[Résolu] Dessin de molécules en 2D

biospip · Le 04/02/2023, à 19:23

Bonjour,
j'ai besoin de bons dessins de molécules en 2D pour intégrer dans mes cours.
Je ne pensais pas tous les refaire (biomolécules alimentaires essentiellement) et les récupérer sur libmol https://www.libmol.org/?libmol=11

Je me tâte entre plusieurs logiciels :
MolSketch (qui a, pour le moment ma préférence, mais je le connais encore assez peu)
MarvinSketch
GChemPaint
Chemtool
EasyChem
BKChem

Pour le moment, j'en ai aucun qui arrive à lire les fichiers au format .pdb et seulement MarvinSketch qui arrive à lire les .sdf

Certains me sortent une obscure histoire avec OpenBabel qui, effectivement n'arrive pas à convertir mes fichiers de molécules sur mon ordi.

N'hésitez pas à me conseiller ou à m'éclairer de vos lumières le cas échéant.
Cordialement

Dernière modification par biospip (Le 05/02/2023, à 15:48)

Vobul · Le 04/02/2023, à 19:30

Tiens, ça fonctionne nickel : https://3dmol.csb.pitt.edu/. Tu lui files un sdf ou pdb, il te fais une représentation 3D dans un canvas, donc en plus t'as un truc interactif où tu peux changer la représentation en live. Il supporte plein de fichiers.

biospip · Le 04/02/2023, à 19:38

Merci pour ce visualiseur, il pourra peut-être me servir.
Néanmoins, ce dont j'ai besoin c'est, avant tout, de représenter proprement des molécules biochimiques en 2D.
Une idée ?
Cordialement

Rafbor · Le 04/02/2023, à 19:43

Bonjour,
je dis peut être une connerie, mais sur libmol, il y a une icône appareil photo en haut à droite qui exporte un png de la molécule affichée.

biospip · Le 04/02/2023, à 20:10

Effectivement, mais j'ai besoin de les reprendre dans un logiciel d'édition pour avoir la même représentation moléculaire et avec des commentaires incrustés adaptés aux filières enseignées. En bref, j'ai besoin d'éditer les molécules, voir de les refaire. De plus j'ai impérativement besoin de sorties en vectoriel pour l'affichage au vidéo-projecteur en amphi.

biospip · Le 04/02/2023, à 21:18

J'ai cerné qu'une partie du problème provenait des fichiers de dessins de molécules eux-mêmes et j'ai ouvert un autre fil là : https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2077369
[Édition du 5/2/2023 : certains fichiers ne seraient tous simplement pas écrits correctement (mauvais respect des formats de fichiers en question) ]

J'ai testé un peu plus avant les différents logiciels présentés dans le premier post et le plus efficace semble être MarvinSketch. Seul bémol : il n'est pas libre mais offre une licence gratuite éducative.
Dans MarvinSketch il y a l'essentiel des outils que j'utilisais en master : outils de nettoyage de la molécule avec choix des atomes présentés, vue en Lewis ou autres...

Si vous connaissez d'autres logiciels libres qui permettraient ce genre de manipulation, je suis preneur.

Dernière modification par biospip (Le 05/02/2023, à 15:47)

biospip · Le 05/02/2023, à 15:45

Bon, mon classement des logiciels :

MarvinSketch (licence propriétaire mais gratuit pour l'éducation)
MolSketch (libre mais, à priori, un peu moins facile d'utilisation que MarvinSketch, peu de tutos sur internet également, c'est dommage. De plus la chaîne Youtube du logiciel est très légère). J'ai également eu plusieurs fois des plantages avec la version flatpak ; pour la version compilable je n'ai jamais réussi à valider toutes les dépendances sous Ubuntu 22.04.1
Les autres logiciels existants ne sont globalement plus maintenus (BKChem, Chemtool, GChemPaint, EasyChem…)
Sinon il existe EdrawMax qui est payant et pas de test possible des fonctionnalités de dessins de molécules
Et ChemDoodle qui a une version d'essai de 14 jours et qui reste également assez onéreuse.

Dernière modification par biospip (Le 05/02/2023, à 15:50)

eric63 · Le 05/02/2023, à 23:52

Salut
je n’ai pas de classement ni de connaissance dans les molécules
mais quand je recherche «molecul» dans mon gestionnaire de paquets
j’ai foison de propositions sur énormément de logiciels (+ de 30; je ne pensais pas pouvoir en avoir autant)
certains pourraient te convenir peut être

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