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#1 Le 26/03/2011, à 11:24

Morgiver

Science "Open Source" ?

Bonjour à tous smile

Je suis en train de faire des recherches sur le sujet des Sciences "Open Sources" ou "Libre", donc développée dans un esprit "Libriste" ou "Open Source".

Je me demandais par si de tel projet existes, si oui sur quel sujet ?
Quels sont leurs besoins ?
Comment, avec nos acquis matériel et technique peut-on aider ces projets (fournir un serveur de calcul pendant un mois par exemple), etc...

N'hésitez donc pas à parler des projets scientifiques Libre que vous connaissez smile

Merci d'avance,

Morgiver

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#2 Le 26/03/2011, à 11:33

Dakal

Re : Science "Open Source" ?

J'ai envie de dire BOINC, il doit bien y avoir des projets libre dans le lot.

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#3 Le 26/03/2011, à 19:17

cotesloe

Re : Science "Open Source" ?

Les résultats des calculs des projets attachés à Boinc tombent dans le domaine public.
Je ne sais pas si on peut parler de "projets libres" mais il y a une réelle volonté de partage dans l'idée même puisqu'on parle ici de calcul partagé... wink
Des topics à lire: http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=3861
http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=402495
http://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=416842


"Je sers la science et c'est ma joie" Disciplus Simplex
Portail de l'Alliance Francophone Boinc

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#4 Le 26/03/2011, à 20:45

DaveNull

Re : Science "Open Source" ?

D'abord il faudrait que tu définisses bien ce que tu entends pas "science open-source".
Qu'est-ce qui est open-source ?

Les logiciels utilisés par les chercheurs ? > difficile, ça. Dès que tu veut utiliser du matériel un peu compliqué, et que tu n'as pas envie d'écrire tous tes programmes à la main, bah tu utilises du propriétaire. Je vois mal un biologiste codant ou payant un développeur pour coder un driver libre pour son microscope électronique à transmission...

Les publications ? > Ça a toujours existé et ça tend à se développer, avec l'ère de l'Internet...

Dernière modification par DaveNull (Le 26/03/2011, à 20:45)


timezone[Europe/Paris]

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#5 Le 26/03/2011, à 21:31

compte supprimé

Re : Science "Open Source" ?

DaveNull a écrit :

D'abord il faudrait que tu définisses bien ce que tu entends pas "science open-source".
Qu'est-ce qui est open-source ?

Les logiciels utilisés par les chercheurs ? > difficile, ça. Dès que tu veut utiliser du matériel un peu compliqué, et que tu n'as pas envie d'écrire tous tes programmes à la main, bah tu utilises du propriétaire. Je vois mal un biologiste codant ou payant un développeur pour coder un driver libre pour son microscope électronique à transmission...

Détrompes toi ! La microscopie électronique à ses applications libres et sa distribution linux !
http://gxsm.sourceforge.net/
http://www.elmix.org/

Bon et sinon, la MET, en biologie, c'est euh... Limité et rare (enfin... En biomed ; sinon, à Lyon doit y en avoir genre un à Laennëc, un à l'BCP et un à la doua ; pour les MEB, tu dois en avoir à l'INSA, pour le génie des matériaux).
Ah, et il y a aussi des plans libres pour fabriquer des STM (scanning tunneling microscope), chez soi, pour moins de 1000$ de commande à conrad (et ça sert à rien en bio, c'est utile la aussi en génie des matériaux ; mais c'est marrant, j'adorerais en fabriquer un ; faudrait juste que je devienne assez intelligent au passage, pour bitter quelque chose à l'électronique et à la programmation big_smile).
http://sxm4.uni-muenster.de/stm-en/


Après, Morgiver, ton énoncé est trop vague :
- Si tu parles des publications "libres", autrement dit "pas dans une peer-review célèbre éditée par elsevier/masson/nature", bah, oui, ça existe.
Des comics relatifs à ça :
http://www.phdcomics.com/comics/archive … micid=1199
( plusieurs parties, cliquer sur next ; c'est la partie 4 la plus importante : http://www.phdcomics.com/comics/archive … micid=1208 )

