Ubuntu-fr

parazitenew

Serveur bousillé après l'installation de git

Bonsoir,

J'ai un problème que j'aimerais vous soumettre.

Au travail, nous avons un serveur ubuntu 14, qui tournait très bien, il officie comme serveur proxy et serveur web pour des applications externes. Aujourd'hui, un nouveau recru, me convainc d'installer git sur le serveur pour faciliter le travail aux développeurs.
J'ai commencé par:

apt-get install git-all

il y a eu des warning au cours de l'installation, impossible de décompresser les packages. J'ai donc fait:

apt-get update
apt-get install git-all

Là, tout s'est bien passé. Seulement, tout d'un coup, tout les postes qui passent par le proxy, n'ont plus accès à internet.

En me connectant en root sur le serveur, je reçois:

Failed to open /var/lib/samba/private/secrets.tdb
tdbsam_open: Failed to open/create TDB passwd [/var/lib/samba/private/passdb.tdb]
tdbsam_getsampwnam: failed to open /var/lib/samba/private/passdb.tdb!
tdbsam_open: Failed to open/create TDB passwd [/var/lib/samba/private/passdb.tdb]
tdbsam_getsampwnam: failed to open /var/lib/samba/private/passdb.tdb!
tdbsam_open: Failed to open/create TDB passwd [/var/lib/samba/private/passdb.tdb]
tdbsam_new_rid: failed to open /var/lib/samba/private/passdb.tdb!
Failed to add entry for user root.

J'ai tenté de désinstaller git avec ces lignes:

apt-get uninstall git-all
apt-get remove git-all
apt-get remove git
apt-get purge git

aucune ne fonctionne, je reçois ceci:

root@bneder-host:~# apt-get remove git-all
W: Verrou non utilisé pour le fichier /var/lib/dpkg/lock en lecture seule
E: dpkg a été interrompu. Il est nécessaire d'utiliser « dpkg --configure -a » pour corriger le problème.

lorsque j'essaye d’accéder à un répertoire, je reçois ceci:

-su: cannot create temp file for here-document: Read-only file system

même message si j'essaye avec un compte utilisateur normal.

Avez vous une solution? Et surtout comment l'appliquer si je n'arrive pas à naviguer dans les répertoires?

Merci pour toute aide que vous pourriez m'apporter, là l'entreprise entière avec ces 60 postes n'a plus d'internet

LukePerp

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Bonjour,
Je ne suis pas calé pour les serveurs, mais je suppose qu'il faut taper sudo pour installer ou supprimer des applis. Peut etre qu'il te faut taper sudo devant tes lignes de suppression de git. Puis, fais un coup de nettoyage/réparation de paquets :

sudo apt-get update
sudo dpkg --configure -a
sudo apt-get install -fy
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get autoremove --purge -y

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parazitenew

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Merci pour ta réponse, toutes les commandes ont été lancés avec le compte root, par conséquent, sudo n'est pas nécessaire.

krodelabestiole

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

à noter à ce propos qu'il est généralement déconseillé d'utiliser le compte root directement sur ubuntu, mais de préférer sudo.

dans tous les cas je pense pas que ce soit le problème ici. l'erreur n'a aucun rapport non plus avec git, et il n'y a aucune raison que l'installation de git pose problème ici (mais git est suffisant dans la plupart des cas, pas besoin d'installer git-all).

là il y a un problème avec apt, et avec samba visiblement (et avec un proxy, d'après ce que tu dis).

donc commence par donner le retour complet de la commande qui t'es conseillée :

sudo dpkg --configure -a

Dernière modification par krodelabestiole (Le 26/11/2018, à 18:44)

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krodelabestiole

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

-su: cannot create temp file for here-document: Read-only file system

j'avais pas fait gaffe à ça. c'est clairement le problème principal.

tu as essayé de redémarrer ? il y a de l'espace disque libre ?

