[Réso] Linux 64 bits cherche architecture 64bits pour vie à deux...

Rb85 · Le 05/01/2010, à 15:40

brakbabord a écrit :

Sinon certains logiciels peuvent tourner sur la carte graphique, en utilisant CUDA pour les Nvidia, et STREAM pour les ATI.
Par contre je ne sais pas si c'est possible sur Linux.
Le calcul sur GPU est beaucoup plus avantageux que sur CPU.
A ce moment là un petit Quad-SLI entre deux GTX295 ou un CrossfireX entre deux HD5970.

En effet c'est une solution, nVIDIA propose par exemple son supercalculateur personnel pour une somme presque abordable au particulier: http://www.nvidia.fr/page/personal_computing.html et ça tourne sous Linux !
Pour ma part c'est hors de mon budget, surtout pour se faire la main, je pense qu'on peut se faire plaisir avec moins.

Tu nous propose une configuration "maison", peux-tu développer un peu la chose ?

A+

Dernière modification par Rb85 (Le 05/01/2010, à 16:04)

Rb85 · Le 05/01/2010, à 15:50

Pinal a écrit :

Concernant la distrib, j'ai trouvé CAELinux, basée sur ubuntu 8.04 64 bits pour la dernière version, avec déjà installés Salomé, Code_Saturne, Code_Aster, OpenFOAM et d'autres...
http://www.caelinux.com/CMS/
Pour l'installation, j'ai eu quelques problèmes avec hal, résolus par une désinstallation/réinstallation de hal (puis gnome qui était parti avec...).

Nous avons démarré cette discussion sur trois thèmes: Quelle architecture 64 bits ? pour quelle distribution Linux 64 bits ? et une personne s'est-elle déjà frotté à SALOME et plus globalement à CAELinux ?

Si je comprend bien tu as déjà installé CAELinux sous Ubuntu 8.04 ? et sous 9.10 cela donnerait quoi ? ton expérience avec CAELinux m'interesse...

A+

Dernière modification par Rb85 (Le 05/01/2010, à 16:06)

Rb85 · Le 05/01/2010, à 15:58

lgr18 a écrit :

Rb85 a écrit :
lgr18 a écrit :
Pour le moment, je n'ai pas encore de résultats pouvant être confrontés à des mesures. Je n'ai pas encore introduit la turbulence dans l'écoulement. J'hésite encore sur le modèle à utiliser.
Pour les résultats, j'ai un ami qui travaille dans une unif sur le sujet. Ils font pas mal d'expériences dans une chambre d'essais. De plus, ils ont dû monitorer un bâtiment complet et je pourrais avoir accès aux résultats d'ici 6 mois à un an. Juste le temps d'être près avec le code.
a+
Entre quels modèles hésites-tu ?
Pour le modèle, j'hésite entre un modèle classique de type k-epsilon (assez bon pour les calculs de couches limites thermiques comme on en voit dans les écoulements de bâtiments ou des modèles plus perfectionnés comme un LES qui permet d'aller chercher des structures d'écoulements un peu plus finie.

Qu'est-ce qui te fait hésiter sur le choix ? j'ai cru lire qq part que "Les modèles de type k-epsilon sont mal adaptés aux écoulements à bas Reynolds que l'on trouve près des parois", cela dit je n'ai aucune expertise dans ton domaine d'application... des suggestions de lecture pour me sortir de ma grande ignorance en la matière ? ...

A+

Dernière modification par Rb85 (Le 05/01/2010, à 16:07)

Pinal · Le 05/01/2010, à 16:37

Rb85 a écrit :

une personne s'est-elle déjà frotté à SALOME et plus globalement à CAELinux ?
Si je comprend bien tu as déjà installé CAELinux sous Ubuntu 8.04 ? et sous 9.10 cela donnerait quoi ? ton expérience avec CAELinux m'interesse...
A+

CAELinux est une distrib en elle-même, basée sur PCLinuxOS jusqu'à sa version 2008 et sur Hardy pour la dernière version.