- Si tu parles des applications, alors la c'est le gouffre sans fin. Entre le monde des scripts R (très utilisé pour les puces à ADN), les "framework" à visée "génie génétique" (genre Ugene) ou biocell (genre tinkercell, qui s'interface avec python et octave), les trucs pour la microscopie (imageJ et ses nombreux addons, des machins de gestion genre OMSE (http://www.openmicroscopy.org/site) un tas de machin de reconstruction 3D comme 3D slicer), les trucs pour la chimie (du tableau périodique simple mais informatif genre gelemental, en passant par gchempaint et gnome-chemistry-utils, développés par un prof de l'ENS Lyon ; jusqu'à la reconstruction 3D de molécules : avogadro, gabedit, développé lui aussi par un Lyonnais...)

Mais bref : y'a d'quoi faire ! smile

(Bon, désolé pour les fautes et la prose non-sensique. Excité comme une puce et short niveau temps, bah, j'ai tracé)

#6 Le 28/03/2011, à 05:14

Le Farfadet Spatial

Re : Science "Open Source" ?

Salut à tous !

   Concernant la recherche scientifique, concernant les codes, la logique a toujours été de se les échanger entre collègues. De plus en plus, les codes sont passés sous licence libre, par exemple Gmsh (dont il existe un paquet Ubuntu) est sous GPL.

   Concernant la publication, c'est une partie essentielle du travail de chercheur : un projet n'a d'existence que s'il est publié. D'autre part, l'introduction des comités de relecture, quelque part au milieu du XXe siècle, a permis d'améliorer la qualité moyenne des publications. Dans le processus, ni les auteurs, ni les relecteurs ne sont payés par l'éditeur – cependant, l'éditeur a tout de même un rôle important pour permettre des publications de qualités, le problème étant surtout qu'il est aujourd'hui trop puissant et au centre du processus, alors qu'il devrait être au service de la publication.

   Cela pose plusieurs problèmes. Premièrement, les abonnements aux revues sont très chères (sachant donc que ceux qui font la part la plus importante du travail ne sont pas payés pour ledit travail), ce qui en restreint l'accès, alors que l'on pourrait légitimement considérer que ces publications devraient être en quelque sorte un bien public. D'autre part, nous sommes évalués d'après des critères bibliographiques purement quantitatifs, c'est-à-dire que l'on mesure le nombre d'articles publiés et le nombre de citations. Ceci incite fortement à multiplier les articles sur le même sujet, à faire ce que l'on appelle du saucissonnage (c'est-à-dire à décomposer ce qui ne devrait qu'un seul article en deux ou trois) et à multiplier les auto-citations. En conséquence, la quantité d'articles augmente fortement, rendant la recherche d'articles essentiels plus délicate.

   On peut citer des projets comme arXiv, mais aucun n'est aujourd'hui en mesure de remplacer la publication papier.

   Globalement, l'esprit de la recherche est plutôt proche de l'esprit Open Source, dans la mesure où toute recherche doit être publiée, pouvant ainsi être améliorée par d'autres, ou permettant à d'autres de s'appuyer sur le travail de ses prédécesseurs. Cela dit, les chercheurs sont rarement juristes et souvent suffisamment occupés par ailleurs pour ne pas totalement se poser la question de savoir s'il ne faudrait pas s'orienter plus clairement vers le modèle Open Source ou approchant. Cela évolue, mais la recherche demeure un milieu extrêmement concurrentiel, de sorte que l'on peut facilement d'abord s'inquiéter d'avoir un bon index, afin de pouvoir enfin obtenir un poste de titulaire.

   De plus, les incitations politiques ne poussent pas vraiment dans ce sens, mais plutôt à faire en sorte de monter dans le « classement de Shanghai » et d'augmenter le nombre de brevets ; c'est-à-dire plutôt dans le sens contraire.