des pistes :
https://superuser.com/questions/909176/ … y-suddenly
https://askubuntu.com/questions/516111/ … ow-closing

Dernière modification par krodelabestiole (Le 26/11/2018, à 18:49)

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bruno

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Je n'ai pas regardé les liens donnés par krod mais lorsque un volume est remonté en lecture seule c'est que le disque à un problème.
Voir le retour de :

mount

Il faut redémarrer en mode de récupération (recovery) et lancer un fsck sur le volume qui a été remonté en lecture seule. Il faudrait aussi lancer smartctl sur le disque et peut être envisager de le changer.

krodelabestiole

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

dans le premier lien :

Alternatively, it can happen without a reboot if something breaks one of the kernel modules supporting the file-system journalling. Rebooting is a workaround in that case.

du coup un bête redémarrage, c'est la première chose que je tenterais.

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parazitenew

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Merci pour vos réponses. Le serveur est en local, je ne peux pas y accéder depuis chez moi. Alors j'arriverai tôt le matin demain et j'essaierai de;

1- redémarrer simplement,
2- Si (1) ne règle rien, je fais un "mount" pour voir si il y a une partition montée en lecture seule et laquelle,
3- Si je trouve une partition en lecture seule, je redémarre en recovery et je lance un "fsck" sur le volume en question,

Nous avons donc un plan, je l'appliquerai demain matin en arrivant et je vous ferai un retour. Merci.

parazitenew

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Bonjour,

Je vous raconte

J'ai redémarré le serveur depuis la source (machine physique), pendant le démarrage il y a eu un "fsck" de fait automatiquement avec les checks de démarrage. Le serveur m'a signalé un problème avec le montage du disque; d'appuyer sur "F" pour essayer de corriger, "I" pour ignorer ou "S" pour passer, j'ai appuyer sur "F", et j'ai attendu, il y a eu aussi un message comme quoi le /tmp n'a pas été trouvé.

Après, il a reboot automatiquement et TADA!!! tout est rentré dans l'ordre, plus d'erreurs lorsque je log avec un utilisateur lambda y compris "root", la tabulation refonctionne pour accéder aux répertoires.

C'est tout de même intriguant que ça s'est produit à la seconde où git a été installé. Certes la machine est ancienne, le disque est ancien aussi mais je trouve ça curieux.

Merci à vous tous

Dernière modification par parazitenew (Le 27/11/2018, à 07:28)

jlmas

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

hum hum, ça sent pas bon...

Personnellement, comme te l'ont signalé krodelabestiole et Bruno,  j'aurais tendance à regarder dans les logs (syslog) à faire un df -h pour voir l'espace disque restant, puis  lancer la commande smartctl sur tes disques (si tu n'a pas de raid matériel)

smartctl -Ha  /dev/sda

Voir la  documentation Ubuntu

Si tu as du raid matériel et plusieurs disques, la commande suivante devrait te donner l'état de tes disques

> /tmp/etatdisques ; for iii in $(seq 0 6) ; do echo "==== Disque N° "$iii" ====" >> /tmp/etatdisques ;smartctl -H -d megaraid,$iii /dev/sda >> /tmp/etatdisques ; done

cat /tmp/etatdisques 

Quelques explications
- C'est du copié-collé d'un serveur Debian donc je suis root, sur Ubuntu il faudra utiliser la commande sudo.
- seq 0 6 , cela veut dire que j'incrémente de 0 à 6, car j'ai 7 disques physique en tout sur ce serveur, il faut adapter en fonction du nombre de disques
- Ici je ne demande que l'état des disques (option -H), une sortie plus complète peut se faire en ajoutant l'option -a

Sur ce, je vais changer un disque

parazitenew

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Bonsoir,

Voilà ce que donne le df -h:

Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev            995M  4,0K  995M   1% /dev
tmpfs           201M   19M  183M  10% /run
/dev/sda1        73G   13G   57G  18% /
none            4,0K     0  4,0K   0% /sys/fs/cgroup
none            5,0M     0  5,0M   0% /run/lock
none           1004M     0 1004M   0% /run/shm
none            100M     0  100M   0% /run/user

Est ce que SMART peut faire stopper le serveur pendant qu'il check le disque? Je dois prévoir toute suspension des services aux utilisateurs.

melixgaro

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

salut,

Si le disque a quelques secteurs défectueux, c'est possible que lors de l'installation de git, ces secteurs ont fait l'objet d'une tentative d'écriture ou lecture, mettant la panique dans ton système. Le rapport SMART détaillé (avec l'option -a) pourrait nous éclairer et non, normalement, ça ne perturbe pas le système.

---

Linux depuis ~2007. Xubuntu seulement.

jlmas

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Est ce que SMART peut faire stopper le serveur pendant qu'il check le disque? Je dois prévoir toute suspension des services aux utilisateurs.

Pas de soucis de place sur le disque au vu du retour de df -h

non , la commande smartctl n'a aucune incidence sur les services qui tournent. Elle ne fait qu'aller lire les remontées faite par le firmware du ou des disques. SMART est une technologie plus ou moins normalisée installée par les fabricants de disques durs dans le firmware de ceux-ci.

Le paquet smartmontools installe par ailleurs le service smartd qui vérifie en permanence l'état du ou des disques et qui par défaut envoie les alertes dans  /var/log/syslog

parazitenew

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Bonjour,
smartctl me demande d'installer smartmontools, et lorsque je tente l'installation, je reçois:

E: dpkg a été interrompu. Il est nécessaire d'utiliser « dpkg --configure -a » pour corriger le problème.

Je l'ai fait, il y a de nombreuses lignes de paramétrages, et c'est après que j'ai pu installer smartmontools.

la commande smartctl -Ha /dev/sda retourne:

smartctl 6.2 2013-07-26 r3841 [i686-linux-3.13.0-132-generic] (local build)
Copyright (C) 2002-13, Bruce Allen, Christian Franke, www.smartmontools.org

=== START OF INFORMATION SECTION ===
Model Family:     Seagate Barracuda 7200.7 and 7200.7 Plus
Device Model:     ST380819AS
Serial Number:    5MR4A51X
Firmware Version: 3.02
User Capacity:    80 026 361 856 bytes [80,0 GB]
Sector Size:      512 bytes logical/physical
Device is:        In smartctl database [for details use: -P show]
ATA Version is:   ATA/ATAPI-7, ATA/ATAPI-6 T13/1410D revision 2
Local Time is:    Wed Nov 28 12:36:07 2018 CET
SMART support is: Available - device has SMART capability.
SMART support is: Enabled

=== START OF READ SMART DATA SECTION ===
SMART overall-health self-assessment test result: PASSED

General SMART Values:
Offline data collection status:  (0x82) Offline data collection activity
                                        was completed without error.
                                        Auto Offline Data Collection: Enabled.
Self-test execution status:      (  21) The self-test routine was aborted by
                                        the host.
Total time to complete Offline
data collection:                (  423) seconds.
Offline data collection
capabilities:                    (0x5b) SMART execute Offline immediate.
                                        Auto Offline data collection on/off support.
                                        Suspend Offline collection upon new
                                        command.
                                        Offline surface scan supported.
                                        Self-test supported.
                                        No Conveyance Self-test supported.
                                        Selective Self-test supported.
SMART capabilities:            (0x0003) Saves SMART data before entering
                                        power-saving mode.
                                        Supports SMART auto save timer.
Error logging capability:        (0x01) Error logging supported.
                                        General Purpose Logging supported.
Short self-test routine
recommended polling time:        (   1) minutes.
Extended self-test routine
recommended polling time:        (  31) minutes.

