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#1 Le 11/01/2011, à 16:37

philmail

installation de jmol

bonjour, je suis des études de chimie. je ne parviens pas à voir des molécules sur des documents. il me manque le plug de chime. ce n'est pas un logiciel libre. j'ai cherché une alternative au travers de Jmol. j'ai téléchargé Jmol-12.1.16-full.tar.gz sur le site de Jmol. Je ne parviens pas à l'installer et j'avoue ne pas comprendre les actions à réaliser. merçi pour vos réponses

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#2 Le 11/01/2011, à 18:15

kamui57

Re : installation de jmol


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#3 Le 11/01/2011, à 19:54

philmail

Re : installation de jmol

merci pour cette réponse. Je vais peut être passer pour un idiot mais je croyais que debian n'était pas compatible avec ubuntu. je dois avouer que je ne suis pas vraiment un féru en informatique. Je vais essayer cette piste et voir si ça marche
philippe

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#4 Le 11/01/2011, à 20:02

kamui57

Re : installation de jmol

ubuntu est une distribution dérivée de debian.

Distributions basées sur Debian


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#5 Le 11/01/2011, à 20:24

philmail

Re : installation de jmol

comme je disais, je ne suis pas une flèche en informatique. je vais essayer ça demain et dire si ça marche
bonne soirée

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#6 Le 12/01/2011, à 11:23

philmail

Re : installation de jmol

Bonjour, j'ai suivi le lien que tu m'as indiqué :   http://wiki.jmol.org/index.php/Debian mais je n'ai pas trouvé de paquet Jmol. Il y un truc qui se nomme bluefish mais je n'ai pas l'impression que c'est ce que je cherche. Si tu as le temps, est ce que tu peux m'expliquer ou je peux trouver le paquet que je désire. merci

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#7 Le 15/01/2011, à 17:16

kamui57

Re : installation de jmol

effectivement je ne l'ai pas trouvé dans ce dépôt, je pense qu'il a été supprimé car trop obsolète. Du coup je télécharge le fichier (celui que j'ai trouvé est Jmol-12.0.27-binary.zip, sur sourceforge). Je suis cette page : http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_App … pplication :

  1. j'ouvre le fichier .zip avec un extracteur d'archives, et je décompresse le fichier JMol.jar

  2. dans un terminal, je le lance avec la commande

    java -jar chemin/vers/JMol.jar
  3. je bidouille avec le logiciel sans savoir ce que je fais pour confirmer que ça marche tongue

  4. pour créer un lanceur, c'est simple :

    • clic droit sur le bureau -> créer un lanceur (si t'utilises gnome) avec : Nom : JMol ; commande : la même que précédemment ; Commentaire : logicielDontJaiBesoinMaisPasDansLesDepôts ; tu changes l'icône du lanceur en cliquant dessus si tu veux

    • ou faire la même chose dans le menu en cliquant droit sur le menu -> éditer le menu, puis dans le menu Éducation je suppose, créer un nouvel élément...

  5. pis faudrait faire une page de doc parce que ya pas JMol dans la doc

[HS]Je viens de réussir ma 1ère liste dans un post ! \o/ [/HS]

edit : je commence une page de doc, mais n'étant pas sous ubuntu actuellement, je ne sais pas pour quelles versions d'ubuntu la procédure marche ou non.

j'ai crée une page de doc : jmol

Dernière modification par kamui57 (Le 15/01/2011, à 23:07)


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#8 Le 16/01/2011, à 12:56

philmail

Re : installation de jmol

bonjour, je te remercie pour ton aide. Je viens de tenter ce que tu me propose. j'ai téléchargé Jmol-12.0.27-binary.zip puis décompressé le fichier Jmol.jar sur mon bureau. Apres j'ai entré la commande :  ~$ java -jar home/phil/jmol.jar j'ai comme réponse : Unable to access jarfile home/phil/bureau/jmol.jar J'ai du faire une erreur quelque part?