   Je ne sais pas si cela répond à la question.

   À bientôt.

Le Farfadet Spatial

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#7 Le 28/03/2011, à 08:26

tibo_

Re : Science "Open Source" ?

J'avais mis ce lien de côté sans jamais l'avoir feuilleté en détail.
C'est un wiki où tu peux trouver des plans open sources pour construire la technologie nécessaire dans une ferme mais pas que. C'est pas encore la caverne d'alibaba, mais il y en a quelques uns de taille notamment un tracteur.
C'est (maladroitement) appelé open source ecology : http://openfarmtech.org/wiki/Main_Page


Travailler MOINS pour gagner MOINS pour vivre MIEUX. | CQFD
http://rezo.net/ | Jetez votre télé c'est important pour votre santé !

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#8 Le 28/03/2011, à 09:21

Wacken

Re : Science "Open Source" ?

Le Farfadet Spatial a écrit :

Salut à tous !

   Concernant la recherche scientifique, concernant les codes, la logique a toujours été de se les échanger entre collègues. De plus en plus, les codes sont passés sous licence libre, par exemple Gmsh (dont il existe un paquet Ubuntu) est sous GPL.

   Concernant la publication, c'est une partie essentielle du travail de chercheur : un projet n'a d'existence que s'il est publié. D'autre part, l'introduction des comités de relecture, quelque part au milieu du XXe siècle, a permis d'améliorer la qualité moyenne des publications. Dans le processus, ni les auteurs, ni les relecteurs ne sont payés par l'éditeur – cependant, l'éditeur a tout de même un rôle important pour permettre des publications de qualités, le problème étant surtout qu'il est aujourd'hui trop puissant et au centre du processus, alors qu'il devrait être au service de la publication.

   Cela pose plusieurs problèmes. Premièrement, les abonnements aux revues sont très chères (sachant donc que ceux qui font la part la plus importante du travail ne sont pas payés pour ledit travail), ce qui en restreint l'accès, alors que l'on pourrait légitimement considérer que ces publications devraient être en quelque sorte un bien public. D'autre part, nous sommes évalués d'après des critères bibliographiques purement quantitatifs, c'est-à-dire que l'on mesure le nombre d'articles publiés et le nombre de citations. Ceci incite fortement à multiplier les articles sur le même sujet, à faire ce que l'on appelle du saucissonnage (c'est-à-dire à décomposer ce qui ne devrait qu'un seul article en deux ou trois) et à multiplier les auto-citations. En conséquence, la quantité d'articles augmente fortement, rendant la recherche d'articles essentiels plus délicate.

   On peut citer des projets comme arXiv, mais aucun n'est aujourd'hui en mesure de remplacer la publication papier.

   Globalement, l'esprit de la recherche est plutôt proche de l'esprit Open Source, dans la mesure où toute recherche doit être publiée, pouvant ainsi être améliorée par d'autres, ou permettant à d'autres de s'appuyer sur le travail de ses prédécesseurs. Cela dit, les chercheurs sont rarement juristes et souvent suffisamment occupés par ailleurs pour ne pas totalement se poser la question de savoir s'il ne faudrait pas s'orienter plus clairement vers le modèle Open Source ou approchant. Cela évolue, mais la recherche demeure un milieu extrêmement concurrentiel, de sorte que l'on peut facilement d'abord s'inquiéter d'avoir un bon index, afin de pouvoir enfin obtenir un poste de titulaire.

   De plus, les incitations politiques ne poussent pas vraiment dans ce sens, mais plutôt à faire en sorte de monter dans le « classement de Shanghai » et d'augmenter le nombre de brevets ; c'est-à-dire plutôt dans le sens contraire.

   Je ne sais pas si cela répond à la question.

   À bientôt.

