
dpkg: avertissement: le fichier contenant la liste des fichiers du paquet « install-info » étant manquant, il est considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé
(Lecture de la base de données... 206033 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../libsystemd0_237-3ubuntu10.19_amd64.deb ...
Dépaquetage de libsystemd0:amd64 (237-3ubuntu10.19) sur (237-3ubuntu10.15) ...
Paramétrage de libsystemd0:amd64 (237-3ubuntu10.19) ...
dpkg: avertissement: le fichier contenant la liste des fichiers du paquet « install-info » étant manquant, il est considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé
(Lecture de la base de données... 206033 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../libnss-systemd_237-3ubuntu10.19_amd64.deb ...
Dépaquetage de libnss-systemd:amd64 (237-3ubuntu10.19) sur (237-3ubuntu10.15) ...
Préparation du dépaquetage de .../libpam-systemd_237-3ubuntu10.19_amd64.deb ...
Dépaquetage de libpam-systemd:amd64 (237-3ubuntu10.19) sur (237-3ubuntu10.15) ...
Préparation du dépaquetage de .../systemd_237-3ubuntu10.19_amd64.deb ...
Dépaquetage de systemd (237-3ubuntu10.19) sur (237-3ubuntu10.15) ...
Préparation du dépaquetage de .../udev_237-3ubuntu10.19_amd64.deb ...
Dépaquetage de udev (237-3ubuntu10.19) sur (237-3ubuntu10.15) ...
Préparation du dépaquetage de .../libudev1_237-3ubuntu10.19_amd64.deb ...
Dépaquetage de libudev1:amd64 (237-3ubuntu10.19) sur (237-3ubuntu10.15) ...
Paramétrage de libudev1:amd64 (237-3ubuntu10.19) ...
dpkg: avertissement: le fichier contenant la liste des fichiers du paquet « install-info » étant manquant, il est considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé
(Lecture de la base de données... 206033 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../00-libsmbclient_2%3a4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9_amd64.deb ...
Dépaquetage de libsmbclient:amd64 (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9) sur (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.7) ...
Préparation du dépaquetage de .../01-samba-libs_2%3a4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9_amd64.deb ...
Dépaquetage de samba-libs:amd64 (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9) sur (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.7) ...
Préparation du dépaquetage de .../02-libwbclient0_2%3a4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9_amd64.deb ...
Dépaquetage de libwbclient0:amd64 (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9) sur (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.7) ...
Préparation du dépaquetage de .../03-libidn11_1.33-2.1ubuntu1.2_amd64.deb ...
Dépaquetage de libidn11:amd64 (1.33-2.1ubuntu1.2) sur (1.33-2.1ubuntu1.1) ...
Préparation du dépaquetage de .../04-libupower-glib3_0.99.7-2ubuntu0.18.04.1_amd64.deb ...
Dépaquetage de libupower-glib3:amd64 (0.99.7-2ubuntu0.18.04.1) sur (0.99.7-2) ...
Préparation du dépaquetage de .../05-gir1.2-upowerglib-1.0_0.99.7-2ubuntu0.18.04.1_amd64.deb ...
Dépaquetage de gir1.2-upowerglib-1.0:amd64 (0.99.7-2ubuntu0.18.04.1) sur (0.99.7-2) ...
Préparation du dépaquetage de .../06-gnome-control-center-data_1%3a3.28.2-0ubuntu0.18.04.3_all.deb ...
Dépaquetage de gnome-control-center-data (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3) sur (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.2) ...
Préparation du dépaquetage de .../07-gnome-control-center_1%3a3.28.2-0ubuntu0.18.04.3_amd64.deb ...
Dépaquetage de gnome-control-center (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3) sur (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.2) ...
Préparation du dépaquetage de .../08-gnome-control-center-faces_1%3a3.28.2-0ubuntu0.18.04.3_all.deb ...
Dépaquetage de gnome-control-center-faces (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3) sur (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.2) ...
Préparation du dépaquetage de .../09-gnome-software-plugin-snap_3.28.1-0ubuntu4.18.04.9_amd64.deb ...
