[RÉSOLUG]chempaint: mise à jour menant à des bugs graphiques critiques

solidsteak02 · Le 25/08/2014, à 04:27

Bonjour,

Dans le cadre de mes études, j'utilise le logiciel Gchempaint pour le dessin de molécules ainsi que pour la réalisation de mécanismes réactionels.
Celui-ci étant capricieux par moments, j'étais très heureux d'en voir enfin une mise à jour.
Seulement voilà: pendant que je dessine mes molécules, si je réalise une action particulière (je clique sur une liaison pour changer l'ordre de celle-ci), l'action est prise en compte et l'ordre de liaison change, mais la liaison disparaît tout bonnement, ce qui devient très compliqué pour la suite lorsque j'écris mes mécanismes.
Mais mon souçi ne s'arrête pas là: si je continue à travailler malgré les erreurs d'affichage, le logiciel crashe peu de temps après
J'ai tenté de verrouiller le logiciel à une version antérieure: sans succès! le bug persiste!
À noter que j'ai essayé de faire tourner Gchempaint sur une machine virtuelle et en live install, et, à versions égales, le logiciel fonctionne à la perfection

Je fais donc appel à vous afin de m'aider à résoudre ce problème, qui non seulement m'intrigue, mais me gène beaucoup...

D'avance, merci

Dernière modification par solidsteak02 (Le 29/08/2014, à 11:58)

Gaara · Le 25/08/2014, à 08:22

Bonjour,
Je ne connais pas ce logiciel, mais en général, pour découvrir un bug, il faut passer par le terminal, et lancer le logiciel.

gchempaint

Si rien ne s'affiche sur le terminal lors du bug, regarder s'il y a un mode verbeux (mode bavard) dans

gchempaint --help

Souvent, c'est l'option --verbose

gchempaint --verbose

Et voir si quelque chose s'affiche lors du bug...

Autre solution: essayer d'envoyer un mail à l'auteur, en anglais... (quoique, vu le nom, l'auteur semble être francophone)
http://www.nongnu.org/gchemutils/paint/ … index.html

Dernière modification par Gaara (Le 25/08/2014, à 08:24)

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 03:29

Bah je me demande si c'est pas la configuration d'une des dépendances du logiciel qui a eu un souci de config...du coup j'aimerais bien reconfigurer ou bien carrément réinstaller les dépendances du logiciel...mais je sais pas trop comment faire...
une idée?

Gaara · Le 26/08/2014, à 08:33

oui, tu peux essayer ça:

sudo apt-get remove --purge gchempaint    
sudo apt-get autoremove        
sudo apt-get install gchempaint

Tu verras toutes les dépendances s'installer

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 08:46

il semblerait que la seule dépendance ne servant qu'à gchempaint soit libgcu.
L'installation me donne un truc bizarre, une flopée de "unknown media type" quand je désinstalle libgcu:

