[résolu] Problème à l'installation de mysql-server

larhT · Le 12/10/2022, à 19:19

Bonjour à tous

Sur Ubuntu 22.04.1 LTS j'ai des problèmes avec mysql qui m'ont fait tenter une réinstallation :

%> sudo apt autoremove --purge mysql-server\* mariadb-server\*
rm -rf /var/lib/mysql*
rm -rf /etc/mysql/
mkdir -p /etc/mysql/conf.d
apt clean
apt update
apt install mysql-server

l'install me donne ceci :

Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances... Fait
Lecture des informations d'état... Fait      
mysql-server est déjà la version la plus récente (8.0.30-0ubuntu0.22.04.1).
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
2 partiellement installés ou enlevés.
Après cette opération, 0 o d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] 
Paramétrage de mysql-server-8.0 (8.0.30-0ubuntu0.22.04.1) ...
Renaming removed key_buffer and myisam-recover options (if present)
Le nom de fichier /var/lib/mysql/ibdata1 n'existe pas.
mysqld will log errors to /var/log/mysql/error.log
2022-10-12T17:13:23.273439Z 0 [ERROR] [MY-010946] [Server] Failed to start mysqld daemon. Check mysqld error log.
Warning: Unable to start the server.
Job for mysql.service failed because the control process exited with error code.
See "systemctl status mysql.service" and "journalctl -xeu mysql.service" for details.
invoke-rc.d: initscript mysql, action "start" failed.
● mysql.service - MySQL Community Server
     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/mysql.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: activating (auto-restart) (Result: exit-code) since Wed 2022-10-12 19:13:23 CEST; 5ms ago
    Process: 40764 ExecStartPre=/usr/share/mysql/mysql-systemd-start pre (code=exited, status=1/FAILURE)
        CPU: 10ms
dpkg: erreur de traitement du paquet mysql-server-8.0 (--configure) :
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess returned error exit status 1
dpkg: des problèmes de dépendances empêchent la configuration de mysql-server :
 mysql-server dépend de mysql-server-8.0 ; cependant :
 Le paquet mysql-server-8.0 n'est pas encore configuré.

dpkg: erreur de traitement du paquet mysql-server (--configure) :
 problèmes de dépendances - laissé non configuré
Aucun rapport « apport » n'a été créé car le message d'erreur indique une erreur consécutive à un échec précédent.
                                                                                                                  Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 mysql-server-8.0
 mysql-server
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

Dans le fichier /var/log/mysql/error.log j'ai trouvé ceci dont je ne sais pas quoi penser :

2022-10-12T16:43:18.730697Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
2022-10-12T16:43:18.730727Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting
2022-10-12T16:43:18.731628Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete (mysqld 8.0.30-0ubuntu0.22.04.1)  (Ubuntu).
2022-10-12T16:45:04.094457Z 0 [System] [MY-013169] [Server] /usr/sbin/mysqld (mysqld 8.0.30-0ubuntu0.22.04.1) initializing of server in progress as process 36152
2022-10-12T16:45:04.096717Z 0 [ERROR] [MY-010457] [Server] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.
2022-10-12T16:45:04.096797Z 0 [ERROR] [MY-013236] [Server] The designated data directory /var/lib/mysql/ is unusable. You can remove all files that the server added to it.

une idée ?

Mille merci d'avance
Nicolas

Dernière modification par larhT (Le 17/10/2022, à 15:40)

bruno · Le 13/10/2022, à 07:39

Bonjour,

Cette erreur :

2022-10-12T16:45:04.096717Z 0 [ERROR] [MY-010457] [Server] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.

indique que les fichiers sosu /var/lib/mysql n'ont pas été effacés.

