Ubuntu-fr

deltamoins

biologie moléculaire

Bonjour,

Je travaille dans la génétique et je cherche des logiciels assez particuliers.
J'utilisais notamment un logiciel d'analyse GeneMapper sous windows. J'aimerais savoir si un équivalent existe sous Linux.
J'imagine bien que ce genre de logiciel ne doit pas dire grand chose à pas mal de monde mais peut-être que quelqu'un pourra m'indiquer un site/forum où je pourrais trouver des logiciels Linux pour la génétique en général.

Merci d'avance !

HappyMan

Re : biologie moléculaire

Salut!

Je ne sais pas si ça correspond (c'est le même nom, mais pas le même logiciel), mais il y a cet article (en anglais) avec un logiciel à télécharger ici.
D'après le README, il y a d'autres programmes à installer.

Sinon, du côté de Debian, il y a pas mal de paquets intéressants

Mais comme ce n'est pas mon domaine, je ne peux pas trop juger de la qualité des softs.

J'espère que ce sera un début de piste...

A+

bapoumba

Re : biologie moléculaire

Bonjour,
dans les dépôts universe et multiverse (partie sciences), tu trouveras de nombreux paquets relatifs aux alignements de séquences (nucléotidiques et peptidiques), à la PCR, à la phylogenie, à la bioinfo, aux structures moléculaires, au fit de courbes par régression et la construction de graphes, la simulation des réponses des réseaux neuronaux, l'imagerie médicale, un dictionnaire de termes scientifques ... J'en passe.
Bonnes recherches

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J'aime les fraises.

deltamoins

Re : biologie moléculaire

Merci pour vos réponses !

HappyMan : ce n'est pas ton domaine mais tu as quand même fait des recherches ! bravo ! par contre c'est pas de chance tu es tombé sur un logiciel homonyme. Il ne fait par contre pas du tout la même chose... En ce qui concerne les paquets Debian, c'est comme à chaque fois : il y a beaucoup de choses développées pour l'analyse de séquences nucléotidiques (c'est la suite des lettres des gènes) mais rien pour d'autres types de marqueurs génétques (espèces d'étiquettes des gènes)... Bref désolé pour ce jargon. Merci quand même ! :-)

bapoumba : j'ai déjà été voir sur les dépôts universe et c'est le même problème que pour les paquets debian : je n'y ai pas trouvé les logiciels que je cherchais...

Je mettrais des liens si je trouve des trucs pour d'autres qui cherchent la même chose que moi !

A plus :-)

deltamoins

Re : biologie moléculaire

Chose promise chose due !
J'ai trouvé un logiciel qui a l'air de faire ce que je veux : Genographer
http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/
Il a l'air de marcher avec des données qui sortent d'un certain type d'appareil mais bpn je vais voir si les miennes sont traitables...
En plus il n'existe pas de paquets debian... S'il est utile j'en ferais surement un (il me semble que c'est faisable et puis il faut bien apporter sa pierre à la communauté !)

Je vous tiens au courant

A plus

Tarlak

Re : biologie moléculaire

Bon j'avoue tout de suite je n'y connais rien, mais voila deux distrib qui peuvent peut etre t'interesser :
http://public.vigyaancd.planetmirror.com/bio.html
http://www.dnalinux.com/
Mais je ne garanti pas du tout que ca corresponde e que tu cherches

deltamoins

Re : biologie moléculaire

Merci pour ces deux sites. Je connaissais déjà le dnalinux et je n'y ai pas trouvé ce que je voulais... C'est des outils pour l'analyse de séquences comme je le disais plus haut.
Je viens d'aller voir vigyaancd et c'est la même chose...
Merci quand même pour votre réactivité je suis assez épaté !