Une pléthore de logiciels de méca/physique y sont intégrés, donc, plus de problèmes d'installation!

Cette distrib est développée notamment par une entreprise Suisse: http://www.nrctech.ch/fr/activites_analysesnum.php.

Dans le cadre d'un projet de mécanique des fluides, j'utilise Salomé, Code_Saturne et OpenFOAM.

Concernant l'installation de Salomé sous Ubuntu 9.10, je n'ai pas réussi, il faut des librairies anciennes pour la compilation et cela donnait n'importe quoi...

lgr18 · Le 05/01/2010, à 21:48

Salut à tous,

ça y est. J'ai été commandé les différents composants de mon nouveau pc :
Intel i7 920, carte asus p6t7 Supercomputer, je dois recevoir les trucs la semaine prochaine.
Sinon j'ai installé Ubuntu 9.10 sur le bi-proc xeon. J'ai donc déjà un petit réseau avec le dual xeon et mon ancien pc.
Un petit calcul avec Petsc montre que ca marche pas mal mais un peu de lenteur lors de l'échange des messages.
Un conseil sur un bon switch?

Une autre petit question, j'aimerais partagé un répertoire d'un disque d'une machine de manière à ce que les calculs parallèles trouvent les données aux mêmes endroits et y écrivent aussi les résultats.
Je sais pas comment je dois faire. (C'est surement très con mais bon. J'ai vu qu'il faut monter un disque,... mais c'est flou pour moi.
a+

lgr18 · Le 05/01/2010, à 22:02

Rb85 a écrit :

Qu'est-ce qui te fait hésiter sur le choix ? j'ai cru lire qq part que "Les modèles de type k-epsilon sont mal adaptés aux écoulements à bas Reynolds que l'on trouve près des parois", cela dit je n'ai aucune expertise dans ton domaine d'application... des suggestions de lecture pour me sortir de ma grande ignorance en la matière ? ...
A+

Oui mais dans un bâtiment standard avec des différences de températures classiques, tu peux arriver à des Rayleigh de l'ordre de 10¹¹ - 10¹² et donc des Reynolds de 10⁶. Du coup, tu te chopes des couches limites dont l'épaisseur est de l'ordre de 10^(-3) * la longueur caractéristique, avec des cisaillements importants et à l'opposé, au milieu de la pièce, l'air ne bouge pratiquement pas => pas de turbulence. EN gros, trouver un modèle de turbulence capable de passer d'un régime laminaire, à un régime turbulence avec des zones de transition très petites est assez complexe.
Dans ma thèse ,j'ai utilisé le modèle k-epsilon qui marchait pas mal mais la convergence des itérations non linéaires n'était pas top déjà en 2D alors j'hésite à la reprendre en 3D.

Pour les références : Large Eddy Simulation for Incompressible Flows: An Introduction, P Sagaut
Turbulence, An Introduction for Scientists and Engineers P. A. Davidson

a+

Rb85 · Le 06/01/2010, à 11:22

lgr18 a écrit :

Salut à tous,
ça y est. J'ai été commandé les différents composants de mon nouveau pc :
Intel i7 920, carte asus p6t7 Supercomputer, je dois recevoir les trucs la semaine prochaine.
Sinon j'ai installé Ubuntu 9.10 sur le bi-proc xeon. J'ai donc déjà un petit réseau avec le dual xeon et mon ancien pc.
Un petit calcul avec Petsc montre que ca marche pas mal mais un peu de lenteur lors de l'échange des messages.
Un conseil sur un bon switch?
Une autre petit question, j'aimerais partagé un répertoire d'un disque d'une machine de manière à ce que les calculs parallèles trouvent les données aux mêmes endroits et y écrivent aussi les résultats.
Je sais pas comment je dois faire. (C'est surement très con mais bon. J'ai vu qu'il faut monter un disque,... mais c'est flou pour moi.
a+

Super, tu vas pouvoir nous donner ton sentiment sur cette nouvelle configuration à base de 920. Avec quelle taille mémoire commences-tu ?
Tes proc Xeon sont quel modèle ? Je suppose que la lenteur est inhérente au Pentium ?
Pourquoi as-tu besoin d'un switch avec trois PC ? car je suppose que ta machine bi-proc sert de maître et tes deux autres pc sont les noeuds, ne peux-tu pas raccorder directement ceux-ci sur le maître sans passer pas un switch ?

