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Pages : 1

#1 Le 05/01/2021, à 15:02

bouftonmouth

Installation de R 4.0.3

Bonjour, j'essaie vainement de mettre à jour R sous mon ubuntu (upgrade une version d'un logiciel n'a jamais été une aussi grosse torture).
Je suis arrivé à un stage où j'ai carrément remove r-base-core pour pouvoir refaire le apt install r-base. Mais celà ne marche plus. Je suis donc passé par un sudo apt install r-base r-base-core r-recommended r-base-dev. Ce à quoi j'ai le droit à : 

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base-core : Dépend: libc6 (>= 2.29) mais 2.27-3ubuntu1.4 devra être installé
               Dépend: libicu66 (>= 66.1-1~) mais il n'est pas installable
               Dépend: libreadline8 (>= 6.0) mais il n'est pas installable
 r-recommended : Dépend: r-cran-cluster (>= 1.9.6-2) mais ne sera pas installé
                 Dépend: r-cran-kernsmooth (>= 2.2.14) mais ne sera pas installé
                 Dépend: r-cran-mgcv (>= 1.1.5) mais ne sera pas installé
                 Dépend: r-cran-nlme (>= 3.1.52) mais ne sera pas installé
                 Dépend: r-cran-rpart (>= 3.1.20) mais ne sera pas installé
                 Dépend: r-cran-survival (>= 2.13.2-1) mais ne sera pas installé
                 Dépend: r-cran-matrix mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Après quelque recherche j'ai constaté que j'ai suffisamment de mémoire pleur installer ces packages donc je pense que le problème vient de mon source.listes, mais alors où ? aucune stricte idée.
J'ai essayé d'installer toute les dépendance à la main, mais comme le source.listes n'est pas bon, bas ça marche pas x).

Le sources.list:

# deb cdrom:[Ubuntu 18.04.2 LTS _Bionic Beaver_ - Release amd64 (20190210)]/ bionic main restricted

# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
# newer versions of the distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted

## Major bug fix updates produced after the final release of the
## distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
## review or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
## your rights to use the software. Also, please note that software in 
## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
## security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse

## N.B. software from this repository may not have been tested as
## extensively as that contained in the main release, although it includes
## newer versions of some applications which may provide useful features.
## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
## or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse

## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
## 'partner' repository.
## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
## respective vendors as a service to Ubuntu users.
# deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner

deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu eoan-cran35/
# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu ubuntu/
# deb http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u3.5/ubuntu bionic main
deb http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
# deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/

Si quelqu'un me trouve la solution je lui en serai éternellement reconnaissant xD.

Hors ligne

#2 Le 05/01/2021, à 15:10

xubu1957

Re : Installation de R 4.0.3

Bonjour, 

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu eoan-cran35/
deb http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/

Sur une 20.04 18.04 bionic

Dernière modification par xubu1957 (Le 05/01/2021, à 15:21)

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Important : Pensez à passer vos sujets en [Réso|u] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

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#3 Le 05/01/2021, à 15:15

bouftonmouth

Re : Installation de R 4.0.3

Excuse moi xubu1957, mais je n'ai pas compris ce que tu voulais me dire ? Tu veux que je réinstalle ubuntu ?
Que font ces 3 url ?

Hors ligne

#4 Le 05/01/2021, à 15:20

xubu1957

Re : Installation de R 4.0.3

Tu as des paquets en 16.04 xenial, 19.10 eoan et 20.04 focal sur une version 18.04.

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#5 Le 05/01/2021, à 15:23

bouftonmouth

Re : Installation de R 4.0.3

Pourtant j'ai tenter de réinstaller la version 20.04 x).
Je dois faire quoi du coup ?

Hors ligne

#6 Le 05/01/2021, à 15:24

xubu1957

Re : Installation de R 4.0.3

Je vais signaler ta discussion aux experts. Je ne sais pas corriger la liste des sources.

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#7 Le 05/01/2021, à 15:26

bouftonmouth

Re : Installation de R 4.0.3

Merci smile

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#8 Le 05/01/2021, à 15:28

xubu1957

Re : Installation de R 4.0.3

Fournis une liste numérotée :

find /etc/apt -name '*.list' -exec bash -c 'echo -e "\n$1\n"; nl -ba "$1"' _ '{}' \;

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#9 Le 05/01/2021, à 15:35

bouftonmouth

Re : Installation de R 4.0.3

1	# deb cdrom:[Ubuntu 18.04.2 LTS _Bionic Beaver_ - Release amd64 (20190210)]/ bionic main restricted
     2	
     3	# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
     4	# newer versions of the distribution.
     5	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
     6	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
     7	
     8	## Major bug fix updates produced after the final release of the
     9	## distribution.
    10	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
    11	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
    12	
    13	## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
    14	## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
    15	## review or updates from the Ubuntu security team.
    16	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
    17	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
    18	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
    19	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
    20	
    21	## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
    22	## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
    23	## your rights to use the software. Also, please note that software in 
    24	## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
    25	## security team.
    26	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
    27	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
    28	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
    29	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
    30	
    31	## N.B. software from this repository may not have been tested as
    32	## extensively as that contained in the main release, although it includes
    33	## newer versions of some applications which may provide useful features.
    34	## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
    35	## or updates from the Ubuntu security team.
    36	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
    37	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
    38	
    39	## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
    40	## 'partner' repository.
    41	## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
    42	## respective vendors as a service to Ubuntu users.
    43	# deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
    44	# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
    45	
    46	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
    47	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
    48	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
    49	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
    50	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
    51	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
    52	deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu eoan-cran35/
    53	# deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu ubuntu/
    54	# deb http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u3.5/ubuntu bionic main
    55	deb http://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/
    56	deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
    57	# deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/

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#10 Le 05/01/2021, à 16:22

alv37

Re : Installation de R 4.0.3

slt, faut que tu supprime les lignes 52, 53, 55, 56 et 57.