Le Farfadet Spatial

Concernant le code, cela dépend de sa provenance, ou plutôt de sa source de financement : un code financé par un organe publique est souvent distribué, alors qu'un code financé par un organe privé a beaucoup moins de chance de le devenir. Ce n'est pas une règle générale, bien sûr, mais c'est une constatation empirique sur le nombre de softs que j'ai eu entre les mains. Il faut tout de même noter qu'un code non open-source se doit de fournir une documentation très détaillée, les scientifiques n'étant généralement pas fans des outils "boîte noire".

Au sujet de la publication, le fait de passer par un éditeur permet déjà de sélectionner en grande partie des "bonnes" publications. C'est toujours le problème avec un travail publié librement : n'importe qui peut publier n'importe quoi, et ça deviendrait vite la jungle pour trier le bon du mauvais grain.

J'émets aussi une réserve quant à l'esprit Open Source : cela devient de plus en plus une ouverture a posteriori. Comme précisé, la notation des chercheurs se base de plus en plus sur sa capacité à publier, et si possible dans un bon journal. Pour cela, la primeur sur la découverte est importante, donc on évite de parler d'une recherche en cours pour éviter de se faire court-circuiter.

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#9 Le 28/03/2011, à 11:30

Atok

Re : Science "Open Source" ?

Après, le farfadet spacial parle pour ce qui est de la recherche dans le domaine public, mais aujourd'hui le privé prend une très grande part de tout ce qui est application scientifiques, et là, il n'y a rien de très "OpenSource" dans leur esprit.

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#10 Le 28/03/2011, à 12:20

Titus007

Re : Science "Open Source" ?

Un article que j'ai lu aujourd'hui sur le sujet. Peut-être y a-t-il des pistes pour ce que tu recherches Morgiver.


3% of people today would die if facebook was completely destroyed, 2.7% wouldn't. If you are one of the 0.03% that would be laughing, copy and paste this to your signature. If you are one of the 12% who would mourn the dead, don't. If you are among the 60% of people who don't have Internet, well... and if you don't care, do whatever the f... you want !

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#11 Le 28/03/2011, à 13:13

oswald-p

Re : Science "Open Source" ?

Sinon il y a aussi le projet plume qui vise à promouvoir les logiciels libres utilisables dans l'enseignement supérieur et la recherche:
http://www.projet-plume.org/

O-p


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#12 Le 28/03/2011, à 22:55

Le Farfadet Spatial

Re : Science "Open Source" ?

Salut à tous !

Wacken a écrit :

Concernant le code, cela dépend de sa provenance, ou plutôt de sa source de financement : un code financé par un organe publique est souvent distribué, alors qu'un code financé par un organe privé a beaucoup moins de chance de le devenir. Ce n'est pas une règle générale, bien sûr, mais c'est une constatation empirique sur le nombre de softs que j'ai eu entre les mains. Il faut tout de même noter qu'un code non open-source se doit de fournir une documentation très détaillée, les scientifiques n'étant généralement pas fans des outils "boîte noire".

   Je suis assez d'accord avec ce constat.

Wacken a écrit :

Au sujet de la publication, le fait de passer par un éditeur permet déjà de sélectionner en grande partie des "bonnes" publications. C'est toujours le problème avec un travail publié librement : n'importe qui peut publier n'importe quoi, et ça deviendrait vite la jungle pour trier le bon du mauvais grain.

   Comme après tu as écrit après « j'émets aussi une réserve », cela me semble vouloir dire que ce paragraphe se veut une réserve. Pourtant, il ne contredit en rien mon intervention, je suis même d'accord :

Le Farfadet Spatia a écrit :

[…] l'éditeur a tout de même un rôle important pour permettre des publications de qualités […]

   On peut citer des projets comme arXiv, mais aucun n'est aujourd'hui en mesure de remplacer la publication papier.

   Ceci pour préciser ma pensée et non pour lancer un troll.