Dépaquetage de gnome-software-plugin-snap (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) sur (3.28.1-0ubuntu4.18.04.8) ...
Préparation du dépaquetage de .../10-gnome-software_3.28.1-0ubuntu4.18.04.9_amd64.deb ...
Dépaquetage de gnome-software (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) sur (3.28.1-0ubuntu4.18.04.8) ...
Préparation du dépaquetage de .../11-gnome-software-common_3.28.1-0ubuntu4.18.04.9_all.deb ...
Dépaquetage de gnome-software-common (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) sur (3.28.1-0ubuntu4.18.04.8) ...
Préparation du dépaquetage de .../12-r-cran-cluster_2.0.8-1bionic0_amd64.deb ...
Dépaquetage de r-cran-cluster (2.0.8-1bionic0) sur (2.0.7-1-1cranBionic0) ...
Préparation du dépaquetage de .../13-r-cran-nlme_3.1.139-1bionic0_amd64.deb ...
Dépaquetage de r-cran-nlme (3.1.139-1bionic0) sur (3.1.137-1cranBionic0) ...
Préparation du dépaquetage de .../14-ubuntu-software_3.28.1-0ubuntu4.18.04.9_all.deb ...
Dépaquetage de ubuntu-software (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) sur (3.28.1-0ubuntu4.18.04.8) ...
Préparation du dépaquetage de .../15-upower_0.99.7-2ubuntu0.18.04.1_amd64.deb ...
Dépaquetage de upower (0.99.7-2ubuntu0.18.04.1) sur (0.99.7-2) ...
Préparation du dépaquetage de .../16-wpasupplicant_2%3a2.6-15ubuntu2.2_amd64.deb ...
Dépaquetage de wpasupplicant (2:2.6-15ubuntu2.2) sur (2:2.6-15ubuntu2.1) ...
Paramétrage de libwbclient0:amd64 (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9) ...
Paramétrage de gnome-software-common (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) ...
Paramétrage de samba-libs:amd64 (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour mime-support (3.60ubuntu1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour ureadahead (0.100.0-20) ...
ureadahead will be reprofiled on next reboot
Traitement des actions différées (« triggers ») pour desktop-file-utils (0.23-1ubuntu3.18.04.2) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libglib2.0-0:amd64 (2.56.3-0ubuntu0.18.04.1) ...
Paramétrage de r-cran-nlme (3.1.139-1bionic0) ...
Paramétrage de wpasupplicant (2:2.6-15ubuntu2.2) ...
Paramétrage de libsmbclient:amd64 (2:4.7.6+dfsg~ubuntu-0ubuntu2.9) ...
Paramétrage de gnome-control-center-faces (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3) ...
Paramétrage de gnome-control-center-data (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.27-3ubuntu1) ...
Paramétrage de udev (237-3ubuntu10.19) ...
update-initramfs: deferring update (trigger activated)
Paramétrage de gnome-software (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) ...
Paramétrage de libupower-glib3:amd64 (0.99.7-2ubuntu0.18.04.1) ...
Paramétrage de gir1.2-upowerglib-1.0:amd64 (0.99.7-2ubuntu0.18.04.1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db (2.8.3-2ubuntu0.1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour gnome-menus (3.13.3-11ubuntu1.1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour dbus (1.12.2-1ubuntu1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour hicolor-icon-theme (0.17-2) ...
Paramétrage de libidn11:amd64 (1.33-2.1ubuntu1.2) ...
Paramétrage de r-cran-cluster (2.0.8-1bionic0) ...
Paramétrage de ubuntu-software (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) ...
Paramétrage de gnome-software-plugin-snap (3.28.1-0ubuntu4.18.04.9) ...
Paramétrage de upower (0.99.7-2ubuntu0.18.04.1) ...
Paramétrage de gnome-control-center (1:3.28.2-0ubuntu0.18.04.3) ...
Paramétrage de systemd (237-3ubuntu10.19) ...
Paramétrage de libnss-systemd:amd64 (237-3ubuntu10.19) ...