Pour le faire édite ton fichier sources.list via la commande suivante:

gksudo gedit /etc/apt/sources.list

Ensuite cherche les lignes précisé au-dessus et tu les supprime, une fois fini enregistre les modifications.

PC #1: (Custom): VoidLinux | DE: Cinnamon | MB: MS-7823 (MSI B85M-G43) | CPU: Intel i7 4790k | RAM: 8 Go | GPU: Nvidia Geforce GTX 970
PC #2: (Custom): Linux Mint 22.1 | DE: Cinnamon | MB: Gigabyte GA-G31M-ES2L v2 | CPU: Intel Pentium D 915 | RAM: 4 Go | GPU: Intel 82G33/G31 Express Integrated Graphics

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#11 Le 05/01/2021, à 16:24

nany

Re : Installation de R 4.0.3

Bonjour,


Donne les retours de :

sudo sed -i '52,$d' /etc/apt/sources.list && cat -n /etc/apt/sources.list
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'
dpkg -l r-*

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/fY9NbB8yqFA
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

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#12 Le 05/01/2021, à 17:21

bouftonmouth

Re : Installation de R 4.0.3

retour de :

sudo sed -i '52,$d' /etc/apt/sources.list && cat -n /etc/apt/sources.list
1	# deb cdrom:[Ubuntu 18.04.2 LTS _Bionic Beaver_ - Release amd64 (20190210)]/ bionic main restricted
     2	
     3	# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
     4	# newer versions of the distribution.
     5	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
     6	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
     7	
     8	## Major bug fix updates produced after the final release of the
     9	## distribution.
    10	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
    11	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
    12	
    13	## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
    14	## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
    15	## review or updates from the Ubuntu security team.
    16	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
    17	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
    18	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
    19	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
    20	
    21	## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
    22	## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
    23	## your rights to use the software. Also, please note that software in 
    24	## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
    25	## security team.
    26	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
    27	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
    28	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
    29	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
    30	
    31	## N.B. software from this repository may not have been tested as
    32	## extensively as that contained in the main release, although it includes
    33	## newer versions of some applications which may provide useful features.
    34	## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
    35	## or updates from the Ubuntu security team.
    36	deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
    37	# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
    38	
    39	## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
    40	## 'partner' repository.
    41	## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
    42	## respective vendors as a service to Ubuntu users.
    43	# deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
    44	# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
    45	
    46	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
    47	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
    48	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
    49	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
    50	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
    51	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse

retour de :

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'
Atteint :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease                
Réception de :2 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease [88,7 kB]
Réception de :3 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/ InRelease [3626 B]
Réception de :4 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates InRelease [88,7 kB]
Réception de :5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/ Packages [37,4 kB]
Réception de :6 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease [74,6 kB]
Réception de :7 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 Packages [1813 kB]
Réception de :8 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/main i386 Packages [879 kB]
Réception de :9 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/main amd64 Packages [1477 kB]
Réception de :10 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/main Translation-en [287 kB]     
Réception de :11 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main i386 Packages [1180 kB]   
Réception de :12 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/main amd64 DEP-11 Metadata [48,9 kB]
Réception de :13 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/universe amd64 Packages [1097 kB]
Réception de :14 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/main amd64 DEP-11 Metadata [295 kB]
Réception de :15 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/restricted amd64 Packages [214 kB]
Réception de :16 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/restricted i386 Packages [17,4 kB]
Réception de :17 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/universe amd64 DEP-11 Metadata [288 kB]
Réception de :18 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/universe i386 Packages [969 kB]  
Réception de :19 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/multiverse i386 Packages [14,4 kB]
Réception de :20 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/multiverse amd64 Packages [35,8 kB]
Réception de :21 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/multiverse amd64 DEP-11 Metadata [2464 B]
Réception de :22 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports/universe amd64 DEP-11 Metadata [9288 B]
Réception de :23 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/universe Translation-en [245 kB] 
Réception de :24 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/universe amd64 DEP-11 Metadata [59,5 kB]
Réception de :25 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security/multiverse amd64 DEP-11 Metadata [2464 B]
9228 ko réceptionnés en 40s (232 ko/s)                                                             
Lecture des listes de paquets... Fait

retour de:

dpkg -l r-*
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom                 Version        Architecture   Description
+++-===================-==============-==============-===========================================
un  r-api-3.4           <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-base              <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
rc  r-base-core         3.4.4-1ubuntu1 amd64          GNU R core of statistical computation and g
un  r-base-dev          <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-base-html         <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-base-latex        <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-cran-rcompgen     <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-doc-html          <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-doc-info          <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-doc-pdf           <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-gnome             <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-mathlib           <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)
un  r-recommended       <aucune>       <aucune>       (aucune description n'est disponible)

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#13 Le 05/01/2021, à 17:31

bouftonmouth

Re : Installation de R 4.0.3

alv37 j'ai reregardé mon sources.list et les lignes que tu m'as indiquée ne sont plus présente (j'ai rien touché ^^'). Et l'installation de R marche là.
Je n'ai aucune idée de ce qui y a marché.
Je clos le sujet, merci pour votre temps !

Dernière modification par bouftonmouth (Le 05/01/2021, à 17:32)

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#14 Le 05/01/2021, à 19:56

xubu1957

Re : Installation de R 4.0.3

bouftonmouth a écrit :

alv37 j'ai reregardé mon sources.list et les lignes que tu m'as indiquée ne sont plus présente (j'ai rien touché ^^').

Tu as passé :

sudo sed -i '52,$d' /etc/apt/sources.list && cat -n /etc/apt/sources.list

Et tu devrais regarder man1/sed

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