[résolu] erreurs apt-get update et installation packages R

newbie07 · Le 21/11/2020, à 23:04

Bonjour,

À la base je voulais juste réinstaller R et rstudio que j'ai désinstallé juste avant.
Donc il fallait commencer par faire :

sudo apt-get update

ça me renvoyait des erreurs sur <miroir.cran> et puis en lisant des tutos j'ai essayé de corriger ça mais j'ai fait pire que mieux, j'ai pleins d'erreurs maintenant :'(

Err :1 https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu> focal InRelease
  Ne parvient pas à résoudre « <miroir.cran> »
Atteint :2 http://archive.canonical.com/ubuntu xenial InRelease 
Atteint :3 http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial InRelease 
Atteint :4 http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-security InRelease
Atteint :5 http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-updates InRelease
Atteint :6 http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports InRelease
Ign :7 https://stat.ethz.ch/bin/linux/ubuntu focal InRelease
Ign :8 https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/ InRelease
Err :9 https://stat.ethz.ch/bin/linux/ubuntu focal Release
  404  Not Found [IP : ***.***.***.*** ***]
Réception de :10 https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3626 B]
Err :11 https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/ Release
  404  Not Found [IP : ***.***.***.*** ***]
Err :10 https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
  Les signatures suivantes n'ont pas pu être vérifiées car la clé publique n'est pas disponible : NO_PUBKEY 51716619E084DAB9
Lecture des listes de paquets... Fait
E: Le dépôt https://stat.ethz.ch/bin/linux/ubuntu focal Release n'a pas de fichier Release.
N: Les mises à jour depuis un tel dépôt ne peuvent s'effectuer de manière sécurisée, et sont donc désactivées par défaut.
N: Voir les pages de manuel d'apt-secure(8) pour la création des dépôts et les détails de configuration d'un utilisateur.
E: Le dépôt https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/ Release n'a pas de fichier Release.
N: Les mises à jour depuis un tel dépôt ne peuvent s'effectuer de manière sécurisée, et sont donc désactivées par défaut.
N: Voir les pages de manuel d'apt-secure(8) pour la création des dépôts et les détails de configuration d'un utilisateur.
W: Erreur de GPG : https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease : Les signatures suivantes n'ont pas pu être vérifiées car la clé publique n'est pas disponible : NO_PUBKEY 51716619E084DAB9
E: Le dépôt https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease n'est pas signé.
N: Les mises à jour depuis un tel dépôt ne peuvent s'effectuer de manière sécurisée, et sont donc désactivées par défaut.
N: Voir les pages de manuel d'apt-secure(8) pour la création des dépôts et les détails de configuration d'un utilisateur.

Et bien sûr si j'essaye d'installer R ça ne marche pas non plus

sudo apt -y install r-base

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.2.3-4) mais ne sera pas installé
          Dépend: r-recommended (= 3.2.3-4) mais ne sera pas installé
          Recommande: r-base-html mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Est-ce que quelqu'un peut m'aider à arranger ça svp ?

PS: vous l'aurez sûrement compris je débute sur ubuntu ^^

Dernière modification par newbie07 (Le 23/11/2020, à 13:22)

xubu1957 · Le 21/11/2020, à 23:08

Bonjour,

Vu les mélanges de xenial, bionic, zesty et focal, montre le sources.list :

find /etc/apt -name '*.list' -exec bash -c 'echo -e "\n$1\n"; nl -ba "$1"' _ '{}' \;

cqfd93 a écrit :

Astuce pour copier / coller sans erreur :
triple clic gauche pour sélectionner et copier une ligne entière
clic molette pour coller dans le terminal

newbie07 · Le 21/11/2020, à 23:31

Merci pour l'astuce.
Voilà ce que ça donne :

/etc/apt/sources.list

     1	#------------------------------------------------------------------------------#
     2	#                            OFFICIAL UBUNTU REPOS                             #
     3	#------------------------------------------------------------------------------#
     4	
     5	
     6	###### Ubuntu Main Repos
     7	deb http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main restricted universe multiverse
     8	
     9	###### Ubuntu Update Repos
    10	deb http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-security main restricted universe multiverse
    11	deb http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates main restricted universe multiverse
    12	deb http://be.archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe multiverse
    13	
    14	###### Ubuntu Partner Repo
    15	deb http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner
    16	
    17	deb https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu>/ focal main
    18	# deb-src https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu>/ focal main
    19	deb https://stat.ethz.ch/bin/linux/ubuntu focal xenial/ InRelease
    20	# deb-src https://stat.ethz.ch/bin/linux/ubuntu focal xenial/ InRelease
    21	deb https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
    22	# deb-src https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
    23	deb https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/
    24	# deb-src https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/

xubu1957 · Le 21/11/2020, à 23:41

Il faut attendre le passage d'un expert, je ne sais pas arranger cette salade !

alv37 · Le 22/11/2020, à 02:31

Avant de faire le ménage faudrait savoir quelle version d'UBuntu est utilisé, ça serait bête de supprimer les mauvais dépôts
Donne nous le retour de

lsb_release -a

Coeur Noir · Le 22/11/2020, à 02:51

↑ oui

Par contre ce sources.list n'est pas celui d'origine.

Tu l'auras sans doute compris ce fichier contient les « adresses » des dépôts utilisés par ton Ubuntu, pour installer logiciels et mises à jour.