Concernant ton partage de répertoire, n'ayant pas d'expérience de ces architectures, à priori je ne sais pas, mais effectivement cela ne doit pas être très compliquer, ne suffit-il pas que ta resource matériel soit vue par tous, qu'elle soit partagée ?

En tous les cas ta démarche m'interesse, j'attend avec impatience que tes trois pc pistonnent ensemble...

A plus tard...

Dernière modification par Rb85 (Le 06/01/2010, à 15:33)

Rb85 · Le 06/01/2010, à 11:57

lgr18 a écrit :

Rb85 a écrit :
Qu'est-ce qui te fait hésiter sur le choix ? j'ai cru lire qq part que "Les modèles de type k-epsilon sont mal adaptés aux écoulements à bas Reynolds que l'on trouve près des parois", cela dit je n'ai aucune expertise dans ton domaine d'application... des suggestions de lecture pour me sortir de ma grande ignorance en la matière ? ...
A+
Oui mais dans un bâtiment standard avec des différences de températures classiques, tu peux arriver à des Rayleigh de l'ordre de 10¹¹ - 10¹² et donc des Reynolds de 10⁶. Du coup, tu te chopes des couches limites dont l'épaisseur est de l'ordre de 10^(-3) * la longueur caractéristique, avec des cisaillements importants et à l'opposé, au milieu de la pièce, l'air ne bouge pratiquement pas => pas de turbulence. EN gros, trouver un modèle de turbulence capable de passer d'un régime laminaire, à un régime turbulence avec des zones de transition très petites est assez complexe.
Dans ma thèse ,j'ai utilisé le modèle k-epsilon qui marchait pas mal mais la convergence des itérations non linéaires n'était pas top déjà en 2D alors j'hésite à la reprendre en 3D.
Pour les références : Large Eddy Simulation for Incompressible Flows: An Introduction, P Sagaut
Turbulence, An Introduction for Scientists and Engineers P. A. Davidson
a+

Merci pour l'explication, ainsi que pour les références bibliographique.
Je n'est pas de réponse à ta question, car je ne connais pas ton domaine d'application, néanmoins si tu as déjà utilisé ce modèle en 2D et qu'il ne t'apportait pas vraiment satisfaction, pourquoi vouloir persister dans cette voie ? car si j'ai bien compris, bien que le modèle k-epsilon soit répendu et capable de prendre en compte les variations spatiales de l'agitation turbulente, il semble qu'il soit mal adapté aux écoulements complexes ? ce qui est ton cas ?... alors pourquoi pas le modèle LES ?
En faite, je suppose que tu as déjà fait cette démarche: quel sont les critères qui te guide dans le choix de ton modèle ? je suppose que la nature physique du problème, la qualité des résultats et les performances des moyens de calculs font partis de ces critères ? ... ces 2 derniers critères ne sont pas spécifiques, me semble-t-il, à la méca des fluides, mais la prise en compte des 3 dicte pratiquement le choix non ?

A plus tard...

Dernière modification par Rb85 (Le 06/01/2010, à 23:41)

dwan · Le 06/01/2010, à 13:31

lgr18 a écrit :

Salut à tous,
ça y est. J'ai été commandé les différents composants de mon nouveau pc :
Intel i7 920, carte asus p6t7 Supercomputer, je dois recevoir les trucs la semaine prochaine.
Sinon j'ai installé Ubuntu 9.10 sur le bi-proc xeon. J'ai donc déjà un petit réseau avec le dual xeon et mon ancien pc.
Un petit calcul avec Petsc montre que ca marche pas mal mais un peu de lenteur lors de l'échange des messages.
Un conseil sur un bon switch?
Une autre petit question, j'aimerais partagé un répertoire d'un disque d'une machine de manière à ce que les calculs parallèles trouvent les données aux mêmes endroits et y écrivent aussi les résultats.
Je sais pas comment je dois faire. (C'est surement très con mais bon. J'ai vu qu'il faut monter un disque,... mais c'est flou pour moi.
a+

Dans la mesure du possible, il faut faire communiquer tout ce petit monde en gigabit, ce qui suppose du matériel compatible.
Tu peux partager un répertoire avec NFS, regarde dans la doc.