Paramétrage de libpam-systemd:amd64 (237-3ubuntu10.19) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour initramfs-tools (0.130ubuntu3.7) ...
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-4.15.0-47-generic
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.27-3ubuntu1) ...
Hors ligne
#31 Le 14/04/2019, à 19:24
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Que donne maintenant
sudo dpkg --configure install-info
?
Hors ligne
#32 Le 14/04/2019, à 22:40
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
sudo dpkg --configure install-info
[sudo] Mot de passe :
dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--configure) :
le paquet install-info est déjà installé et configuré
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
install-info
Hors ligne
#33 Le 15/04/2019, à 09:27
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Et ceci :
sudo dpkg -P --force-all install-info
Hors ligne
#34 Le 15/04/2019, à 10:06
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
sudo dpkg -P --force-all install-info
[sudo] Mot de passe :
dpkg: install-info : problème de dépendance, mais suppression comme demandé :
info dépend de install-info.
dpkg: avertissement: le fichier contenant la liste des fichiers du paquet « install-info » étant manquant, il est considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé
(Lecture de la base de données... 206031 fichiers et répertoires déjà installés.)
Suppression de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
Hors ligne
#35 Le 15/04/2019, à 10:09
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Ok. Maintenant :
sudo apt install -y install-info
Hors ligne
#36 Le 15/04/2019, à 12:07
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
sudo apt install -y install-info
[sudo] Mot de passe:
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
install-info
0 mis à jour, 1 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
Il est nécessaire de prendre 55,4 ko dans les archives.
Après cette opération, 391 ko d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Réception de :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/main amd64 install-info amd64 6.5.0.dfsg.1-2 [55,4 kB]
55,4 ko réceptionnés en 0s (285 ko/s)
Sélection du paquet install-info précédemment désélectionné.
(Lecture de la base de données... 206032 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../install-info_6.5.0.dfsg.1-2_amd64.deb ...
Dépaquetage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
Paramétrage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
/usr/sbin/update-info-dir: 2: /etc/environment: Syntax error: Unterminated quoted string
dpkg: erreur de traitement du paquet install-info (--configure) :
installed install-info package post-installation script subprocess returned error exit status 2
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
install-info
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
Hors ligne
#37 Le 15/04/2019, à 12:13
- xubu1957
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Bonjour,
@nany
Je vois :
> bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/texinfo/+bug/1824755
> bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/texinfo/+bug/1793793
_ _ _
> askubuntu.com/questions/1106064/dpkg-error-with-install-info
Dernière modification par xubu1957 (Le 15/04/2019, à 12:18)
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
Hors ligne
#38 Le 15/04/2019, à 12:56
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Oui, /etc/environment a encore été modifié et je ne sais pas pourquoi. On tourne en rond.
@saihaj ; donne les retours de :
cat /etc/environment
history 100
Hors ligne
#39 Le 15/04/2019, à 13:10
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
cat /etc/environment
La commande « cat » est disponible dans « /bin/cat »
La commande n'a pas pu être trouvée car « /bin » n'est pas incluse dans la variable d'environnement PATH.
cat : commande introuvable
/bin/cat /etc/environment
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/ssl/bin:/usr/sbin:/usr/bin:
history 100
830 vim /etc/environment
831 openssl version -a
832 sudo apt install vim
833 cat /etc/environment
834 /etc/environment
835 usr/etc/environment
836 sudo /etc/environment
837 sudo nano /etc/environment
838 cat /etc/environment
839 sudo sed -i 's#/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"$##' /etc/environment && sudo apt install -fy
840 sudo nano /etc/environment
841 sudo sed -i 's#/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"$##' /etc/environment && sudo apt install -fy
842 R
843 pacman -Q tcl tk
844 sudo apt install pacman
845 sudo dpkg --configure -a
846 sudo apt -f install
847 install-info
848 --help
849 (--help)
850 sudo dpkg --configure -a
851 sudo apt -f install
852 sudo apt upgrade
853 STAR --Version
854 cd STAR/
855 STAR --Version
856 cd ..