Si ton Ubuntu est xenial ( 16.04 ) alors les 15-16 premières lignes sont correctes.

La présence de dépôts pour d'autres versions d'Ubuntu est pour le moins curieuse ( zesty, bionic, focal ) et franchement déconseillée.

Sauf s'il s'agit de miroirs « locaux » ( dans le sens : réseau d'université ou d'entreprise ) et où les paquets proposés via ces dépôts seraient soigneusement triés et testés pour assurer une compatibilité avec 16.04 ???

Dernière modification par Coeur Noir (Le 22/11/2020, à 20:15)

newbie07 · Le 22/11/2020, à 13:43

J'ai la version 20.04

No LSB modules are available.
Distributor ID:	Ubuntu
Description:	Ubuntu 20.04.1 LTS
Release:	20.04
Codename:	focal

Je crois que mon erreur vient du fait que j'avais tapé des commandes sans comprendre... ^^'
notamment celles-ci :

sudo add-apt-repository "https://stat.ethz.ch/bin/linux/ubuntu xenial/ InRelease"

sudo add-apt-repository "deb [url]https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu[/url] bionic-cran35/"

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/

mais je ne sais pas comment revenir en arrière et faire le ménage

Dernière modification par newbie07 (Le 22/11/2020, à 13:46)

alv37 · Le 22/11/2020, à 15:58

newbie07 a écrit :

Je crois que mon erreur vient du fait que j'avais tapé des commandes sans comprendre... ^^'

L'erreur basique quand on débute, en général ça sert de leçon^^

On va éditer le fichier sources.list, pour ça ouvre le terminal et tape la commande suivante:

sudo nano /etc/apt/sources.list

Ensuite tu va supprimer les lignes 17 à 24. Pour supprimer une ligne, tu place ton curseur sur la ligne désirer et tu fait CTRL+k, tu refait la manipulation sur chacune des lignes à supprimer.
Ensuite on va remplacer les dépots xenial par ceux de focal, pour éviter de tous les modifier à la main on va utiliser l'option remplacer de nano, pour le faire ALT+R, ensuite on tape "xenial" (sans les guillemets) puis appuie sur entrée et ensuite on tape "focal" (sans les guillemets) et on appuie sur entrée. Il nous demande l’occurrence et on luis dis Tous, en appuyant sur la touche T et voilà les dépots sont maintenant sous focal, reste plus qu'a sauvegarder en faisant CRT+X puis lorsque il demande si on veut sauvegarder les modifications on lui dis oui, en appuyant sut O.

A ce moment là tu devrait pouvoir faire un apt update sans aucune erreur.

Coeur Noir · Le 22/11/2020, à 17:51

Pas mieux que alv37
J'aurais proposé la même chose mais via

gedit admin:///etc/apt/sources.list

qui ouvre l'éditeur de texte gedit, en mode supers pouvoirs, en demandant le mot de passe au⋅x moment⋅s opportun⋅s ( pour afficher ou enregistrer le fichier ).

newbie07 · Le 22/11/2020, à 19:06

Super clair, merci !
Du coup je n''ai pas eu d'erreurs ça a l'air bon.

Est-ce que je peux encore vous demander de l'aide ?
J'ai ré-installé R (sudo apt-get install r-base).
Je veux installer des packages, voici mon premier problème :

> install.packages("pgirmess")
Installation du package dans ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
Warning in install.packages("pgirmess") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' ne peut être ouvert en écriture
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) cancel

Qu'est-ce que je dois faire ? Est-ce possible d'éviter qu'il me dise ça à chaque fois ?
C'est peut-être encore dû à une mauvaise bidouille de ma part avant de le désinstaller hier (je pensais que désinstaller/réinstaller aurait résolu le problème )

xubu1957 · Le 22/11/2020, à 19:15

Bonjour,

Si tu vois une idée > community.rstudio.com/t/unfindable-pgirmess/87303

newbie07 · Le 23/11/2020, à 13:21

Bon...j'ai mis 2x yes ça a défini automatiquement la localisation de la library

après j'avais toujours un problème :

Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

résolu en faisant ça :

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

Ensuite ça :

Configuration failed because libudunits2.so was not found. Try installing:
    * deb: libudunits2-dev (Debian, Ubuntu, ...)
    * rpm: udunits2-devel (Fedora, EPEL, ...)
    * brew: udunits (OSX)
  If udunits2 is already installed in a non-standard location, use:
    --configure-args='--with-udunits2-lib=/usr/local/lib'
  if the library was not found, and/or:
    --configure-args='--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2'
  if the header was not found, replacing paths with appropriate values.
  You can alternatively set UDUNITS2_INCLUDE and UDUNITS2_LIBS manually.

résolu par:

sudo apt install libudunits2-dev

Ensuite j'ai eu :

ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
ERROR: configuration failed for package ‘rgeos’

j'ai fait :

sudo apt-get install libgdal-dev libproj-dev

et dans R:

install.packages("rgdal")

install.packages("rgeos")

avant de pouvoir enfin faire dans R:

install.packages("pgirmess")

Donc je n'ai plus de souci pour le moment, je passe le topic en "[résolu]".

Merci pour votre aide.

Coeur Noir · Le 23/11/2020, à 16:35

Cool.

Et très très bien d'avoir posté la démarche détaillée pour t'en sortir !

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