Dernière modification par dwan (Le 06/01/2010, à 13:32)

lgr18 · Le 09/01/2010, à 00:03

dwan a écrit :

Dans la mesure du possible, il faut faire communiquer tout ce petit monde en gigabit, ce qui suppose du matériel compatible.
Tu peux partager un répertoire avec NFS, regarde dans la doc.

Merci.
J'ai réussi à faire le partage des répertoires que je voulais. J'ai également modifier les fichiers nécessaire pour que le montage des répertoires se fasse automatiquement.
Le soucis est que l'adresse IP d'une machine change pratiquement à chaque fois que j'éteins et relance.
Où puis-je imposer une adresse fixe pour chaque machine?

a+

lgr18 · Le 09/01/2010, à 00:06

Rb85 a écrit :

Merci pour l'explication, ainsi que pour les références bibliographique.
Je n'est pas de réponse à ta question, car je ne connais pas ton domaine d'application, néanmoins si tu as déjà utilisé ce modèle en 2D et qu'il ne t'apportait pas vraiment satisfaction, pourquoi vouloir persister dans cette voie ? car si j'ai bien compris, bien que le modèle k-epsilon soit répendu et capable de prendre en compte les variations spatiales de l'agitation turbulente, il semble qu'il soit mal adapté aux écoulements complexes ? ce qui est ton cas ?... alors pourquoi pas le modèle LES ?
En faite, je suppose que tu as déjà fait cette démarche: quel sont les critères qui te guide dans le choix de ton modèle ? je suppose que la nature physique du problème, la qualité des résultats et les performances des moyens de calculs font partis de ces critères ? ... ces 2 derniers critères ne sont pas spécifiques, me semble-t-il, à la méca des fluides, mais la prise en compte des 3 dicte pratiquement le choix non ?
A plus tard...

Oui, tu as raison. Mais comme pour tout, on sais ce qu'on a et on a un peu peur de l'inconnue. Le modèle k-eps, je le connais bien, je connais ses limitations,.. contrairement au modèle LES que je n'ai jamais expérimenté.
Finalement, ce serait l'occasion d'essayer de le piger...
a+

dwan · Le 09/01/2010, à 00:58

lgr18 a écrit :

dwan a écrit :
Dans la mesure du possible, il faut faire communiquer tout ce petit monde en gigabit, ce qui suppose du matériel compatible.
Tu peux partager un répertoire avec NFS, regarde dans la doc.
Merci.
J'ai réussi à faire le partage des répertoires que je voulais. J'ai également modifier les fichiers nécessaire pour que le montage des répertoires se fasse automatiquement.
Le soucis est que l'adresse IP d'une machine change pratiquement à chaque fois que j'éteins et relance.
Où puis-je imposer une adresse fixe pour chaque machine?
a+

La plupart des MachinBox permet d'attribuer une IP à une adresse MAC, tout dépend de ce dont tu disposes.

lgr18 · Le 09/01/2010, à 13:30

dwan a écrit :

La plupart des MachinBox permet d'attribuer une IP à une adresse MAC, tout dépend de ce dont tu disposes.