Recommence en utilisant sudo et ces commandes à l'identique (et en donnant leur retour complet à chaque fois si nécessaire) :

sudo apt autoremove --purge mysql-server\* mariadb-server\*
sudo rm -rf /var/lib/mysql
sudo rm -rf /etc/mysql/
sudo mkdir -p /etc/mysql/conf.d
sudo apt install mysql-server

N.B. : tu as supprimé les dossiers, j'en conclus que tes bases de données sont sauvegardées ou que leur perte n'a pas d'importance.

larhT · Le 13/10/2022, à 15:16

bruno a écrit :

Bonjour,
Cette erreur :
2022-10-12T16:45:04.096717Z 0 [ERROR] [MY-010457] [Server] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.
indique que les fichiers sosu /var/lib/mysql n'ont pas été effacés.
Recommence en utilisant sudo et ces commandes à l'identique (et en donnant leur retour complet à chaque fois si nécessaire) :
sudo apt autoremove --purge mysql-server\* mariadb-server\*
sudo rm -rf /var/lib/mysql
sudo rm -rf /etc/mysql/
sudo mkdir -p /etc/mysql/conf.d
sudo apt install mysql-server

Merci pour cette réponse !

Taper sudo à tout bout de champ me fatigue, donc je commence en général par un "sudo su -" et après j'ai la paix.
Je met juste le prompt en rouge ($PS1 dans le /root/.bashrc) pour être attentif au fait que j'ai des droits étendus.
Est-ce que ça change quelque chose au niveau des install, sudo ou bosser en root ?

J'ai passé un temps certain sur ce problème à taper un peu toutes les commandes trouvées sur le net ...
Je suppose donc que la ligne "--initialize specified but the data directory has files in it. Aborting" est apparue dans le log à un moment où j'avais pas fait les choses dans le bon ordre,
mais à d'autres moments j'ai bien suivis diverses procédures dont celle que vous décrivez, sans succès.

Juste avant ce problème j'ai dû downgrader PHP8 à PHP7.2 et pour ce faire j'ai installé le ppa:ondrej/php et software-properties-common
Après une nuit de sommeil je me dis que le soucis vient sans-doute de là.
Est-ce qu'il y a des "couples" php mysql plus compatibles selon les versions de l'un et de l'autre ?

J'y retourne lundi, vais tenter d'installer d'autres versions de mysql et d'ajouter la repo mysql générique comme indiqué ici :
https://dev.mysql.com/doc/mysql-apt-rep … -replacing

C'est juste mon impression ou est-ce que Ubuntu 22 a apporté trop de changement et que ça fout le souk ?

Merci encore !

bruno · Le 13/10/2022, à 16:54

Utiliser « sudo su - » est une ânerie. Cela fonctionne mais c'est inutilement redondant. La bonne commande pour obtenir un shelll root avec sudo est :

sudo -i

Que tu utilises sudo à chaque commande ou que tu sois dans un shell root ne change rien pour ces manipulations.

Juste avant ce problème j'ai dû downgrader PHP8 à PHP7.2 et pour ce faire j'ai installé le ppa:ondrej/php et software-properties-common
Après une nuit de sommeil je me dis que le soucis vient sans-doute de là.

C'est même certain. Tu ne seras que le 10000e sur ce forum à avoir cassé son système avec ce dépôt.
La bonne version de PHP c'est celle fournie dans les dépôts officiels et compatible avec tes applications.

larhT · Le 13/10/2022, à 17:41

bruno a écrit :

Utiliser « sudo su - » est une ânerie.

Je suppose que c'est historique, l'option -i ne devait pas exister quand j'ai pris cette habitude, il y a 22 ans.
(voilà qui ne me rajeunit pas)

bruno a écrit :

C'est même certain. Tu ne seras que le 10000e sur ce forum à avoir cassé son système avec ce dépôt.
La bonne version de PHP c'est celle fournie dans les dépôts officiels et compatible avec tes applications.

