Ubuntu-fr

thauxa

Installation du programme Saturne d'EDF

Bonjour,

Novice en Linux, j'ai déjà plusieurs fois abandonné la partie, mais là le type de programme dont j'ai besoin n'existe que sous Linux

Et je ne parviens toujours pas a installer ces p....... de paquets autre que Edubuntu ou .deb

Au secours !!!!!!!!!

masterlolo

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

Bonsoir,

Peut être peut tu nous décrire ton problème lors de l'installation.
Qu'elle est le type d'installation un fichier .deb, un .tar ???

thauxa

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

Bonjour,
Zut, dans mon désespoir j'ai oublié de mette le lien des paquets en question :

http://rd.edf.com/106998i/Accueil-fr/EDF-Recherche--developpement/logiciels/Code-Saturne/Code-Saturne--telechargement.html

Ce sont des fichiers tar.gz contenant des fichiers compressés .sh ; .py ; .m4 et plein texte

Je suis sous Edubuntu 7

masterlolo

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

as tu essayer de suivre la procédure d'installation qui est dans le README ?

When installing Code_Saturne, a specific directory must be prepared, referred
to here as INSTALLPATH. It is usually /home/saturne.
The current Install directory should be moved to $INSTALLPATH/Install
The Kernel should be copied in $INSTALLPATH/Noyau
The Preprocessor should be copied in $INSTALPATH/Enveloppe
The Graphical User Interface should be copied in $INSTALLPATH/Interface
The Install scripts should be copied in $INSTALLPATH/Install
The other elements (BFT, FVM and optional others) should be copied in
  $INSTALLPATH/src, and the compiled libraries will be put in $INSTALLPATH/opt/arch/NOM_ARCH
  where NOM_ARCH is the architecture name (Linux, IRIX64, ... or other user-defined name).
Other locations are possible but will need adapting the install scripts.

Section I   gives information on the automatic installer
Section II  gives information for manual installation
Section III gives information for using the code

I) AUTOMATIC INSTALL
====================
The Install directory contains a python script for automatic
installation of the Code_Saturne elements and associated routines.
In most cases, it will be enough. In case of problems, switch to
section II for element by element install.
These scripts are given in the hope that they will be useful, but
WITHOUT ANY WARRANTY.

On some architectures and for some elements (MED and FVM for instance)
it is preferable if the "make" command refers to the GNU "make". Otherwise
some problems can occur (problem with libtool, need to copy the sources in
the build directory, ...)

* find_path.sh:
  This script will look in the most usual directories for available
  versions of gcc, python, LAM-MPI and Metis. These elements are given
  only as information, as they can sometimes be found in
  non standard directories. Check with the system administrator for
  a complete information on available modules.
  This is especially true for compilers and MPI libraries, as native
  implementations are usually more efficient than post-installed libraries.
  "find_path.sh" looks for MPI-LAM, but any other MPI library is compliant
  with Code_Saturne.

* install_gcc.sh:
  In case no Fortran compiler is available, "install_gcc.sh" might help
  you install gcc. It is based on a gcc-4.1.1 distribution. It will install
  gmp, mpfr and gcc. Note that install_gcc.sh needs a formerly installed C
  compiler.

* install_python.sh:
  In case no python library is available on the machine, this script will
  install a temporary version in Install/tmppython. This temporary version
  will not be linked to Tcl/Tk/Tix, but will be sufficient to run the
  install_saturne.py script. The install_saturne.py script will then install
  a complete python distribution. The directory tmppython can therefore be
  deleted after install.