Atok a écrit :

[…] le farfadet spacial parle pour ce qui est de la recherche dans le domaine public […]

   Recherche publique plus que recherche dans le domaine public, mais en effet, je viens du public, encore qu'aux États-Unis, la frontière soit moins marquée – de toute façon, ce n'est pas grave, je suis en train de les quitter.

   À bientôt.

Le Farfadet Spatial

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#13 Le 28/03/2011, à 23:27

Atok

Re : Science "Open Source" ?

C'est un peu hors-sujet, mais, "Farfadet Spatial", dans quel domaine travailles-tu ? D'après ce que j'ai lu, tu serais donc dans une unité de recherche en biologie ? (ça m'intéresse car je suis en L1 BCST à Orsay (P11) et je cherche un labo pour un stage d'observation cet été)

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#14 Le 29/03/2011, à 00:04

Le Farfadet Spatial

Re : Science "Open Source" ?

Salut à tous !

   Ah ! Je peux me vautrer dans les joies du hors-sujet sans avoir à supporter la culpabilité d'en avoir été à l'origine !

Atok a écrit :

"Farfadet Spatial", dans quel domaine travailles-tu ?

   Pourtant, mon CV avait circulé sur ce forum. Cela fait-il si longtemps ? Ô ! Temps, suspends ton vol et vous, heures propices, suspendez votre cours : laissez-nous savourez les rapides délices des plus beaux de nos jours !

   J'en profite pour saluer Alphonse, c'était tout de même un type bien !

D'après ce que j'ai lu, tu serais donc dans une unité de recherche en biologie ?

   Tu dois confondre avec l'intervention de Monsieurweller.

   Mes domaines de spécialités sont les mathématiques appliquées et l'informatique théorique et, à l'heure actuelle, j'applique cela à l'océanographie. Concrètement, actuellement je développe des modèles d'océans, c'est-à-dire que je reproduis sur ordinateur les réactions des océans. Cela dit, mon travail peut m'amener à collaborer avec des biologistes (entre autres animaux bizarres).

   À bientôt.

Le Farfadet Spatial

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#15 Le 29/03/2011, à 17:53

compte supprimé

Re : Science "Open Source" ?

@ Farfadet spatial : actuellement, il y a quand même beaucoup de peer-review gratos et plus ou moins libres (tout dépend de comment on considère les licences CC). Genre Plos.

De plus, le nih oblige quasiment toute équipe bossant sous son financement, à filer libre accès à ses publi.
Après, les publis papier, bah ça dépend du domaine. Pour ma part (santé-pharmacie-biodiagnostic) je zieute surtout pubmed, (mais surtout) EMConsulte et Pascal, bah y a pas mal de revues qui ne sont plus éditées que sous format électronique (comprendre : PDF) visiblement. hmm

Les strips du webcomic PhD comics sur le sujet (que j'ai linké plus haut), illustrent bien le truc.

@ Atok : y a pas mal d'équipes qui accueillent des étudiants sur Lyon. Va jeter un oeil sur les équipes proposées dans la section "M1 recherche biomédicale" (ou biologie humaine, ça dépend des années), du site de Lyon1.
Il reste toujours de la place en général.



De plus, les incitations politiques ne poussent pas vraiment dans ce sens, mais plutôt à faire en sorte de monter dans le « classement de Shanghai » et d'augmenter le nombre de brevets ; c'est-à-dire plutôt dans le sens contraire.

C'est vrai, et c'est malheureux.
Le pire étant qu'à Lyon, beaucoup sont dans cette logique (" la loi sur l'innovation et la recherche va nous permettre de lancer notre boite bientôt, vu que les résultats sont prometteurs").

#16 Le 30/03/2011, à 23:55

Le Farfadet Spatial

Re : Science "Open Source" ?

Salut à tous !

monsieurweller a écrit :

@ Farfadet spatial : actuellement, il y a quand même beaucoup de peer-review gratos et plus ou moins libres (tout dépend de comment on considère les licences CC). Genre Plos.

