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#1 Le 21/09/2010, à 10:40

Ediju

Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Bonjour,

Alors voilà, j'essaie d'installer un logiciel de bioinfo sous ubuntu (dernière version) et je bloque a une étape (je ne suis pas encore super douée sous ubuntu même si je l'utilise depuis un moment).
C'est assez urgent et donc j'ai peu de patience à chercher.
Suivant bêtement les étapes j'arrive à :
Set environmental variables by adding these lines to /Users/foo/.profile:
    PATH=$PATH:/Users/foo/AmpliconNoise/bin:/Users/foo/AmpliconNoise/Scripts
ce qui me donne
bash: /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/Users/foo/AmpliconNoise/bin:/Users/foo/AmpliconNoise/Scripts:/Users/foo/AmpliconNoise/bin:/Users/foo/AmpliconNoise/Scripts: Aucun fichier ou dossier de ce type

sad ... donc que faut il faire ? qu'est ce que foo ?

En espérant que la question ne soit pas trop bête...
Merci

(j'aurais surement besoin d'aide pour toutes les autres étapes si je bloque si tôt)

Dernière modification par Ediju (Le 23/09/2010, à 21:47)

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#2 Le 21/09/2010, à 10:57

fde

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Salut!

Tu dois remplacer "/Users/foo" par l'emplacement où tu as installé ton logiciel. Où se trouve le dossier AmpliconNoise sur ton PC?

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#3 Le 21/09/2010, à 11:03

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

je l'ai mis dans mon dossier perso. Emplacement général de base en gros wink donc je mets juste le chemin où est le dossier ?

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#4 Le 21/09/2010, à 11:26

Haplo

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Set environmental variables by adding these lines to /Users/foo/.profile:
    PATH=$PATH:/Users/foo/AmpliconNoise/bin:/Users/foo/AmpliconNoise/Scripts

donc tu doit faire un truc du genre : (si AmpliconNoise est dans un dossier nomé AmpliconNoise dans ton home)
en modifiant le fichier suivant :
/home/fde/AmpliconNoise/.profile

Set environmental variables by adding these lines to /Users/foo/.profile:
    PATH=$PATH:/home/fde/AmpliconNoise/bin:/home/fde/AmpliconNoise/Scripts

Dernière modification par Haplo (Le 21/09/2010, à 11:27)

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#5 Le 21/09/2010, à 12:34

fde

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Euh oui, c'est comme dit Haplo mais tu remplaces "fde" par ton propre nom d'utilisateur, hein wink

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#6 Le 21/09/2010, à 14:50

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

merci j'essaie et je reviens pr la suite wink

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#7 Le 21/09/2010, à 15:14

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

même comme ça, il n'est pas coopérant... j'ai essayé plusieurs fois et je ne vois pas ce que peut être le probleme...

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#8 Le 21/09/2010, à 15:53

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Bon alors reprenons depuis le début ... jbloque ça m'énerve:
>Move software directory to ~:
    mv AmpliconNoiseV1.0 ~
    cd ~/AmpliconNoiseV1.0
jusque là ok,
>Clean and then make software: make
(je fais bien make clean puis make ?)
là il me dit:

(cd NDist && make)
make[1]: entrant dans le répertoire « /home/jj/AmpliconNoise/NDist »
mpicc -O3 -c NDist.c
make[1]: mpicc : commande introuvable
make[1]: *** [NDist.o] Erreur 127
make[1]: quittant le répertoire « /home/jj/AmpliconNoise/NDist »
make: *** [all] Erreur 2

Bon déjà je suppose que Erreur c'est pas bon ... hmm

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#9 Le 21/09/2010, à 15:59

burty

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

bonjour, smile

je sais pas mais ce serait pas plutot une securité contre l'utilisation de ce genre de logiciel?

n'importe qui ne dois pas jouer avec les molecules...il faudrait qu'il est a faire avec un professionnel linux qui viendrait chez lui et lui installerait après quelques verification sur le pôurquoi de l'utilisation de ce genre de logiciel

je sais pas mais ca m'arrive souvent de tomber sur des logiciels qui ne marche pas...du premier coup.

@+ smile


sony vaio vpcw12m1e: ubuntu studio 10.10 maverik meerkat
processeur: Intel(R) Atom(TM) CPU N280   @ 1.66GHz             
memoire: 2go
http://www.linuxshot.org/fr/gallery/burty00/

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#10 Le 21/09/2010, à 16:14

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

C'est un outil libre (enfin il me semble que ce soit le but....)
avec toutes les explications d'utilisation sur le site... pour les bioinformaticiens ... le hic est que je dois me débrouillée seule puisque pas de bioinformaticiens dans mon labo et j'ai vraiment besoin de bosser sur ça.