A plus :-D

Tarlak

Re : biologie moléculaire

Arf flutio bon ben dommage bon courage pour ta recherche en tous cas

deltamoins

Re : biologie moléculaire

Bonjour,

Je vous donne l'état de mes recherches, ça peut intéresser d'autres personnes. Vu que le sujet est commencé, autant le "terminer" avec des infos.
Deux logiciels libres existent qui offrent une alternative à GeneMapper :
- STRand développé par l'université de Davis en Californie (http://www.vgl.ucdavis.edu/informatics/STRand/index.html) mais il ne fonctionne que sous Windows et il ne traite pas les fichiers de données issus de tous les appareils de génotypage (notamment pas les plus récents).
- Genographer développé par l'université du Montana (http://hordeum.oscs.montana.edu/software/genographer/index.html) mais qui ne traite pas les fichiers de données de tous les appareils de génotypage dont les plus récents.
Voilà l'état de ma recherche pour le moment. Je vais donc surement opter pour la solution émulation et installé WINE pour pouvoir installer le logiciel GeneMapper si ça marche...

Merci encore pour votre aide.

bishop

Re : biologie moléculaire

Quelques liens
http://www.uwyo.edu/dbmcd/molmark/WebSoftware.doc

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La plus grande surprise que puisse faire un con c'est de faire une pause.

deltamoins

Re : biologie moléculaire

Je viens d'aller voir le fichier dont bishop parle.
C'est en effet une liste bien fourni de logiciels intéressants.
Malheureusement, il n'y a rien de nouveau sous le soleil. On y retrouve d'ailleurs Genographer dont j'ai parlé plus haut.
A ce propos, j'ai envoyé un mail aux dévelopeurs pour avoir plus de précisions... On ne sait jamais !

bishop

Re : biologie moléculaire

Compiler GeneMapper est peut être possible...
C' est plus une question qu' une proposition. Mon anglais étant plus qu' approximatif, je comprends peu ce qui se dit sur ce site.

Le site où l' on parle de GeneMapper et de LInux :
GeneMapper was implemented in the computer programming language C and tested on a standard Linux machine. The running time of GeneMapper on a single gene is given by the following equation...
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articl … id=1557983

Les sources (GeneMapper  + d' autres paquets) : http://bio.math.berkeley.edu/genemapper/suppl.html

Le README

GENEMAPPER : Reference Based Annotation System

ABOUT GENEMAPPER

GeneMapper is a program for transferring annotations from a well annotated reference genome (such as H. sapiens or D. melanogaster) to other (possibly unfinished) genomes. The rationale behind developing reference based systems such as GeneMapper is that although a lot of resources have been invested in annotating genomes of model organisms, it is unreasonable to expect similar efforts to be expended for the myriad of genomes that are now being sequenced. Lack of genome-wide full length cDNA sequences for these newly sequenced genomes makes it virtually impossible to completely annotate these genomes using cDNA based methods. GeneMapper provides an alternative method for obtaining high quality annotations of these genomes by transferring reference annotations. It is being used to annotate newly sequenced vertebrate, insect and worm genomes. Further details about GeneMapper can be obtained from http://bio.math.berkeley.edu/genemapper/

PREINSTALLATION

GeneMapper has been tested on a Linux Machine, but it should work on other Unix based systems. Before installing GeneMapper, the user needs to install the following software on the system.

1. BioPerl : BioPerl(version 1.4 or later) is required for running GeneMapper. Information about bioperl can be obtained from http://bioperl.org.

2. WU-BLAST : WU-BLAST is required for running BioPerl. It can be obtained from http://blast.wustl.edu

3. StrataSplice : StrataSplice is a program for scoring splice sites. It can be downloaded from http://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/stratasplice/. After installing StrataSplice, please change line 57 of the file scoresignals.c to the relevant path.

4. blast-hits.pl : This perl script is provided with the distribution. The directory containing this file should be added to the environment varable $PATH.

5. Pars : This directory contains parameters required by GeneMapper and contains parameters required by GeneMapper. Please change line 92 of the file annotate.c to the relevant directory. We have also provided a directory FLY_Pars, which contains fruitfly specific parameters.

INSTALLATION

Change your working directory to the directory containing all source files. On the shell, type make. A binary named geneMapper should be produced. The directory containing this binary should be added to the $PATH environment variable.

RUNNING GENEMAPPER

The  command line format for running GeneMapper is

geneMapper seqs.fa ref.gff distfile

The three files in the command line are the following

1. seqs.fa : The multi fasta containing all the sequences. The reference sequence should be the first sequence in the multi fasta file. Sequences from other species should be preferably ordered by distance from the reference species.