857 STAR --Version
858 genomeDir=/path/to/hg19
859 mkdir $genomeDir
860 STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $genomeDir --genomeFastaFiles hg19.fa\ --runThreadN <n>
861 cd STAR/
862 genomeDir=/path/to/hg19
863 mkdir $genomeDir
864 cd ..
865 vi PremierScriptShell.sh
866 cd STAR/
867 vi PremierSTArscript.sh
868 mkdir $genomeDir
869 /bin/
870 mkdir genome
871 /bin/mkdir $genomeDir
872 /bin/mkdir --help
873 vi PremierSTArscript.sh
874 env
875 cd STAR/
876 bash Star_Script.sh
877 chmod +x Star_Script.sh
878 echo $PATH
879 cd..
880 cd ..
881 echo $PATH
882 PATH="/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin"
883 ~/.bashrc
884 sudo updatedb && locate chmod
885 ls -l /bin/chmod
886 cd STAR/
887 /bin/chmod a+x Star_Script.sh
888 /bin/chmod +x Star_Script.sh
889 /bin/bash +x Star_Script.sh
890 cd ..
891 /bin/bash +x Star_Script.sh
892 STAR --Version
893 cd STAR
894 STAR --Version
895 sudo apt install rna-star
896 cd ..
897 sudo dpkg --configure -a
898 cd STAR
899 wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-79/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.79.gtf.gz
900 gunzip Homo_sapiens.GRCh38.79.gtf.gz
901 wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF001RFH/@@download/ENCFF001RFH.fastq.gz -O
902 ENCFF001RFH.fastq.gz wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF001RFH/@@download/ENCFF001RFG.fastq.gz -O
903 ENCFF001RFG.fastq.gz
904 wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF001RFH/@@download/ENCFF001RFH.fastq.gz
905 wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF001RFH/@@download/ENCFF001RFH.fastq.gz -O
906 ENCFF001RFH.fastq.gz wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF001RFH/@@download/ENCFF001RFG.fastq.gz -O
907 ENCFF001RFG.fastq.gz
908 cd source/
909 STAR --Version
910 STAR --VERSION
911 ls -l /cluster/projects/p116/Indexed/Genome/
912 cd ..
913 ls -l /cluster/projects/p116/Indexed/Genome/
914 cd STAR
915 /bin/bash +x Star_Script.sh
916 ls -l /cluster/projects/p116/Indexed/Genome/
917 sudo apt clean
918 sudo apt install --reinstall install-info
919 sudo rm -v /var/lib/dpkg/info/install-info.*
920 sudo dpkg -P --force-remove-reinstreq install-info
921 sudo apt update
922 sudo apt install -y install-info
923 sudo apt full-upgrade
924 sudo dpkg --configure install-info
925 sudo dpkg -P --force-all install-info
926 sudo apt install -y install-info
927 cat /etc/environment
928 /bin/cat /etc/environment
929 history 100
Hors ligne
#40 Le 15/04/2019, à 13:21
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
history 100 830 vim /etc/environment […] 837 sudo nano /etc/environment […] 840 sudo nano /etc/environment […]
Que cherches-tu à modifier dans /etc/environment ?
En attendant, pour réparer, donne les retours de :
echo 'PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"' | sudo tee /etc/environment
sudo apt install -fy
Dernière modification par nany (Le 15/04/2019, à 13:21)
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#41 Le 15/04/2019, à 13:24
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
echo 'PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"' | sudo tee /etc/environment
[sudo] Mot de passe:
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"
sudo apt install -fy
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
1 partiellement installés ou enlevés.
Après cette opération, 0 o d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Paramétrage de install-info (6.5.0.dfsg.1-2) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db (2.8.3-2ubuntu0.1) ...
W: APT had planned for dpkg to do more than it reported back (0 vs 4).
Affected packages: install-info:amd64
Hors ligne
#42 Le 15/04/2019, à 13:34
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Que cherches-tu à modifier dans /etc/environment ?