* install_saturne.py:
  This python script will install the different elements of Code_Saturne and
  associated libraries. Due to dependencies between the different modules, the
  order of install should be the following:
  - Zlib
  - Metis
  - MPI
  - CGNS
  - HDF5
  - MED
  - Tcl/Tk/Tix
  - Python
  - libxml2
  - BFT (Code_Saturne Base Functions and Types library)
  - FVM (Code_Saturne Finite Volume Mesh library)
  - ECS (Code_Saturne Preprocessor)
  - syr_cs (Specific module to couple Code_Saturne with Syrthes, for heat transfer
      solid structures)
  - ICS (Code_Saturne Graphical User Interface)
  - NCS (Code_Saturne Kernel)
  The install script uses the "setup" file to determine which library to install or
  to use. For each element, there are three options:
  - to not use the element (for optional libraries like MPI or libxml2)
     In this case, specify "no" in the "Usage" and "Install" columns. The other elements
     will be installed in accordance. The columns "Path" and "Namelib" are not used.
  - to use a pre-installed library
     In this case, specify "yes" in the Usage column and "no" in the Install column. The
     "Path" column should contain the location of the library (up to the name of the
     library itself. The column "Namelib" is not used.
  - to install and use a library
     In this case, specify "yes" in the "Usage" and "Install" columns. The script will read
     the "Namelib" column and look for the library in the default directory ("Noyau" for the
     Kernel, "Enveloppe" for the Preprocessor, "Interface" for the GUI, "src" for the other
     elements) and install it in the default install directory ("opt" for all the elements
     except Kernel, Preprocessor and GUI).
     After each element has been installed, the "setup" file is modified, the column "Install"
     of the concerned element is set to "no" and the "Path" column is filled so that the
     element is not installed a second time if the script is relaunched (if there was a
     problem with a later element).

   Before using the "install_saturne.py" script, the C and Fortran compilers to be used should
   be specified next to the CompC and CompF keywords.
   The nom_arch keyword refers to the architecture of the machine. Leaving it blank will make
   it automatically detected with the "uname" command. nom_arch should be specified if you want
   different implementations on the same architecture (for instance Linux_LAM and Linux_MPICH).

   Commonly used compilers for different architectures :
   SunOS : compC = cc -Xa
           compF = f90
   
   IRIX64 : compC = cc -64
            compF = f90 -64

thauxa

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

Bonjour,

Habitué à MS-DOS et WIndows, comme je l'ai déjà mentionné je suis totalement novice sous Linux.

Comme l'installation automatique ne fonctionne pas je dois passer en manuel et là je bloque :

Pour commencer à installer le premier paquet je dois, si j'ai bien compris créer des répertoire avec $INSTALLPATH et je bloque :

debian:/# $INSTALLPATH/src/bft_build/$NOM_ARCH

Réponse :

bash :/src/bft_build/$NOM_ARCH
debian:/#mkdir /src/bft_build/$NOM_ARCH
mkdir: ne peut créer le répertoire '/src/' : Aucun fichier ou répertoire de ce type

PS : Je suis passé d'Edubuntu à Debian en pensant que ce serait plus "facile"......

[img]II) MANUAL INSTALL
==================
If the automatic install script fails, you should install each module individually.
Except for the modules developped by EDF (Kernel, Preprocessor, GUI, BFT and FVM),
you should refer to the installation procedure provided by the distributor of the module.
In the following, NOM_ARCH refers to the desired name for the architecture (usually taken
from "uname").

  Installing BFT
  --------------
  - create a "build" directory (usually $INSTALLPATH/src/bft_build/$NOM_ARCH)
  - from within the build directory, run the configure command:
      $INSTALLPATH/src/bft-x.y.z/configure --prefix=$INSTALLPATH/opt/bft-x.y.z/arch/$NOM_ARCH
  - run the "make" commands:
      make
      make install

    For further information, refer to the INSTALL file in the BFT directory.[/img]

dmonfort

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

Bonsoir,

Est-ce que tu peux préciser où bloque ton installation ?