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#9 Le 16/01/2011, à 13:18

kamui57

Re : installation de jmol

essaie

java -jar /home/phil/jmol.jar

(avec le / devant home)


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#10 Le 16/01/2011, à 13:55

philmail

Re : installation de jmol

j'ai déjà essayer et j'ai le même message d'erreur ...Unable to access jarfile /home/phil/jmol.jar
J'ai envoyé un message au site Jmol, je vais peut être obtenir une solution
c'est bizarre que Ça marche pour toi

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#11 Le 16/01/2011, à 14:04

Tamarou

Re : installation de jmol

puis décompressé le fichier Jmol.jar sur mon bureau

Si le fichier est sur ton bureau, alors :
java -jar /home/phil/Bureau/jmol.jar


Utilisateur d'Archlinux/Xfce et Xubuntu 14.04

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#12 Le 16/01/2011, à 14:05

kamui57

Re : installation de jmol

oups jme suis trompée dans la casse... essaie

java -jar /home/phil/Bureau/Jmol.jar

avec Jmol et pas jmol

chez moi le fichier s'appelle Jmol.jar
sinon pour trouver le chemin exact tu peux faire

locate -i jmol.jar

ou

find  -iname "jmol.jar"

ça cherche les fichiers s'appelant jmol.jar en ne différenciant pas les majuscules des minuscules

Dernière modification par kamui57 (Le 16/01/2011, à 14:09)


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#13 Le 16/01/2011, à 17:00

philmail

Re : installation de jmol

Preuve qu'il ne suffit pas de grand chose, avec le J majuscule, Ça fonctionne.
sinon, Jmol m'a envoyé la solution suivante qui marche aussi :
$ sudo aptitude install openjdk-6-jre wget unzip

$ cd /tmp
$ wget http://downloads.sourceforge.net/projec … binary.zip
$ unzip Jmol-12.0.27-binary.zip

$ cd jmol-12.0.27/
$ java -jar Jmol.jar
Me voilà en mesure de visionner mes molécules en Jmol.
Je ne voudrais pas abuser de ton temps, mais j'ai également un autre problème. je pensais pouvoir lire les molécules éditer avec le logiciel Chime grâce à Jmol (c'est ce que j'avais lu..) mais ce n'est pas le cas. Des publications utilisent Jmol, d'autres Chime. Alors j'ai téléchargé un fichier DS30Client.tgz chez Accelrys. Lorsque je l'ouvre, je me retrouve avec le fichier DS30Client.bin. Que dois-je en faire ? Merci pour ton aide et désolé pour mon inaptitude à l'informatique

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#14 Le 16/01/2011, à 17:31

kamui57

Re : installation de jmol

J'ai cherché "chime linux" dans google et je suis tombée sur ce pdf
http://gwenaelm.free.fr/gestclasse/docu … _Chime.pdf

qui propose rasmol (site web) comme alternative pour linux. À tester donc.


Concernant DStruc : tu peux me mettre le lien vers le site du programme ? Ya peut être des instructions...

J'ai trouvé un truc, je sais pas si c'est celui-là il a l'air plus lourd que Jmol... http://accelrys.com/products/discovery- … s-300.html
Pas de support pour Debian (m'enfin avec un .bin ça devrait aller si ya les dépendances), j'ai peur que ma carte graphique ne soit trop vieille (nvidia geforce fx, pc vieux de 5 ans)

ça a l'air usine à gaz...

Additional Software Requirements
BLAST and profile databases

The BLAST Search (DS server) and PSI-BLAST Search protocols require a separately installed BLAST database. Scan Sequence Profiles requires a separately installed profile database. For details, see Installing databases for BLAST Search (DS server) and PSI-BLAST Search and Installing and configuring a profile database.
GNOME Desktop (Linux)

The Discovery Studio Client is optimized for the GNOME Desktop. We recommend that you install and configure this software, which is available on your Linux distribution media. Note that KDE Desktop is also supported.
System Libraries (Linux)

Certain system libraries may be required for the correct operation of Discovery Studio.To automatically detect which libraries may be required for your system, run the check_system.sh script, available on the Discovery Studio distribution. For details, see Required System Libraries.

Dernière modification par kamui57 (Le 16/01/2011, à 17:56)


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