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modelisation hydrodynamique en open source

Un message d'un ami qui voudrait passer à Linux pour ses besoins professionnels.
Si le post est mal loggé, donnez moi le chemin pour le déplacer.

Merci Nik!

Bon, voila ce que je veux faire au final, j'espere que ca ne fait pas trop d'infos!

Grosso modo, mon but est d'installer des logiciels de modelisation hydrodynamique en open source. Il y a plusieurs alternatives, mais pour commencer je voudrais essayer ROMS (Regional Ocean Modelling System):
https://www.myroms.org/

Pour faire simple je voudrais savoir comment installer NetCDF4, HDF5 qui est necessaire pour NetCDF4 etc. et ensuite compiler ROMS sous Linux... Toute doc pour comprendre la compilation et l'installation manuelle de logiciels et librairies de maniere generale sous Linux (pas en utilisant les gestionnaires de package en GUI, ca c'est simple! ;-) pourrait m'aider.

Version Longue:

Il est possible d'installer ROMS via Cygwin sous Windows, mais j'ai deja fait face a des difficultes donc je prefere commencer par son systeme natif: LINUX/UNIX. Dans les 2 cas il faut de toute facon passer par un certain nombre d'etapes pour resoudre les "dependances" de ce logiciel a d'autres librairies.
https://www.myroms.org/wiki/index.php/Getting_Started

Donc selon mes lectures, il faut installer ces choses dans l'ordre:
1. perl+GCC pour GNU Make, CPP et Fortran, C++ etc.
2. zlib 1.2.5 et superieur et curl 7.18.0 et superieur,
3. une librairie de parallelisation des programmes, je penche pour MPICH2 par exemple mais OpenMPI existe aussi.
4. HDF5 (Hierarchical Data Format: http://www.hdfgroup.org/HDF-FAQ.html#instl) qui est un format de stockage de donnees scientifiques
5. NetCDF4 (Network Common Data Form http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/), un autre format de donnees scientifiques utilisant HDF5, et lui-meme utilise par ROMS entre autres.
6. Subversion ou git pour recuperer et gerer le code source de ROMS.

Le probleme, c'est surtout que je suis completement novice en Linux. Donc les versions disponibles dans les "repositories" (desole pour l'anglais ma langue de travail) ne sont pas suffisamment a jour et je suis oblige de passer par des binaires sur les sites evoques, ou les sources a compiler. Pour les binaires, je me retrouve avec des fichiers que je ne sais pas installer (comment faire sous linux?) et avec les sources il faut preciser les balises en fonction d'un certain nombre de parametres, assez complexe pour le moment. Exemple pour HDF5 (extrait du fichier INSTALL inclus dans les sources de NetCDF4.2):

  ./configure --with-zlib=/home/ed/local --prefix=/home/ed/local
  make check install

Je dois preciser ou est zlib, mais sous fedora16 par exemple zlib est installe mais "whereis zlib" ne retourne pas le chemin d'installation de zlib... Pourtant, en utilisant la commande "rpm -aq | grep zlib" je trouve zlib... Ensuite une fois que j'ai ca je peux compiler NetCDF4 avec zlib et HDF5 (extrait du meme fichier INSTALL de NetCDF4.2):

CPPFLAGS=-I/home/ed/local/include LDFLAGS=-L/home/ed/local/lib ./configure --prefix=/home/ed/local
  make check install

Une fois cela fait, alors uniquement je peux installer ROMS avec les sources depuis subversion et git... Tout un programme! Je ne parle meme pas des versions paralleles de HDF5 et NetCDF4, ou meme d'installer ces 2 librairies en mode partage...

https://www.myroms.org/wiki/index.php/ROMS_UNSW2008
https://www.myroms.org/wiki/index.php/ROMS_git

Voila, apres cela reste a s'occupper de la compilation au cas par cas de ROMS et autres en incluant la parallelisation ainsi que la gestion des donnees etc donc ce n'est que le debut...
Voila une capture d'ecran du contenu de l'archive binaire de HDF5, ainsi que le fichier INSTALL (texte) fourni avec les sources de NetCDF4.2. Voila, ca devrait etre tout!

Voila une capture d'ecran du contenu de l'archive binaire de HDF5, ainsi que le fichier INSTALL (texte) fourni avec les sources de NetCDF4.2. Voila, ca devrait etre tout!