Hors ligne
#43 Le 15/04/2019, à 13:41
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
la commande
sudo nano /etc/environment
je l'avais lancé juste pour ajouter l'ssl sur le path quand j'avais le problème d'installation de l'openssl, et après je l'ai enlevé.
Hors ligne
#44 Le 15/04/2019, à 17:46
- nany
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
je l'avais lancé juste pour ajouter l'ssl sur le path quand j'avais le problème d'installation de l'openssl, et après je l'ai enlevé.
Donc tu n’a, a priori, plus besoin d’éditer ce fichier. Il faut toujours faire attention à ce que l’on fait lorsqu’on manipule des fichiers système.
Bon, ton système devrait fonctionner (malgré ce warning dont je n’arrive pas à trouver l’explication).
As-tu réussi à avancer sur ton problème avec R ?
Hors ligne
#45 Le 15/04/2019, à 20:21
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
D'accord,
Merci beaucoup pour vos efforts et le temps que vous aviez consacré pour me répondre.
pour le R j'arrive toujours pas à installer les packages dont j'ai besoin
il me renvoie les erreurs suivantes
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp9MmcES/downloaded_packages’
installation path not writeable, unable to update packages: rpart
Update old packages: 'backports', 'clipr', 'data.table', 'ggplot2', 'plotrix',
'remotes', 'rlang', 'sandwich', 'shiny', 'tinytex', 'urltools'
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
/usr/lib/R/bin/R: ligne 143 : exec: sh : non trouvé
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp9MmcES/downloaded_packages’
There were 28 warnings (use warnings() to see them)
Hors ligne
#46 Le 15/04/2019, à 20:48
- Alex10336
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
B'soir,
les retour de
echo "$PATH"
cat ~/.bashrc
cat ~/.bash_aliases
C'est quoi la commande que tu as fait pour avoir
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
N.B. Penser a laisser le $ ou le # devant les commandes faites
Dernière modification par Alex10336 (Le 15/04/2019, à 20:54)
« On ne répond pas à une question par une autre question. » (moi ;-) )
Hors ligne
#47 Le 15/04/2019, à 21:06
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Bonsoir,
$echo "$PATH"
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/ssl/bin:/usr/sbin:/usr/bin:
$cat ~/.bashrc
La commande « cat » est disponible dans « /bin/cat »
La commande n'a pas pu être trouvée car « /bin » n'est pas incluse dans la variable d'environnement PATH.
cat : commande introuvable
$/bin/cat ~/.bashrc
# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples
# If not running interactively, don't do anything
case $- in
*i*) ;;
*) return;;
esac
# don't put duplicate lines or lines starting with space in the history.
# See bash(1) for more options
HISTCONTROL=ignoreboth
# append to the history file, don't overwrite it
shopt -s histappend
# for setting history length see HISTSIZE and HISTFILESIZE in bash(1)
HISTSIZE=1000
HISTFILESIZE=2000
# check the window size after each command and, if necessary,
# update the values of LINES and COLUMNS.
shopt -s checkwinsize
# If set, the pattern "**" used in a pathname expansion context will
# match all files and zero or more directories and subdirectories.
#shopt -s globstar
# make less more friendly for non-text input files, see lesspipe(1)
[ -x /usr/bin/lesspipe ] && eval "$(SHELL=/bin/sh lesspipe)"
# set variable identifying the chroot you work in (used in the prompt below)
if [ -z "${debian_chroot:-}" ] && [ -r /etc/debian_chroot ]; then
debian_chroot=$(cat /etc/debian_chroot)
fi
# set a fancy prompt (non-color, unless we know we "want" color)
case "$TERM" in
xterm-color|*-256color) color_prompt=yes;;