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#11 Le 21/09/2010, à 16:36

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Il semblerait que j'ai besoin d'autres programmes avant ... donc je vais essayer comme ça .... avant de continuer avec les questions wink

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#12 Le 21/09/2010, à 16:48

burty

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

bah,tu verras bien si t'arrives ...

le logiciel est libre...mais toi...non...en tous contrains a la loi...on fait pas ce qu'on veut...encore heureux

bon,y'en a toujours qui trouve a faire fonctionner tel ou tel logiciel sensible...mais cela sont deja Hors-La-Loi...

Dernière modification par burty (Le 21/09/2010, à 16:50)


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#13 Le 21/09/2010, à 16:49

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

sous quelle loi ?

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#14 Le 21/09/2010, à 16:53

burty

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

ben,sous tous ce que tu sais de la vie,ce qui est inné.

faut pas voler,faut pas tuer,faut pas faire usages de faux,faut pas se servir de stupefiants...faut pas se servir de logiciels sensibles et potentionnellement dangereux...etc...etc...


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#15 Le 21/09/2010, à 16:58

alej

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Ediju a écrit :

sous quelle loi ?

Laisse causer et installe les paquets libopenmpi-de et libgsl0-dev. Je viens d'essayer et la version 1.2 compile comme un fleur. Après le "make install", les exécutables sont dans le répertoire bin sous le répertoire de compilation. Si tu as compilé dans /home/toi/AmpliconNoiseV1.2/, tu ajoutes "/home/toi/AmpliconNoiseV1.2/bin" à ton PATH et l'affaire est dans le sac...

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#16 Le 21/09/2010, à 17:02

burty

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

alej? faut pas trop allejer quand meme smile

mais c'est ca de toute facon...l'homme qui vis ici est deja perdu...la betise a pris le dessus ...l'ireflechis...

sans parler des tentations....

Dernière modification par burty (Le 21/09/2010, à 17:12)


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#17 Le 21/09/2010, à 17:03

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

merci smile jme demande bien ce qu'il me raconte .... bref ... Rien de dangereux ici ou de hors la loi loin de là ...

Bon alors après moi fille moi blonde moi pas tout suivre faut y aller par étape. J'ai la version 1.2 Je viens d'installer openmpi aussi il doit me manquer l'autre paquet peut être.

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#18 Le 21/09/2010, à 17:07

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

... on peut bosser ? (manque un R qqpart juste comme ça ... ) merci

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#19 Le 21/09/2010, à 17:11

alej

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Tu installes les 2 paquets que j'ai mentionné avec la logithèque ou synaptic où j'sais pas ce que tu utilises puis tu éventres l'archive de ton soft en te plaçant dans /home/toi. Par exemple...

cd ~
tar zxvf /chemin/vers/AmpliconNoiseV1.2.tar.gz
cd AmpliconNoiseV1.2
make
make install

Dernière modification par alej (Le 21/09/2010, à 17:12)

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#20 Le 21/09/2010, à 17:19

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

et tu n'as aucun probleme avec NDist? il me dit erreur mpicc commande introuvable.

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#21 Le 21/09/2010, à 17:22

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

j'ai rien dit il fallait que je redémarre... je jongle entre 2 PC c'est pas top...

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#22 Le 21/09/2010, à 17:28

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

yess j'ai réussi jusque make install ... j'essaie la suite ! Merci

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#23 Le 21/09/2010, à 17:30

alej

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Après, j'peux plus grand chose pour toi vu que je n'ai pas l'ombre de la moindre idée de ce à quoi ce truc peut servir... big_smile

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#24 Le 21/09/2010, à 17:33

Ediju

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

oui enfin jsuis tjs au Path ... je suis pas encore à l'utilisation du programme !
donc il est possible que j'ai encore besoin d'aide wink

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#25 Le 21/09/2010, à 17:40

alej

Re : Installation logiciel bioinformatique Ubuntu [résolu]

Ediju a écrit :

Set environmental variables by adding these lines to /Users/foo/.profile:
    PATH=$PATH:/Users/foo/AmpliconNoise/bin:/Users/foo/AmpliconNoise/Scripts

/Users/foo/.profile == /home/Ediju/.profile
À la fin dudit fichier ".profile" (le point est important), tu ajoutes la ligne...

PATH=$PATH:/home/Ediju/AmpliconNoiseV1.2/bin:/home/Ediju/AmpliconNoiseV1.2/Scripts

Bon, si c'est pas "Ediju", hein, tu comprends quand même... roll big_smile Et, pour faire simple, tu quittes ta session et tu te reconnectes (pas besoin de rebooter, hein).

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