SMART Attributes Data Structure revision number: 10
Vendor Specific SMART Attributes with Thresholds:
ID# ATTRIBUTE_NAME          FLAG     VALUE WORST THRESH TYPE      UPDATED  WHEN_FAILED RAW_VALUE
  1 Raw_Read_Error_Rate     0x000f   053   045   006    Pre-fail  Always       -       204849795
  3 Spin_Up_Time            0x0002   099   099   000    Old_age   Always       -       0
  4 Start_Stop_Count        0x0033   097   097   020    Pre-fail  Always       -       4079
  5 Reallocated_Sector_Ct   0x0033   100   100   036    Pre-fail  Always       -       37
  7 Seek_Error_Rate         0x000f   084   060   030    Pre-fail  Always       -       306936745
  9 Power_On_Hours          0x0032   032   032   000    Old_age   Always       -       59817
 10 Spin_Retry_Count        0x0013   100   100   097    Pre-fail  Always       -       0
 12 Power_Cycle_Count       0x0033   096   096   020    Pre-fail  Always       -       4174
194 Temperature_Celsius     0x0022   030   043   000    Old_age   Always       -       30 (0 6 0 0 0)
195 Hardware_ECC_Recovered  0x001a   053   044   000    Old_age   Always       -       204849795
197 Current_Pending_Sector  0x0012   100   100   000    Old_age   Always       -       0
198 Offline_Uncorrectable   0x0010   100   100   000    Old_age   Offline      -       0
199 UDMA_CRC_Error_Count    0x003e   200   200   000    Old_age   Always       -       0
200 Multi_Zone_Error_Rate   0x0000   100   253   000    Old_age   Offline      -       0
202 Data_Address_Mark_Errs  0x0032   098   251   000    Old_age   Always       -       2

SMART Error Log Version: 1
ATA Error Count: 1
        CR = Command Register [HEX]
        FR = Features Register [HEX]
        SC = Sector Count Register [HEX]
        SN = Sector Number Register [HEX]
        CL = Cylinder Low Register [HEX]
        CH = Cylinder High Register [HEX]
        DH = Device/Head Register [HEX]
        DC = Device Command Register [HEX]
        ER = Error register [HEX]
        ST = Status register [HEX]
Powered_Up_Time is measured from power on, and printed as
DDd+hh:mm:SS.sss where DD=days, hh=hours, mm=minutes,
SS=sec, and sss=millisec. It "wraps" after 49.710 days.

Error 1 occurred at disk power-on lifetime: 59773 hours (2490 days + 13 hours)
  When the command that caused the error occurred, the device was active or idle.

  After command completion occurred, registers were:
  ER ST SC SN CL CH DH
  -- -- -- -- -- -- --
  40 51 00 80 0b c0 e2  Error: UNC at LBA = 0x02c00b80 = 46140288

  Commands leading to the command that caused the error were:
  CR FR SC SN CL CH DH DC   Powered_Up_Time  Command/Feature_Name
  -- -- -- -- -- -- -- --  ----------------  --------------------
  c8 00 f0 18 0b c0 e2 00   1d+06:44:41.192  READ DMA
  c8 00 08 10 0b c0 e2 00   1d+06:44:41.192  READ DMA
  c8 00 08 08 0b c0 e2 00   1d+06:44:41.298  READ DMA
  c8 00 08 70 2b c1 e2 00   1d+06:44:41.290  READ DMA
  c8 00 f8 10 52 80 e1 00   1d+06:44:41.285  READ DMA

SMART Self-test log structure revision number 1
Num  Test_Description    Status                  Remaining  LifeTime(hours)  LBA_of_first_error
# 1  Extended offline    Aborted by host               50%         1         -

SMART Selective self-test log data structure revision number 1
 SPAN  MIN_LBA  MAX_LBA  CURRENT_TEST_STATUS
    1        0        0  Not_testing
    2        0        0  Not_testing
    3        0        0  Not_testing
    4        0        0  Not_testing
    5        0        0  Not_testing
Selective self-test flags (0x0):
  After scanning selected spans, do NOT read-scan remainder of disk.
If Selective self-test is pending on power-up, resume after 0 minute delay.