   Pas dans les domaines où j'ai publiés, à moins que j'en aie raté.

De plus, le nih oblige quasiment toute équipe bossant sous son financement, à filer libre accès à ses publi.

   Personnellement, je fournis les PDFs de mes articles sur demande. Cependant, pour obtenir un poste ou un financement, il faut travailler son h-index, qui, dans les domaines où j'ai publiés, augmente surtout par l'intermédiaire des revues classiques.

Après, les publis papier, bah ça dépend du domaine. Pour ma part (santé-pharmacie-biodiagnostic) je zieute surtout pubmed, (mais surtout) EMConsulte et Pascal, bah y a pas mal de revues qui ne sont plus éditées que sous format électronique (comprendre : PDF) visiblement. hmm

   Certes, toujours est-il que l'abonnement est extrêmement cher, alors qu'en plus il n'y a même plus les coûts d'impression.

   Ces revues ont des qualités et je pense qu'il est dommageable de vouloir se passer d'un éditeur, il n'empêche qu'à mon sens nous sommes tombés dans un travers et qu'il serait bon de se poser la question de comment améliorer les choses.

   À bientôt.

Le Farfadet Spatial

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#17 Le 31/03/2011, à 00:22

K4ede

Re : Science "Open Source" ?

Intéressant ce sujet.
Je m'étais fait la remarque il y a quelque temps, que beaucoup de résultats infructueux ne sont jamais publiés, laissant d'autres scientifiques recommencer les mêmes erreurs. Je m'étais dit qu'un wiki ou' chacun noterait les expériences qui ne marchent pas, en développant un minimum, serait sans doute d'une grande aide. Mais encore faut il trouver le temps de rédiger un article qui n'a aucune chance d'être publié...

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#18 Le 31/03/2011, à 06:53

oswald-p

Re : Science "Open Source" ?

@Le Farfadet Spatial
Tu sais ce qu'il te dit l'animal bizarre?! hein?!
En fait rien...nous les biologistes, nous sommes des pleutres lol

O-p


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#19 Le 31/03/2011, à 18:10

Le Farfadet Spatial

Re : Science "Open Source" ?

Salut à tous !

oswald-p a écrit :

Tu sais ce qu'il te dit l'animal bizarre?! hein?!
En fait rien...nous les biologistes, nous sommes des pleutres lol

   Ça pourrait être pire, vous pourriez être des matheux !

K4ede a écrit :

Je m'étais fait la remarque il y a quelque temps, que beaucoup de résultats infructueux ne sont jamais publiés, laissant d'autres scientifiques recommencer les mêmes erreurs. Je m'étais dit qu'un wiki ou' chacun noterait les expériences qui ne marchent pas, en développant un minimum, serait sans doute d'une grande aide. Mais encore faut il trouver le temps de rédiger un article qui n'a aucune chance d'être publié...

   En réalité, il arrive que des articles, voir des thèses, portent sur des idées infructueuses ou des échecs. Cela dit, il est vrai que c'est assez rare, parce qu'il est difficile de trouver un moyen de mettre en avant un échec.

   À bientôt.

Le Farfadet Spatial

Dernière modification par Le Farfadet Spatial (Le 31/03/2011, à 18:38)

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#20 Le 01/04/2011, à 06:55

oswald-p

Re : Science "Open Source" ?

Le Farfadet Spatial a écrit :

Ça pourrait être pire, vous pourriez être des matheux !

Le Farfadet Spatial

lol lol lol lol

Le Farfadet Spatial a écrit :

En réalité, il arrive que des articles, voir des thèses, portent sur des idées infructueuses ou des échecs.

Le Farfadet Spatial

Oui c'est tout l'intérêt des "vrai" thèses qui ne sont pas uniquement sur article comme on le voit beaucoup trop souvent à présent en biologie.
Sinon dans le même genre mais avec de l'humour en dedans on a ça: http://www.improb.com/

bye.

O-p


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