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mycaweb

vérification d'une "compilabilité"

bonjour, je fais de la recherche en génétique et suis sensé utiliser un logiciel qui vient d'être mis en ligne ( http://www.molpopgen.org/software/abcreg/ ) . L'étape de compilation semblait plus qu'accessible mais en fait c'est bourré d'erreurs. J'ai pas mal correspondu avec l'auteur du programme qui a l'air un peu trop sur de lui, alors je me demandais si des personnes réussissaient à compiler ce logiciel du premier coup sur les simples instructions de l'auteur!

cf. ce logiciel a été publié dans une revue et est sensé être fonctionnel...mon hypothèse étant qu'il y a beaucoup de mauvaises foi et que personne n'a vraiment testé ce logiciel.

merci et bonnes vacances à tous !

mycaweb

slasher-fun

Re : vérification d'une "compilabilité"

Bonjour,

Compilation :

$ make
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o reg.o reg.cc
reg.cc: In function ‘int main(int, char**)’:
reg.cc:133: attention : ISO C++ does not support the ‘%lf’ printf format
reg.cc:135: attention : ISO C++ does not support the ‘%lf’ printf format
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o params.o params.cc
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o process_options.o process_options.cc
process_options.cc: In function ‘params process_options(int, char**)’:
process_options.cc:12: attention : unused variable ‘optind’
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o read_prior.o read_prior.cc
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o transformations.o transformations.cc
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o abc_algebra.o abc_algebra.cc
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o generate_posterior.o generate_posterior.cc
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I. -o reg reg.o params.o process_options.o read_prior.o transformations.o abc_algebra.o generate_posterior.o  -lgsl -lgslcblas

Exécution :

$ ./reg 
command line error!
usage:
reg -P nparams -S nsummaries -p priorfile -d datafile -b outfile_basename -t tolerance
optional parameters:
	-T (takes no options) program will transform parameters for
	regression acccording to Hamilton et al. 2005 PNAS 7476
	-L (takes no options) log-transform parameters, following Beaumont et al.
Notes:
	-T and -L are mutually exclusive options

Ça marche

geenux

Re : vérification d'une "compilabilité"

Je teste, je t'en donne des nouvelles dans pas longtemps

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FotoWall : mon logiciel pour faire des pèle-mêles de photos.

seb0uil

Re : vérification d'une "compilabilité"

$ make
c++ -O3 -Wall -W -DNDEBUG -ansi -pedantic -I.   -c -o reg.o reg.cc
Dans le fichier inclus à partir de reg.cc:9:
./generate_posterior.hpp:5:26: erreur: gsl/gsl_blas.h : Aucun fichier ou dossier de ce type
In file included from reg.cc:9:
./generate_posterior.hpp:13: erreur: «gsl_vector» has not been declared
./generate_posterior.hpp:14: erreur: «gsl_matrix» has not been declared
reg.cc: In function «int main(int, char**)»:
reg.cc:83: erreur: «gsl_matrix» was not declared in this scope
reg.cc:83: erreur: «cov_matrix» was not declared in this scope
reg.cc:84: erreur: «gsl_matrix_alloc» was not declared in this scope
reg.cc:86: erreur: «gsl_vector» was not declared in this scope
reg.cc:86: erreur: «b» was not declared in this scope
reg.cc:86: erreur: «gsl_vector_alloc» was not declared in this scope
reg.cc:133: attention : ISO C++ does not support the «%lf» printf format
reg.cc:135: attention : ISO C++ does not support the «%lf» printf format
reg.cc:140: erreur: «gsl_matrix_free» was not declared in this scope
reg.cc:141: erreur: «gsl_vector_free» was not declared in this scope
make: *** [reg.o] Erreur 1

pas chez moi , visiblement, il me manque un fichier
erreur: gsl/gsl_blas.h : Aucun fichier ou dossier de ce type

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Java stuff ::
tPortal.. ma petite implémentation de la JSR168
jlibParam.. pooling, paramétrage etc...

slasher-fun

Re : vérification d'une "compilabilité"

Bah oui, mais les instructions disent bien que l'installation de la lib gsl est nécessaire pour compiler, ce que tu n'as pas fait

geenux

Re : vérification d'une "compilabilité"

sudo apt-get install libgsl0-dev

Et après tu compile, et ça fonctionne parfaitement

Dernière modification par geenux (Le 31/07/2009, à 15:08)

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FotoWall : mon logiciel pour faire des pèle-mêles de photos.

seb0uil

Re : vérification d'une "compilabilité"

Bah oui, mais les instructions disent bien que l'installation de la lib gsl est nécessaire pour compiler, ce que tu n'as pas fait

A tiens, fallais lire un truc
J'avais effectivement commencé a chercher ou ce trouvait ce fichier, et un coup de sudo apt-get install libgsl0-dev plus tard, tout compile ...

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jlibParam.. pooling, paramétrage etc...

Kanor

Re : vérification d'une "compilabilité"

Ça compile je pense que tu n'a pas lue la doc dans le pdf
• A C/C++ compiler
• The GNU Scientific Library (http://www.gnu.org/software/gsl).
=> gcc + libgsl0-dev (non du paquet dans ubuntu)

edit: Il faut que je pense à rafraichir la page avant de poster

Dernière modification par Kanor (Le 31/07/2009, à 15:12)

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Un blog avec du mordant
Liste de bons liens pour apprendre python et plus

geenux

Re : vérification d'une "compilabilité"

Ouais, on est plein à avoir fait la même chose
Au moins, il a quadruple confirmation que ça fonctionne

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FotoWall : mon logiciel pour faire des pèle-mêles de photos.

mycaweb

Re : vérification d'une "compilabilité"

merci ! ça marche en effet depuis que l'auteur a remis les header oublié, et que j'ai téléchargé la nouvelle version !
la science peut reprendre sa marche !
merci !