Sélection du paquet libgcu0 précédemment désélectionné.
(Lecture de la base de données... 891377 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du décompactage de .../libgcu0_0.14.6-1ubuntu1_i386.deb ...
Décompactage de libgcu0 (0.14.6-1ubuntu1) ...
Sélection du paquet gchempaint précédemment désélectionné.
Préparation du décompactage de .../gchempaint_0.14.6-1ubuntu1_i386.deb ...
Décompactage de gchempaint (0.14.6-1ubuntu1) ...
Traitement déclenché pour  hicolor-icon-theme (0.13-1) ...
Traitement déclenché pour  libglib2.0-0:i386 (2.40.0-2) ...
Traitement déclenché pour  shared-mime-info (1.2-0ubuntu3) ...
Unknown media type in type 'chemical/x-alchemy'
Unknown media type in type 'chemical/x-cache'
Unknown media type in type 'chemical/x-cactvs-ascii'
Unknown media type in type 'chemical/x-cactvs-binary'
Unknown media type in type 'chemical/x-cactvs-table'
Unknown media type in type 'chemical/x-cdx'
Unknown media type in type 'chemical/x-cdxml'
Unknown media type in type 'chemical/x-chem3d'
Unknown media type in type 'chemical/x-cif'
Unknown media type in type 'chemical/x-cml'
Unknown media type in type 'chemical/x-daylight-smiles'
Unknown media type in type 'chemical/x-dmol'
Unknown media type in type 'chemical/x-gamess-input'
Unknown media type in type 'chemical/x-gamess-output'
Unknown media type in type 'chemical/x-gaussian-input'
Unknown media type in type 'chemical/x-gaussian-log'
Unknown media type in type 'chemical/x-genbank'
Unknown media type in type 'chemical/x-gulp'
Unknown media type in type 'chemical/x-hin'
Unknown media type in type 'chemical/x-inchi'
Unknown media type in type 'chemical/x-inchi-xml'
Unknown media type in type 'chemical/x-jcamp-dx'
Unknown media type in type 'chemical/x-macromodel-input'
Unknown media type in type 'chemical/x-mdl-molfile'
Unknown media type in type 'chemical/x-mdl-rdfile'
Unknown media type in type 'chemical/x-mdl-rxnfile'
Unknown media type in type 'chemical/x-mdl-sdfile'
Unknown media type in type 'chemical/x-mdl-tgf'
Unknown media type in type 'chemical/x-mmcif'
Unknown media type in type 'chemical/x-mol2'
Unknown media type in type 'chemical/x-mopac-graph'
Unknown media type in type 'chemical/x-mopac-input'
Unknown media type in type 'chemical/x-mopac-out'
Unknown media type in type 'chemical/x-msi-car'
Unknown media type in type 'chemical/x-msi-hessian'
Unknown media type in type 'chemical/x-msi-mdf'
Unknown media type in type 'chemical/x-msi-msi'
Unknown media type in type 'chemical/x-ncbi-asn1'
Unknown media type in type 'chemical/x-ncbi-asn1-binary'
Unknown media type in type 'chemical/x-ncbi-asn1-xml'
Unknown media type in type 'chemical/x-pdb'
Unknown media type in type 'chemical/x-shelx'
Unknown media type in type 'chemical/x-vmd'
Unknown media type in type 'chemical/x-xyz'
Unknown media type in type 'all/all'
Unknown media type in type 'all/allfiles'
Unknown media type in type 'uri/mms'
Unknown media type in type 'uri/mmst'
Unknown media type in type 'uri/mmsu'
Unknown media type in type 'uri/pnm'
Unknown media type in type 'uri/rtspt'
Unknown media type in type 'uri/rtspu'
Traitement déclenché pour  desktop-file-utils (0.22-1ubuntu1) ...
Traitement déclenché pour  bamfdaemon (0.5.1+14.04.20140409-0ubuntu1) ...
Rebuilding /usr/share/applications/bamf-2.index...
Traitement déclenché pour  gnome-menus (3.10.1-0ubuntu2) ...
Traitement déclenché pour  mime-support (3.54ubuntu1) ...
Traitement déclenché pour  menu (2.1.46ubuntu1) ...
Traitement déclenché pour  man-db (2.6.7.1-1) ...
Paramétrage de libgcu0 (0.14.6-1ubuntu1) ...
Paramétrage de gchempaint (0.14.6-1ubuntu1) ...
Traitement déclenché pour  libc-bin (2.19-0ubuntu6.1) ...
Traitement déclenché pour  menu (2.1.46ubuntu1) ...

J'avais tenté un clean en session recovery au cas ou, ça n'a pas réglé le souci...

Gaara · Le 26/08/2014, à 08:58

Moi aussi j'ai eu ces 'Unknown media type' quand je l'ai installé hier. Je ne pense pas que ce soit bloquant.
Sinon tu l'as installé via un ppa ou depuis les dépôts officiels?

Gaara · Le 26/08/2014, à 09:01

Les dépendances tu peux les voir dans synaptic:

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 09:01

les dépôts officiels
C'est vrai que ça aurait pu être à cause de ça...j'utilise quelques ppa's mais pas pour celui-ci
j'avais essayé de le compiler depuis la source dimanche, mais non seulement j'ai galéré, mais ça n'aurait servi à rien je pense

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 09:10

Les propriétés de synaptic me donne beaucoup de dépendances, dont dconf-gsettings-backends
perso quand je demande à synaptic de m'installer gchempaint, il ne fait que ça, les autres dépendances état déjà là...

Je sais qu'en général vaut mieux éviter de titiller de trop près dconf...
ou bien je réinstalle que les "paquets dépendants" (même si ça semble ne faire aucun sens)?
la commande pour supprimer un paquet et ses fichiers de configuration est bien la suivante?

sudo apt-get autoremove --purge [paquets]
sudo apt-get autoremove

Dernière modification par solidsteak02 (Le 26/08/2014, à 09:10)

Gaara · Le 26/08/2014, à 09:10

J'ai ça quand j'essaie d'installer:

~$ sudo apt-get install gchempaint
[sudo] password for guillaume: 
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets supplémentaires suivants seront installés : 
  bodr chemical-mime-data libgcu0 libgoffice-0.10-10 libgoffice-0.10-10-common
  libgsf-1-114 libgsf-1-common libopenbabel4
Paquets suggérés :
  gnome-mime-data gcu-bin gcrystal
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
  bodr chemical-mime-data gchempaint libgcu0 libgoffice-0.10-10
  libgoffice-0.10-10-common libgsf-1-114 libgsf-1-common libopenbabel4
0 mis à jour, 9 nouvellement installés, 0 à enlever et 5 non mis à jour.
Il est nécessaire de prendre 0 o/7 149 ko dans les archives.
Après cette opération, 31,8 Mo d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n]

As-tu essayé d'installer les paquets suggérés?
(gnome-mime-data gcu-bin gcrystal)

Sinon je vois pas trop.. c'est un logiciel prévu pour tourner sous Gnome 2, peut-être y-a-t-il conflit avec ton bureau (unity?)

