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biospip

[Solutionné] Problème d'encodage de fichiers (Base64)

Sur certains fichiers de dessin de molécules, j'ai un problème pour les lire depuis les logiciels.

Ainsi, le fichier du glucose : http://www.librairiedemolecules.educati … lucose.pdb ne s'ouvre pas dans MarvinSketch par exemple et donne :

Cannot create record reader for Base64 Encoded File

Par contre, le fichier du saccharose s'ouvre bien lui : http://www.librairiedemolecules.educati … harose.pdb

Alors si l'un d'entre vous sait comment je peux modifier le premier fichier pour qu'il soit correctement interprété par les logiciels de dessin 2D de molécules, je suis évidemment preneur.

Cordialement,

Dernière modification par biospip (Le 05/02/2023, à 15:39)

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Nuliel

Re : [Solutionné] Problème d'encodage de fichiers (Base64)

Bonjour,
Je précise que je n'y connais rien là-dedans, par contre je peux te dire qu'il y a pas de base64 dans aucun des deux fichiers. Les deux fichiers ont des encodages différents

nuliel@nuliel-Latitude-E7270:~/Téléchargements$ file glucose.pdb 
glucose.pdb: ASCII text
nuliel@nuliel-Latitude-E7270:~/Téléchargements$ file saccharose.pdb 
saccharose.pdb: ISO-8859 text

Donc peut-être un problème d'encodage.
Mais en regardant le contenu, on voit que c'est pas non plus la même structure (l'un a une partie CONNECT, l'autre a plus de colonnes, ...). Et vu https://www.wwpdb.org/documentation/fil … .html#ATOM , je pense que ton premier fichier ne respecte pas le standard, ce qui entraîne des erreurs bizarres.
Tu as une idée du logiciel utilisé pour sortir le premier fichier? Peut-être qu'il y a un autre standard pour les molécules?

Dernière modification par Nuliel (Le 05/02/2023, à 11:38)

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biospip

Re : [Solutionné] Problème d'encodage de fichiers (Base64)

Merci pour ta recherche. C'est bien ce qui me semblait. Ce qui est étrange, c'est que les visualiseurs en ligne acceptent tous le premier fichier. Par contre, aucun des logiciels installables ne l'accepte. En fait, cela doit être un autre format de fichier de molécule avec la mauvaise extension.
Je ne vais pas chercher davantage et je vais carrément refaire la molécule à la main. Vu la taille ça va être rapide. J'espère seulement que je ne vais pas en avoir trop avec des erreurs comme le premier fichier.
Encore merci

Dernière modification par biospip (Le 05/02/2023, à 15:39)

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Nuliel

Re : [Solutionné] Problème d'encodage de fichiers (Base64)

Si tu as trop de fichiers comme le premier, je peux continuer de creuser le sujet.

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biospip

Re : [Solutionné] Problème d'encodage de fichiers (Base64)

En fait c'était un problème qui me faisait hésiter dans le choix d'un bon logiciel pour éditer des molécules sous GNU/Linux : https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2077361

Je vais voir si j'en ai d'autres qui posent problème, sinon il y a toujours moyen d'aller chercher les modèles moléculaires sur wikidata (et là c'est supporté directement par MoleSketch qui est entièrement libre, dommage qu'il plante assez souvent chez moi.
Encore merci pour ton aide

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