J'ai pas trouvé comment assigner une ip à l'adresse MAC de mes machines.
Par contre, j'ai changé le paramètre relatif à la libération des adresses IP au niveau du DHCP. Au lieu de réserver l'adresse pendant 2 jours, il la réserve pour toujours.
Si j'ai bien saisi le fonctionnement du DHCP, quand une machine va se connecter pour la première fois, elle va recevoir une ip puis le dhcp lui réservera cette adresse pour toujours. Est-ce exact?
a+

dwan · Le 09/01/2010, à 13:36

Ça me semble un raisonnement sensé

Rb85 · Le 09/01/2010, à 17:07

lgr18 a écrit :

dwan a écrit :
La plupart des MachinBox permet d'attribuer une IP à une adresse MAC, tout dépend de ce dont tu disposes.
J'ai pas trouvé comment assigner une ip à l'adresse MAC de mes machines.
Par contre, j'ai changé le paramètre relatif à la libération des adresses IP au niveau du DHCP. Au lieu de réserver l'adresse pendant 2 jours, il la réserve pour toujours.
Si j'ai bien saisi le fonctionnement du DHCP, quand une machine va se connecter pour la première fois, elle va recevoir une ip puis le dhcp lui réservera cette adresse pour toujours. Est-ce exact?
a+

As-tu parcouru le tutoriel:comment_configurer_son_reseau_local ?

Rb85 · Le 09/01/2010, à 17:34

lgr18 a écrit :

Rb85 a écrit :
Merci pour l'explication, ainsi que pour les références bibliographique.
Je n'est pas de réponse à ta question, car je ne connais pas ton domaine d'application, néanmoins si tu as déjà utilisé ce modèle en 2D et qu'il ne t'apportait pas vraiment satisfaction, pourquoi vouloir persister dans cette voie ? car si j'ai bien compris, bien que le modèle k-epsilon soit répendu et capable de prendre en compte les variations spatiales de l'agitation turbulente, il semble qu'il soit mal adapté aux écoulements complexes ? ce qui est ton cas ?... alors pourquoi pas le modèle LES ?
En faite, je suppose que tu as déjà fait cette démarche: quel sont les critères qui te guide dans le choix de ton modèle ? je suppose que la nature physique du problème, la qualité des résultats et les performances des moyens de calculs font partis de ces critères ? ... ces 2 derniers critères ne sont pas spécifiques, me semble-t-il, à la méca des fluides, mais la prise en compte des 3 dicte pratiquement le choix non ?
A plus tard...
Oui, tu as raison. Mais comme pour tout, on sais ce qu'on a et on a un peu peur de l'inconnue. Le modèle k-eps, je le connais bien, je connais ses limitations,.. contrairement au modèle LES que je n'ai jamais expérimenté.
Finalement, ce serait l'occasion d'essayer de le piger...
a+

... le piger c'est bien, mais tes moyens de calcul personnel te permettraient-ils de le mettre en oeuvre, car il semble que ce modèle soit très gourmand en temps de calcul ? l'objectif n'est-il pas très ambitieu pour les moyens matériel d'un homme seul ?

Dernière modification par Rb85 (Le 09/01/2010, à 20:05)

lgr18 · Le 13/01/2010, à 21:16

Bonjour à tous,

voilà, j'ai reçu ma nouvelle machine. Visiblement l'installation d'Ubuntu 9.10 n'a posé aucun problème.

Par contre quand je regarde dans /proc/cpuinfo, je vois que les différents coeurs ont une fréquence de 1.6GHz à la place de 2.66 GHz.
Savez-vous comment je dois faire pour avoir la bonne fréquence? Est-ce dans le bios?

a+

dwan · Le 13/01/2010, à 22:49

Le mien est un 1.6GHz : comme en ce moment je ne fais que taper du texte, il redescend à 1GHz, parce que ça suffit, tout simplement. La plupart des proc actuels fonctionne comme ça.

lgr18 · Le 14/01/2010, à 19:31

dwan a écrit :

Le mien est un 1.6GHz : comme en ce moment je ne fais que taper du texte, il redescend à 1GHz, parce que ça suffit, tout simplement. La plupart des proc actuels fonctionne comme ça.