2. ref.gff : The reference annotation in GFF format. A description of the format is found at http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/GFF_Spec.shtml.
`
3.distfile : A matrix describing the pairwise distances among the input species.The pairwise distances are in terms of human chimp distances, i.e. human and chimp are at distance 1. An example matrix describing distances between human and mouse is found in the file "test/dists".

In addition, we have provided fly specific parameters in the directory FLY_Pars. In case you want to use this directory, use distances in terms of D. Melanogaster D. Yakuba distances.

EXAMPLE

Correct installation of GeneMapper can be tested in the "test" directory. This directory contains human and mouse orthologous genes in the files hs.fasta and mm.fasta respectively. The "true" human annotations are in the file hs.truth.gff. The matrix describing distances between human and mouse are in the file "dists".

We can transfer the human reference annotation to the mouse sequence by typing the following command.

geneMapper seqs.fa hs.truth.gff dists

GeneMapper should output the mouse annotation in GFF format.

CONTACT INFORMATION

Please direct any queries/suggestions to 

Sourav Chatterji : souravc@eecs.berkeley.edu
Lior Pachter : lpachter@math.berkeley.edu

.
.
.
Les dépendances
Téléchargement et installation de BioPerl pour Unix :
http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unix
http://www.bioperl.org/wiki/Getting_BioPerl

Installation de WU-BLAST : http://blast.wustl.edu/blast/README.html#Installation
Download : http://blast.wustl.edu/licensing/
Supported Platforms : http://blast.wustl.edu/blast/README.html#Platforms

StrataSplice (.jar, nécessite peut être JDK) :
http://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/stratasplice/

Dernière modification par bishop (Le 09/01/2007, à 19:41)

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La plus grande surprise que puisse faire un con c'est de faire une pause.

deltamoins

Re : biologie moléculaire

Bonjour,

Je suis assez positivement étonné de la réactivité du forum Ubuntu ! J'ai posté sur d'autres forums dont un de bioinformatique et franchement chapeau à vous !
Bon trève de louanges :-)
Bien cherché pour bishop mais c'est comme pour HappyMan : tu es tombé sur un logicil homonyme qui traite aussi des données de biologie moléculaire... Malheureusement, ce n'est pas ce Genemapper que je cherche à utiliser. Désolé.

Merci quand même pour ton aide :-)

Amanck

Re : biologie moléculaire

Salut,

S'il s'agit du logiciel de chez Applied, peut-être pourras-tu trouver quelque chose de ce côté :
http://www.debian.org/devel/debian-med/microbio.fr.html (nottament BioSQUID, un logiciel d'analyse de séquences).
Tu peux peut-être aussi utiliser des applications en ligne. Il y en a pas mal et qui viennent bien souvent de linux en plus... Tu dois certeainement connaître ce lien : http://www.ebi.ac.uk/.

Bon, j'espère avoir pu contribuer à tes recherches. Bonne continuation.

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Système installé : Ubuntu 7.04 Feisty Fawn

benjou

Re : biologie moléculaire

Salut deltamoins,

Pour lire les traces de sequences, j'utilise FinchTV qui lit les fichiers ab1
J'ai pas tout lu, donc, je ne suis pas sur que c'est ce que tu cherches...

Other Features in v.1.3.0:
- View, edit, export, and print the reverse complement of the trace just as you can the forward orientation.
- View the raw unprocessed signal data from ABI files (not SCF) by invoking the "Raw Data" choice from the "View" menu.
- Selected bases or the entire sequence can be sent to your choice of 4 NCBI BLAST pages.
- Select a single base or range of bases and copy the base calls for use in another application.
- Allows changing base calls, inserting new bases and deleting bases.
- Commands allow you to change a range of bases to upper or lowercase, or convert them to N's or X's.
- Save your edits and share your file with other researchers.
- Search for a given sequence in the base calls of the trace (accepts regular expressions)
- Open SCF, ABI and gzipped chromatogram files.
- View in standard or wrapped mode.
- Scale the trace horizontally and vertically.
- Use different options for printing your trace.
- Export DNA sequence to FASTA text file.
- Open files by dropping the icon onto FinchTV window.
- Show and hide base calls, base numbers and quality values.
- View Chromatogram Info details.
- Jump to the Geospiza website and help documentation.

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écrasons l'infâme