bruno

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Il n'y a qu'une erreur smart, ce n'est pas forcément dramatique. Cela mériterait quand même un test approfondi avec smartctl
Quoiqu'il en soit le disque à pratiquement 7 ans d'utilisation. Il faut peut-être penser à le changer… (voire en monter un second en RAID 1).

melixgaro

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

On peut lire :

  5 Reallocated_Sector_Ct   0x0033   100   100   036    Pre-fail  Always       -       37

Donc 37 secteurs ont été déclarés morts et ont été remplacés par des secteurs de réserve (travail du fsck). Je pense donc à nouveau que l'installation de git a « touché » ces secteurs, qui n'ont pas pu être écrits, ce qui a mis la panique.

---

Linux depuis ~2007. Xubuntu seulement.

inbox

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Salut,

Et en complément de la remarque de Felixgaro, voir ci dessous  et à comparer au valeurs retournées par Smartctl :

01 	Read Error Rate 	Indique le taux d’erreur matérielle lors de la lecture de la surface du disque. Une valeur élevée indique un problème soit avec la surface du disque, soit avec les têtes de lecture/écriture.

07 	Seek Error Rate 	Taux d’erreurs d’accès des têtes magnétiques. S’il y a une défaillance du système de positionnement mécanique, un endommagement du servomécanisme ou une dilatation thermique du disque dur, le nombre d’erreurs de recherche augmente. Une augmentation du nombre d’erreurs d’accès indique que l’état de la surface du disque et le sous-système mécanique se dégradent.

Conclusion : avec les remarques précédentes, cela confirme que le disque dur de ton serveur est bien fatigué. Il faut penser à le changer avant d'avoir un crash.

A+

---

Un problème résolu ? Indiquez le en modifiant le titre du sujet.

moko138

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

Quoiqu'il en soit le disque à pratiquement 7 ans d'utilisation. Il faut peut-être penser à le changer…

Je serai même plus catégorique :
Avec 60.000 heures et des erreurs en pagaille

  1 Raw_Read_Error_Rate     0x000f   053   045   006      204849795
  5 Reallocated_Sector_Ct   0x0033   100   100   036       37
  7 Seek_Error_Rate         0x000f   084   060   030       306936745
  9 Power_On_Hours          0x0032   032   032   000       59817
195 Hardware_ECC_Recovered  0x001a   053   044   000       204849795

Le disque est à changer d'urgence. A fortiori pour un serveur à usage professionnel.

/!\ Je me permets de rappeler encore une fois ce point méconnu mais capital :

info ddrescue
   Never try to repair a file system on a drive with I/O errors; you
will probably lose even more data.

Ce qui implique de connaître en permanence l'état de ses disques, pour être en mesure de les remplacer avant un fsck destructeur.
.

= =

.

37 secteurs ont été déclarés morts et ont été remplacés par des secteurs de réserve

Oui...

(travail du fsck).

...non, fsck n'intervient que sur la surcouche logicielle du filesystem (FS), pas sur la couche matérielle (le disque proprement dit).
Les réallocations de secteurs illisibles sont opérées par le micrologiciel du disque indépendamment du FS et de fsck.
Et heureusement, puisqu'il existe des partitions sans FS (boot_grub, MSR,...).

---

%NOINDEX%
Un utilitaire précieux : ncdu
Photo, mini-tutoriel :  À la découverte de dcraw

melixgaro

Re : Serveur bousillé après l'installation de git

ouh la, merci moko d'avoir corrigé et précisé mon propos. Merci aussi d'être passé sur ce fil, ton avis est très souvent précieux lorsqu'il s'agit de disques durs ;-)

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Linux depuis ~2007. Xubuntu seulement.