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 09:13

je suis sous unity oui
les paquets suggérés sont bien installés, mais je vais essayer de refaire l'installation des dépendances qu'il te demande à toi, ça vient peut-être de là...

Gaara · Le 26/08/2014, à 09:13

la commande pour supprimer un paquet et ses fichiers de configuration est bien :

sudo apt-get remove --purge [paquet]    # pour supprimer un paquet et les fichiers de configuration[paquets]
sudo apt-get autoremove                  # pour supprimer les paquets orphelins

Gaara · Le 26/08/2014, à 09:15

je vais essayer de refaire l'installation des dépendances qu'il te demande à toi

Attention, je suis sous Kubuntu 14.04.1, il y a peut-être des paquets qui mettront le bazar si tu fais ça.

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 09:24

Gaara a écrit :

Attention, je suis sous Kubuntu 14.04.1, il y a peut-être des paquets qui mettront le bazar si tu fais ça.

J'en doute, pour la plupart ce sont des paquets que j'ai déjà d'installés, mais bodr ne me dit rien

sinon je viens de tester sous gnome(3 jecrois) et sur une session gnome flashback tournant avec compiz, j'ai pas de meilleurs résultats
À ton avis je peux tenter avec xfce ou lxde? ou encore kde(mais il est volumineux et c'est la merde à désinstaller...)?

Gaara · Le 26/08/2014, à 09:27

Essaye avec gnome-fallback
Mais tu disais aussi qu'en mode live, il n'y avait pas de soucis, c'était un live avec unity?

Edit: bodr selon synaptic: Référentiel commun de faits chimiques et physiques qui visent à accroître
l'interopérabilité entre les programmes de chimie.
Donc c'est sans danger pour ton système

Dernière modification par Gaara (Le 26/08/2014, à 09:36)

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 09:34

Maintenant que tu le dis... c'est vrai que j'ai tenté en live avec LinuxMint16...et il était sous Cinnamon
j'ai tenté en machine virtuelle avec Voyager 12.04 aussi, mais je viens de me rendre compte que c'est pas très utile^^
je tente avec gnome-fallback de suite

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 09:53

J'ai voulu tenter avec Fallback, qui est devenu flashback maintenant... ça a pas marché non plus
Et ma tentative pour réinstaller le tout à partir de bodr, ça marche toujours pas plus...
j'ai envoyé un mail aux dev's dans la nuit, mais je pense avoir le temps de tuer un âne à grands coups de figues molles avant d'avoir une réponse^^

Gaara · Le 26/08/2014, à 10:07

lol
ouais car là je n'ai plus trop d'idée, mais déjà si l'adresse mail existe encore il y a des chances que tu obtienne une réponse.
wait and see !
Sinon passage vers LinuxMint16 en dual boot ? Mais bon c'est extrême un peu.

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 10:14

je suis déjà en dual boot avec windows7... eh oui j'aime bien jouer de temps en temps
vais tenter en mettant xfce pour voir
parce qu'en plus il faudrait surtout pas que je réinstalle, je perdrais Gaussian et toute ma config LaTeX/LyX, ce qui est absolument hors de question

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 10:33

C'est franchement pas possible...
j'imagine que c'est le soft qui merde si,même dans un autre environnement graphique, le logiciel fait pareil, non?

Gaara · Le 26/08/2014, à 10:42

Ben je sais pas, ça peut venir de tellement de choses..
J'ai eu un 'core dump' quand j'ai essayé. Et ça, c'est comme un kernel panic... un gros bug. (enfin c'est comme ça que je l'interprète, je ne suis pas spécialiste)

Ou alors, c'est les erreurs du type "Unknown media type in type 'chemical/x-msi-mdf'" qui font bloquer le truc.
Jette un coup d'oeil ici:
http://askubuntu.com/questions/39852/ho … media-type

Gaara · Le 26/08/2014, à 10:54

Dans le logiciel, aide -> poser une question, tu as une adresse mail:
gchemutils-main@nongnu.org

Peut-être elle est à jour...

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 13:41

t'as eu un core dump quand t'as essayé quoi?
c'est cette adresse là que j'ai utilisé: le mail du support m'a envoyé un truc comme quoi j'étais pas autorisé à me servir de ce mail et qu'il était automatiquement rejeté. du coup je leur ai envoyé sur cette adresse.

Gaara · Le 26/08/2014, à 14:41

Je sais plus, j'ai voulu dessiner une molécule d'eau (mais j'ai pas réussi..) bref, j'ai essayé le logiciel, et il s'est fermé subitement.
Et tu as regardé cette page ?

solidsteak02 · Le 26/08/2014, à 15:35

c'est malheureusement pas sur la molécule d'eau que ça merde chez moi (enfin je sais pas comment tu t'y es pris). mais comme tu peux le remarquer, la bète est capricieuse
J'avais déjà vu cette page oui... mais mon bug n'est pas reporté, et surtout, il me semblerait que l'auteur ait abandonné le soft... aucun bug ne semble être corrigé 0_0

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