PS: Toutes les commandes sont basees sur Fedora 16, je n'ai pas essaye Ubuntu. Mais selon la recherche sous aptitude, les fichiers ne sont pas dispos directement en ligne pour installation automatique donc Fedora semble etre une meilleure alternative pour mes applications scientifiques peut-etre?

Merci encore.

YannUbuntu

Re : modelisation hydrodynamique en open source

Bonjour

Dans un 1er temps : demander au développeur/mainteneur de ROMS de créer un installateur (paquet DEB, l'équivalent du .EXE sous Windows) pour Ubuntu 12.04 LTS (comme c'est une version "support longue durée", ce paquet sera valide jusqu'en avril 2017).
Ainsi les utilisateurs n'auront qu'à télécharger et double-cliquer sur l'installateur pour installer facilement l'application.

Si le dev de ROMS ne veut pas créer le DEB, personnellement je laisserais tomber (ce n'est pas à l'utilisateur de compiler les applications).
S'il veut bien mais qu'il ne sait pas faire, voici quelques indices qui pourront l'aider:
- http://doc.ubuntu-fr.org/compilation
- http://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/compilation
- pour trouver le nom des paquets à installer (perl+GCC,GNU Make, CPP, Fortran, C++, curl, zlib, HDF5, netcdf , MPICH2 , openmpi, etc.), chercher dans Synaptic ou sur ce site. (à priori tout existe déjà)
- Subversion ou git -> http://doc.ubuntu-fr.org/git , http://doc.ubuntu-fr.org/subversion

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à consulter/améliorer: Guide du Débutant, Logiciels, Ecole, Travail, Maison

alank

Re : modelisation hydrodynamique en open source

Bonjour,

Je suis l'ami en question. Tout d'abord, merci de m'accueillir ici, et de repondre a mes questions. Elles doivent paraitre simples voire absurde etant donne que je debute tout juste! ;-)

Je vais potasser les liens plus en detail, mais jusqu'a present, je n'ai pas trop reussi a retirer quoi faire de mes binaires. Le contenu de l'archive pre-compilee etait en capture d'ecran dans le poste de runs. Ca m'aiderait deja pas mal si quelqu'un pouvait m'orienter vers une explication de l'installation de binaires sans paquet .deb ou autres. Il y a un debut d'information ici:
http://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/comme … _un_paquet
et ici:
http://doc.ubuntu-fr.org/projets/paquet … des_depots
Mais rien de definitif, ou sont donc senses atterrir ces repertoires bin, include, lib et share? Et comment faire sans .deb pour que ces paquets binaires soient utilisables par Linux? On doit pouvoir juste les placer ou l'on veut peut-etre et ensuite juste preciser le chemin lors de l'utilisation ou la compilation d'autres librairies? Y a-t-il dans ce cas une recommendation s'il n'existe pas de repertoire par defaut du genre "Program Files"?

Merci par avance.

PS: Pour ce qui est de la mise a disposition de paquets installables, cela reste a debattre j'imagine. Il s'agit la de logiciels scientifiques a usage tres particulier, donc on ne touche pas le meme public qui doit se compter en millions pour les applications de base d'Ubuntu par exemple. Je suis d'accord pour avoir la tache simplifiee, mais je ne peux pas en vouloir aux scientifiques de se concentrer sur l'amelioration des librairies, le travail qu'ils fournissent est deja a mon avis admirable... Un mot de plus pour ROMS: si je ne me trompe pas, le programme doit etre recompile pour chaque utilisation specifique (simulation hydrodynamique) donc proposer un paquet .deb ne me parait pas faisable... Mais des efforts sont en cours notamment un GUI, qu'on attend avec impatience!
Il est tard (1h du matin), je m'excuse donc si j'ai ecrit des enormites. Bonsoir a vous. :-)

Hoper

Re : modelisation hydrodynamique en open source

Ce que tu ne comprend pas c'est que dans ton cas par exemple, il n'y a rien à installer du tout. Je me suis amusé à télécharger hdf5 et je lance directement sans rien installer d'autre.

Il y aurai un peu trop de truc à t'expliquer la... Par écrit, j'ai sincèrement pas le courage. Envoi moi un numéro de téléphone par mail ou message privé, et j'essaye de t'appeler dans la soirée pour t'expliquer deux ou trois choses

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Mes tutos et coups de gueule :
http://hoper.dnsalias.net/atdc/
Mastodon: @hoper@framapiaf.org