Ok, merci de l'info.
Je dois installer Prestahop 1.7.6.5
La doc dit que cette version CMS ne supporte pas php >7.2
https://www.dynamicmarketing.eu/quelles … restashop/

J'ai regardé sur le net, 3 ou 4 sites, ils indiquent tous qu'il faut installer cette repo "ondrej" ?
Si c'est pas la bonne façon de faire, quelle est la bonne méthode pour downgrader php ?

Merci !

bruno · Le 13/10/2022, à 18:34

[HS]Une ânerie est une ânerie, même si elle est historique et transmise par des gens par ailleurs compétents mais qui ne réfléchissent pas au sens des commandes utilisées.[/HS]

J'ai regardé sur le net, 3 ou 4 sites, ils indiquent tous qu'il faut installer cette repo "ondrej" ?
Si c'est pas la bonne façon de faire, quelle est la bonne méthode pour downgrader php ?

Il vaux mieux utiliser une distribution qui fournit PHP 7.2 ou moins : Ubuntu 18.04 ou Debian 10 par exemple ou utiliser un conteneur docker.
Le dépôt ondrej peut fonctionner mais c'est à réserver aux administrateurs système aguerris qui savent parfaitement gérer les problèmes de paquets (dépendances, blocage, downgrade, etc) et configurer un serveur web avec PHP-FPM et ses pools.

larhT · Le 17/10/2022, à 15:39

bruno a écrit :

Le dépôt ondrej peut fonctionner mais c'est à réserver aux administrateurs système aguerris qui savent parfaitement gérer les problèmes de paquets

Merci pour cette réponse qui si je comprend bien si elle signifie que vous ne savez / pouvez pas répondre.

J'ai viré le ppa:ondrej/php et software-properties-common.
Réinstall de mysql-server selon la procédure, le problème persiste.
C'était donc probablement pas ça le problème.

Installé la repo mysql.com,
https://dev.mysql.com/doc/mysql-apt-rep … -guide/en/
réinstallé - erreur à nouveau - désinstallé et là les retours sont plus causants qu'avec le paquet de base.
Il me dit qu'il ne peut supprimer le groupe mysql. Je suppose que mon problème de permission était là.
Donc groupedel mysql, réinstall (toujours avec le repo mysql.com) et là ça fonctionne.

A noter que l'install de mysql-server depuis la repo mysql.com configure de manière apparemment plus complète mysql-server :
Outre qu'il met direct un mot de passe root, il me demande quelle méthode d'authentification je veux utiliser et du fait que j'ai downgradé php,
Use Legacy Authentication Method (Retain MySQL 5.x Compatibility) me semble nécessaire.

Puis j'ai réactivé le ppa ondrej, réinstallé les packages php7.2, relancé l'install de Presta, tout bien.

Bref je ne sais pas exactement quel était le problème mais ça marche.
Je suppose qu'il y avait deux choses, cette nouvelle authentification mysql incompatible avec presta + un soucis du groupe système "mysql"

[HS] on ne devient pas sys admin en changeant de distrib au premier problème, ni en virtualisant à tout va.
J'ai rien contre la virtualisation, bien au contraire, mais ça exige des ressources.

Merci !

bruno · Le 17/10/2022, à 16:00

[HS] on ne devient pas sys admin en changeant de distrib au premier problème, ni en virtualisant à tout va.

Et encore moins en prenant ceux qui essaient de t'aider de haut et en préférant bidouiller plutôt que de suivre leur conseils…
Je n'ai pas proposé de changer de distribution mais d'en utiliser une moins récente qui fournit officiellement PHP 7. Et pour information docker ce n'est pas de la virtualisation.

larhT · Le 17/10/2022, à 16:45

bruno a écrit :

[HS] on ne devient pas sys admin en changeant de distrib au premier problème, ni en virtualisant à tout va.
Et encore moins en prenant ceux qui essaient de t'aider de haut et en préférant bidouiller plutôt que de suivre leur conseils…
Je n'ai pas proposé de changer de distribution mais d'en utiliser une moins récente qui fournit officiellement PHP 7. Et pour information docker ce n'est pas de la virtualisation.