Il y effectivement un souci si tu essayes l'installeur automatique sans utiliser de bibliothèque MPI (nécessaire uniquement si tu souhaites réaliser des calculs sur plusieurs processeurs). En effet, il y a un bug dans la partie tests de la librairie FVM
Il n'impacte par contre pas du tout le code mais seulement les tests ; il bloque par contre l'installation
r
Finalement, tu as plusieurs solutions.

1) installer à la main en suivant le README
Les parties BFT, FVM et ECS sont à base de scripts configure tandis que pour le noyau NCS, tu as besoin d'éditer le fichier macros_Linux.mk et suivre le mode d'emploi fourni dans le README

2) installer une bibliothèque MPI
Il y en a plusieurs disponibles sur Ubuntu (cependant elles en sont pas toutes fonctionnelles, du moins sous Gutsy )

3) corriger l'erreur dans FVM et relancer l'installation automatique
Elle se trouve dans le fichier fvm-0.9.0/tests/fvm_file_test.c à la ligne 165.
Il faut encadrer la ligne

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

de la manière suivante

#if defined(FVM_HAVE_MPI)
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
#endif

J'aurais tendance à conseiller la troisième solution...

Si le problème réside ailleurs, on peut toujours on rediscuter !

Quelques remarques supplémentaires au passage :
Une nouvelle version (1.3.2) devrait sortir d'ici fin avril, avec quelques bugs corrigés. Donc, si ce n'est pas urgent, tu devrais peut-être consulter le site web de Code_Saturne pour récupérer cette version (http://rd.edf.com/code_saturne)
Si jamais l'installation ne marche toujours pas, n'hésite pas à contacter le support à l'adresse suivante saturne-support@edf.com

David

dmonfort

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

Pour dire quelques mots sur l'installation manuelle.

Sous Linux les chaînes de caractères commençant par le symbole dollars désigne une variable. Ainsi,

$INSTALLPATH

désigne le chemin d'installation de Code_Saturne, et

$NOM_ARCH

le nom de l'architecture sur laquelle on installe le code (généralement Linux).

Donc, lorsque le README parle de ces variables, il faut en réalité les remplacer par leur vraie valeur.

lagent_mad

Re : Installation du programme Saturne d'EDF

Merci Mr Monfort.

Bonsoir,

Est-ce que tu peux préciser où bloque ton installation ?

Il y effectivement un souci si tu essayes l'installeur automatique sans utiliser de bibliothèque MPI (nécessaire uniquement si tu souhaites réaliser des calculs sur plusieurs processeurs). En effet, il y a un bug dans la partie tests de la librairie FVM :/
Il n'impacte par contre pas du tout le code mais seulement les tests ; il bloque par contre l'installation :(
r
Finalement, tu as plusieurs solutions.

1) installer à la main en suivant le README
Les parties BFT, FVM et ECS sont à base de scripts configure tandis que pour le noyau NCS, tu as besoin d'éditer le fichier macros_Linux.mk et suivre le mode d'emploi fourni dans le README

2) installer une bibliothèque MPI
Il y en a plusieurs disponibles sur Ubuntu (cependant elles en sont pas toutes fonctionnelles, du moins sous Gutsy :mad:)

3) corriger l'erreur dans FVM et relancer l'installation automatique
Elle se trouve dans le fichier fvm-0.9.0/tests/fvm_file_test.c à la ligne 165.
Il faut encadrer la ligne

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

de la manière suivante

#if defined(FVM_HAVE_MPI)
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
#endif

J'aurais tendance à conseiller la troisième solution...

Si le problème réside ailleurs, on peut toujours on rediscuter !

Quelques remarques supplémentaires au passage :
Une nouvelle version (1.3.2) devrait sortir d'ici fin avril, avec quelques bugs corrigés. Donc, si ce n'est pas urgent, tu devrais peut-être consulter le site web de Code_Saturne pour récupérer cette version (http://rd.edf.com/code_saturne)
Si jamais l'installation ne marche toujours pas, n'hésite pas à contacter le support à l'adresse suivante saturne-support@edf.com

David