Ah ok. Si je comprends bien, j'ai acheté un processeur à 2.66GHz mais à certain moment il fonctionne plus lentement et passera à la fréquence standard si nécessaire. Est-ce ça? Pour être sûr qu'il est bien capable d'aller à 2.66GHz, j'imagine que je dois aller voir dans le bios mais quand je dois tapez <ctrl + m> à l'initialisation de la machine, il ne se passe rien. J'ai pensé au fait que le clavier était peut-être en qwerty mais toujours rien. Une idée?

a+

yostral · Le 14/01/2010, à 20:12

Le plus simple est de mettre dans un de tes tableaux de bord (barres gnome) l'applet "Moniteur de changements de fréquences du processeur" . Tu verras comme ça comment il varie.

peterp@n · Le 14/01/2010, à 21:06

yostral a écrit :

Le plus simple est de mettre dans un de tes tableaux de bord (barres gnome) l'applet "Moniteur de changements de fréquences du processeur" . Tu verras comme ça comment il varie.

Et je rajouterais que tu peux ajouter autant d'applet que de cœurs afin de voir les fréquences de chacun.

yostral · Le 15/01/2010, à 21:28

Ouais, mais là ça devient sacrément encombrant .

Avec un simple Corei7 tu as déjà 8 cœurs...ça remplit vite un tableau de bord !

lgr18 · Le 15/01/2010, à 21:41

Peterpan12 a écrit :

yostral a écrit :
Le plus simple est de mettre dans un de tes tableaux de bord (barres gnome) l'applet "Moniteur de changements de fréquences du processeur" . Tu verras comme ça comment il varie.
Et je rajouterais que tu peux ajouter autant d'applet que de cœurs afin de voir les fréquences de chacun.

Oui. Cool. Je vois les 8 coeurs du processeur. Ca varie de 1.6GHz et 2.67GHz.

Pour voir les performances, j'ai chargé le package hardinfo (sudo ap-get install hardinfo)

a+

Rb85 · Le 16/01/2010, à 14:33

lgr18 a écrit :

Bonjour à tous,
voilà, j'ai reçu ma nouvelle machine. Visiblement l'installation d'Ubuntu 9.10 n'a posé aucun problème.
Par contre quand je regarde dans /proc/cpuinfo, je vois que les différents coeurs ont une fréquence de 1.6GHz à la place de 2.66 GHz.
Savez-vous comment je dois faire pour avoir la bonne fréquence? Est-ce dans le bios?
a+

Bonjour, super ta nouvelle machine !
Par contre je ne comprend pas bien, tu l'as reçue assemblée ou tu l'as fait toi-même ? dans les deux cas il faut forcément que tu passes par la case « BIOS » pour l'optimiser !?
Bon, de toute façon ton expérience m'intéresse puisque je vais certainement me monter à peu près la même machine... je n'ai pas encore les idées claires sur la carte graphique, le disque dur, le boîtier, le système de refroidissement... mais tout cela fait son chemin...

On en reparle, si tu le veux bien...

@+

Rb85 · Le 16/01/2010, à 15:19

lgr18 a écrit :

Peterpan12 a écrit :
yostral a écrit :
Le plus simple est de mettre dans un de tes tableaux de bord (barres gnome) l'applet "Moniteur de changements de fréquences du processeur" . Tu verras comme ça comment il varie.
Et je rajouterais que tu peux ajouter autant d'applet que de cœurs afin de voir les fréquences de chacun.
Oui. Cool. Je vois les 8 coeurs du processeur. Ca varie de 1.6GHz et 2.67GHz.
Pour voir les performances, j'ai chargé le package hardinfo (sudo ap-get install hardinfo)
a+

euuuh... petite précision, ce sont les 8 threads que tu visualises... les coeurs ils n'y en a que 4 !? donc deux threads par coeur ? je ne sais pas à quoi correspondent les fréquences que tu indiques...

J'ai également installé hardinfo, il fournit effectivement des données interessantes, mais pour ma part je ne sais pas tirer partie de celles-ci et porter un jugement critique pour optimiser mon système... quels outils et quelle méthode pour faire cela ?

merci à toutes les bonnes volontés...

@+

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