Désolé, j'ai un peu mal pris ta réponse, du coup j'ai répliqué.
J'ai pour habitude de poster sur un fofo les problèmes que je ne résous pas en moins de 10 min :
Cela me permet de formuler correctement le problème, ce qui est le début d'une solution.
Et ça laisse une trace que je peux retrouver et qui peut éventuellement servir à d'autres.

J'espère toujours avoir de l'aide, mais il est très rare qu'on me donne autre chose que des pistes : A un certain stade la réponse à un problème résulte d'un travail perso, il n'y a plus de solution clefs en main.
A minima tu m'as servi d'interlocuteur, ce qui a été une vraie aide et je t'en remercie. Tu m'as aussi confirmé la piste d'une repo incompatible, ce qui était probablement le cas.

J'ai fait quelques année de sysadmin mais j'ai monté ma boite depuis 8 ans maintenant, donc j'ai plus assez le temps pour me maintenir à jour.
Toutes les nouveautés, aussi utiles qu'elles puissent être, m'agacent parce que ça me fait perdre du temps.
Ajouter des couches de complexité (un conteneur) pour se simplifier la vie, à mon avis c'est bien tant que tu sais ce que tu ajoutes et ce qu'il y a dessous/dessus.
Dans mon cas avec Apache déjà installé, j'aurais dû gérer les ports de chaque services et définir quel Apache répond où, quel sql répond à quoi, ...
Il se peut que ce soit plus propre mais je doute d'arriver à maîtriser le bouzin en 3 clics et installer un truc sans en comprendre les bases n'est pas confortable.
Quand à réinstaller mon ordi avec une version plus ancienne, c'est long aussi, sans réelle garantie de succès et avec l'assurance que d'autres appli deviendront obsolètes.
Il ne s'agit pas d'un serveur mais de ma station de travail sur laquelle je voulais monter un site de tests local pour pouvoir analyser plus simplement les tables et les requêtes SQL.

Bref, merci encore

mazarini · Le 17/10/2022, à 17:39

@larhT, Bruno et quelques autres passent beaucoup de temps à répondre à des personnes qui installent PHP avec des dépôts non officiels.
La plupart du temps, le problème est du à une installation non cohérente des packages avec un mélange des versions.
Cela explique un certain agacement.

A part docker, pour utiliser plusieurs version de PHP, j'utilise phpbrew qui permet de choisir la version exact de PHP que je souhaite à partir des sources de PHP.
Pour faire du web, j'utilise la commande php -S (ou phpX.Y.Z -S) que je trouve plus rapide que de reparamétrer apache.

bruno · Le 17/10/2022, à 18:27

De mon côté j'avoue que je ne prends pas de pincettes pour dire qu'une commande, l'utilisation d'un dépôt, ou suivre aveuglément un tutoriel est une bêtise. Mais si je le fais, c'est parce que je le sais, par expérience, et par les nombreux messages sur ce forum.

Et pour du développement ou des test les suggestions de @mazarini sont tout à fait pertinentes.

larhT · Le 17/10/2022, à 18:47

mazarini a écrit :

@larhT, Bruno et quelques autres passent beaucoup de temps à répondre à des personnes qui installent PHP avec des dépôts non officiels.
La plupart du temps, le problème est du à une installation non cohérente des packages avec un mélange des versions.
Cela explique un certain agacement.

Oui, il l'a dit du reste.
J'ai pas mal contribué sur usenet à l'époque, je sais que c'est pas très fun d'être pris pour du service après vente quand on aide bénévolement les autres.

Merci pour phpbrew, je ne vais pas l'utiliser de suite vu que je n'ai pas besoin de switcher d'une version à l'autre pour le moment mais si j'ai besoins de gérer diverses version de php je saurai que c'est un outil efficace.

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