esac
# uncomment for a colored prompt, if the terminal has the capability; turned
# off by default to not distract the user: the focus in a terminal window
# should be on the output of commands, not on the prompt
#force_color_prompt=yes
if [ -n "$force_color_prompt" ]; then
if [ -x /usr/bin/tput ] && tput setaf 1 >&/dev/null; then
# We have color support; assume it's compliant with Ecma-48
# (ISO/IEC-6429). (Lack of such support is extremely rare, and such
# a case would tend to support setf rather than setaf.)
color_prompt=yes
else
color_prompt=
fi
fi
if [ "$color_prompt" = yes ]; then
PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '
else
PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
fi
unset color_prompt force_color_prompt
# If this is an xterm set the title to user@host:dir
case "$TERM" in
xterm*|rxvt*)
PS1="\[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a\]$PS1"
;;
*)
;;
esac
# enable color support of ls and also add handy aliases
if [ -x /usr/bin/dircolors ]; then
test -r ~/.dircolors && eval "$(dircolors -b ~/.dircolors)" || eval "$(dircolors -b)"
alias ls='ls --color=auto'
#alias dir='dir --color=auto'
#alias vdir='vdir --color=auto'
alias grep='grep --color=auto'
alias fgrep='fgrep --color=auto'
alias egrep='egrep --color=auto'
fi
# colored GCC warnings and errors
#export GCC_COLORS='error=01;31:warning=01;35:note=01;36:caret=01;32:locus=01:quote=01'
# some more ls aliases
alias ll='ls -alF'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'
# Add an "alert" alias for long running commands. Use like so:
# sleep 10; alert
alias alert='notify-send --urgency=low -i "$([ $? = 0 ] && echo terminal || echo error)" "$(history|tail -n1|sed -e '\''s/^\s*[0-9]\+\s*//;s/[;&|]\s*alert$//'\'')"'
# Alias definitions.
# You may want to put all your additions into a separate file like
# ~/.bash_aliases, instead of adding them here directly.
# See /usr/share/doc/bash-doc/examples in the bash-doc package.
if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
. ~/.bash_aliases
fi
# enable programmable completion features (you don't need to enable
# this, if it's already enabled in /etc/bash.bashrc and /etc/profile
# sources /etc/bash.bashrc).
if ! shopt -oq posix; then
if [ -f /usr/share/bash-completion/bash_completion ]; then
. /usr/share/bash-completion/bash_completion
elif [ -f /etc/bash_completion ]; then
. /etc/bash_completion
fi
fi
$cat ~/.bash_aliases
La commande « cat » est disponible dans « /bin/cat »
La commande n'a pas pu être trouvée car « /bin » n'est pas incluse dans la variable d'environnement PATH.
cat : commande introuvable
$/bin/cat ~/.bash_aliases
/bin/cat: /home/saida/.bash_aliases: Aucun fichier ou dossier de ce type
Pour
/usr/lib/R/bin/R: ligne 8: uname : commande introuvable
j'ai voulu juste installer BiomaRt et c'est l'un des messages d'erreurs affichés.
MErci
Hors ligne
#48 Le 15/04/2019, à 22:34
- Alex10336
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Ton $PATH est encore pété.
refaire le #40
echo 'PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"' | sudo tee /etc/environment
avec
ls -lh /etc/environment
getfacl /etc/environment
refermer le terminal/session puis re
echo "$PATH"
Dernière modification par Alex10336 (Le 15/04/2019, à 22:40)
« On ne répond pas à une question par une autre question. » (moi ;-) )
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#49 Le 15/04/2019, à 22:59
- saihaj
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
$echo 'PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"' | sudo tee /etc/environment
[sudo] Mot de passe de saida :
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"
$echo 'PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"' | sudo tee /etc/environment
[sudo] Mot de passe de saida :
PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"
$getfacl /etc/environment
getfacl : suppression du premier « / » des noms de chemins absolus
# file: etc/environment
# owner: root
# group: root
user::rw-
group::r--
other::r--
$ echo "$PATH"
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/ssl/bin:/usr/sbin:/usr/bin:
Hors ligne
#50 Le 16/04/2019, à 02:37
- bishop
Re : Installation de packages R sous Ubuntu 18.04
Salut !
Pour R, la version des paquets du site officiel sont incompatibles avec la version R des dépôts Ubuntu. Le sujet a été traité il y a peu ici.
La plus grande surprise que puisse faire un con c'est de faire une pause.
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